More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_3570 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_3570  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  637    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.176673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3950  LysR family transcriptional regulator  97.49 
 
 		 319 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.181955 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2553  LysR family transcriptional regulator  89.66 
 
 		 319 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.450292 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5304  LysR family transcriptional regulator  88.4 
 
 		 323 aa  566  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.968375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3485  LysR family transcriptional regulator  89.94 
 
 		 308 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.271812  normal  0.0178536 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5910  transcriptional regulator, LysR family  61.31 
 
 		 306 aa  361  7.0000000000000005e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2708  putative transcription regulator protein  59.44 
 
 		 374 aa  358  9e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0946983 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 307 aa  259  6e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5820  transcriptional regulator, LysR family  44.3 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777062  normal  0.764141 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3701  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 304 aa  246  4.9999999999999997e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6191  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.395168  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0968  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2024  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 301 aa  242  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0462835 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3397  helix-turn-helix, Fis-type  41.67 
 
 		 294 aa  238  8e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00341475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1608  LysR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 317 aa  238  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000207955  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3639  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 294 aa  236  4e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5970  LysR family transcriptional regulator  46.93 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.167101 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  205  8e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 308 aa  193  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 320 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 318 aa  188  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 311 aa  188  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 313 aa  186  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  37.02 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 335 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 311 aa  175  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 347 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 338 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 309 aa  172  7.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 330 aa  172  9e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 307 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 307 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 307 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 309 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1786  transcriptional regulator, LysR family  35.9 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 306 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  33.22 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  35.83 
 
 		 318 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.87 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 302 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 335 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  32.87 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  32.87 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 302 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 302 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  32.87 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  32.87 
 
 		 310 aa  162  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  34.77 
 
 		 310 aa  159  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 333 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 301 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 301 aa  158  9e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 301 aa  158  9e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 301 aa  158  9e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 326 aa  159  9e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>