More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6211 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6211  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like protein  100 
 
 
203 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5938  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like protein  97.54 
 
 
203 aa  368  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7360  Heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like  84.24 
 
 
203 aa  318  3e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.610074 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1566  cytochrome-C oxidase oxidoreductase protein  74.88 
 
 
202 aa  261  6.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4874  cytochrome c oxidase subunit III  63.55 
 
 
202 aa  244  8e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.108668 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3797  cytochrome c oxidase subunit III  63.55 
 
 
202 aa  244  8e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3634  cytochrome c oxidase subunit III  51.11 
 
 
215 aa  145  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.040361  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3957  cytochrome c oxidase subunit III  50.27 
 
 
222 aa  143  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.179765 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2476  cytochrome c oxidase, subunit III  49.14 
 
 
235 aa  143  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.314801  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0728  cytochrome c oxidase subunit III  51.38 
 
 
202 aa  141  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2266  cytochrome c oxidase subunit III  47.85 
 
 
237 aa  137  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216047  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2343  cytochrome c oxidase subunit III  50.3 
 
 
202 aa  136  3.0000000000000003e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5128  cytochrome oxidase subunit III oxidase polypeptide I  47.31 
 
 
209 aa  132  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2427  cytochrome c oxidase subunit III  47.31 
 
 
232 aa  128  6e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.278961  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0252  cytochrome c oxidase subunit III  44.17 
 
 
222 aa  112  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00632373 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2592  cytochrome c oxidase subunit III  45.9 
 
 
237 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.329702  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3896  cytochrome c oxidase  40 
 
 
267 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2360  cytochrome c oxidase subunit III  38 
 
 
233 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3467  cytochrome c oxidase subunit III  32.92 
 
 
195 aa  84.7  8e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0634849 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3295  cytochrome c oxidase, subunit III  34.24 
 
 
199 aa  81.6  0.000000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.496142  normal  0.166605 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3527  cytochrome c oxidase subunit III  33.15 
 
 
199 aa  80.5  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000550439 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0439  cytochrome c oxidase subunit III  31.96 
 
 
229 aa  78.6  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0988011 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14190  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  28.29 
 
 
244 aa  74.7  0.0000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.124552  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4120  Cytochrome-c oxidase  31.22 
 
 
200 aa  74.7  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.929846  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4943  cytochrome c oxidase, subunit III  32.56 
 
 
202 aa  73.6  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5384  cytochrome c oxidase, subunit III  29.12 
 
 
197 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5349  cytochrome c oxidase, subunit III  29.12 
 
 
197 aa  72.8  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5662  cytochrome c oxidase, subunit III  29.12 
 
 
197 aa  72.8  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3712  cytochrome c oxidase, subunit III  29.12 
 
 
197 aa  72.8  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.386532  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2692  Cytochrome-c oxidase  32.65 
 
 
181 aa  72.4  0.000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.48074  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15710  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  31.69 
 
 
213 aa  72  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.674032  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2075  Cytochrome-c oxidase  29.61 
 
 
215 aa  72  0.000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2809  cytochrome c oxidase, subunit III  28.57 
 
 
197 aa  71.6  0.000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5674  cytochrome c oxidase subunit III  30.86 
 
 
196 aa  71.6  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.842654 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2023  Heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like  30.65 
 
 
254 aa  70.1  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1296  cytochrome-c oxidase  31 
 
 
205 aa  69.3  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3302  cytochrome c oxidase, subunit III  28.96 
 
 
203 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.639722  normal  0.219398 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3353  cytochrome c oxidase, subunit III  28.96 
 
 
203 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176455  normal  0.0560155 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3250  cytochrome c oxidase subunit III  29.38 
 
 
219 aa  68.9  0.00000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0735358 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2203  cytochrome c oxidase, subunit III  28.49 
 
 
180 aa  68.6  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000157592  normal  0.966564 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2677  Cytochrome-c oxidase  31.78 
 
 
205 aa  68.6  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.697367 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1892  cytochrome c oxidase subunit III  32.14 
 
 
211 aa  68.2  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.101725  hitchhiker  0.000286925 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3291  cytochrome c oxidase, subunit III  35.34 
 
 
180 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.482439  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3134  cytochrome c oxidase, subunit III  27.75 
 
 
215 aa  67.4  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1446  cytochrome c oxidase subunit III  33.98 
 
 
213 aa  66.6  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.190204  normal  0.245723 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12221  cytochrome C oxidase subunit III ctaE  30.71 
 
 
203 aa  66.2  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16180  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  33.66 
 
 
217 aa  66.2  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.107626  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3248  Cytochrome-c oxidase  30.58 
 
 
206 aa  66.2  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00270842  hitchhiker  0.0000224641 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1022  cytochrome c oxidase subunit III  30.49 
 
 
194 aa  65.9  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.113935  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2956  cytochrome c oxidase, subunit III  27.87 
 
 
220 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0112346  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1677  cytochrome c oxidase subunit III  32.82 
 
 
206 aa  65.1  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.881512  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3557  cytochrome c oxidase, subunit III  27.32 
 
 
220 aa  64.7  0.0000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.294632 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12120  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  28.87 
 
 
212 aa  63.9  0.000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0237313  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1373  cytochrome c oxidase subunit III  29.51 
 
 
204 aa  63.2  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.907318  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3055  Cytochrome-c oxidase  30.65 
 
 
205 aa  63.9  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.407956  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1946  cytochrome c oxidase subunit III  33.66 
 
 
224 aa  63.2  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000125492 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2209  cytochrome c oxidase, subunit III  33.66 
 
 
212 aa  63.5  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00141599  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0520  cytochrome c oxidase subunit III  27.78 
 
 
187 aa  62.8  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0779441  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1809  cytochrome c oxidase subunit III  36.44 
 
 
212 aa  63.2  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0920236 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4112  cytochrome c oxidase, subunit III  27.38 
 
 
203 aa  62.4  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.771178  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2008  cytochrome c oxidase subunit III  35.11 
 
 
218 aa  62.4  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.481722  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3063  Cytochrome-c oxidase  30.99 
 
 
217 aa  62  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00458737  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3340  Cytochrome-c oxidase  28.96 
 
 
208 aa  62  0.000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0530  cytochrome c oxidase subunit III  29.44 
 
 
207 aa  62  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10670  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  28.36 
 
 
209 aa  61.6  0.000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.364587  normal  0.27284 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3541  cytochrome c oxidase, subunit I  28.06 
 
 
743 aa  61.6  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3135  Cytochrome-c oxidase  31.07 
 
 
208 aa  61.6  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3575  cytochrome c oxidase  29.26 
 
 
206 aa  61.2  0.000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1777  cytochrome c oxidase, subunit III  29.55 
 
 
211 aa  60.8  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.723591  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3993  cytochrome c oxidase subunit III  30.56 
 
 
187 aa  60.5  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.115102  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12651  cytochrome c oxidase subunit III  25.97 
 
 
198 aa  60.5  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3108  Heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like  33.05 
 
 
239 aa  57.4  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.175944  normal  0.345074 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1828  cytochrome c oxidase subunit III  33.07 
 
 
198 aa  56.6  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1213  cytochrome c oxidase subunit III  27.27 
 
 
208 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.84888  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4073  cytochrome c oxidase subunit III  24.59 
 
 
214 aa  55.1  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0305  cytochrome c oxidase subunit III  29.08 
 
 
283 aa  55.1  0.0000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.418473  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0177  cytochrome c oxidase subunit III  27.17 
 
 
206 aa  54.3  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.255539  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3956  cytochrome c oxidase subunit III  30.66 
 
 
210 aa  54.3  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4776  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  26.7 
 
 
222 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485675  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3791  cytochrome c oxidase, subunit III  29.77 
 
 
198 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0359951  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0276  cytochrome c oxidase, subunit III  26.82 
 
 
204 aa  53.1  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.18856  normal  0.0430335 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3864  cytochrome c oxidase, subunit III  29.77 
 
 
198 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  decreased coverage  0.00290565  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5610  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  27.57 
 
 
218 aa  52.4  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014250  Aazo_5355  cytochrome c oxidase  30.51 
 
 
229 aa  52  0.000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0448  cytochrome c oxidase subunit III  26.53 
 
 
197 aa  52  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0588906 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2604  cytochrome c oxidase subunit III  27.72 
 
 
195 aa  52  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.204507 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0964  cytochrome c oxidase, subunit III  27.18 
 
 
223 aa  50.8  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.158798 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3187  nitric oxide reductase E protein  31.61 
 
 
184 aa  50.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0756  cytochrome aa3 quinol oxidase, subunit III  28.32 
 
 
168 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000480738 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0549  cytochrome c oxidase subunit III  30.27 
 
 
285 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.69876  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0589  cytochrome aa3 quinol oxidase subunit III  29.09 
 
 
200 aa  50.4  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.369089  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4300  cytochrome c oxidase subunit III  25.99 
 
 
204 aa  49.7  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000246716  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0569  cytochrome c oxidase subunit III  27.22 
 
 
205 aa  49.7  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0586  Cytochrome-c oxidase  27.22 
 
 
205 aa  49.7  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2032  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  27.03 
 
 
209 aa  49.7  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0240  cytochrome c oxidase, subunit III  27.59 
 
 
209 aa  49.7  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4167  putative cytochrome c oxidase, subunit III  30.27 
 
 
285 aa  49.7  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437515  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4335  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  26.92 
 
 
215 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174474  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1144  cytochrome c oxidase subunit III  42.86 
 
 
268 aa  49.3  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3575  cytochrome c oxidase subunit III  27.91 
 
 
222 aa  49.3  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515089  normal  0.0102703 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>