More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3108 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3108  Heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like  100 
 
 
239 aa  483  1e-135  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.175944  normal  0.345074 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1809  cytochrome c oxidase subunit III  91.04 
 
 
212 aa  391  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0920236 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3340  Cytochrome-c oxidase  66.15 
 
 
208 aa  254  7e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3248  Cytochrome-c oxidase  61.93 
 
 
206 aa  249  4e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00270842  hitchhiker  0.0000224641 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10670  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  64.95 
 
 
209 aa  246  2e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.364587  normal  0.27284 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3527  cytochrome c oxidase subunit III  61.14 
 
 
199 aa  243  9.999999999999999e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000550439 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3295  cytochrome c oxidase, subunit III  61.14 
 
 
199 aa  244  9.999999999999999e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.496142  normal  0.166605 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2809  cytochrome c oxidase, subunit III  63.4 
 
 
197 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3712  cytochrome c oxidase, subunit III  62.37 
 
 
197 aa  240  2e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.386532  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5349  cytochrome c oxidase, subunit III  62.37 
 
 
197 aa  240  2e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1373  cytochrome c oxidase subunit III  63.73 
 
 
204 aa  239  2e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.907318  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5662  cytochrome c oxidase, subunit III  62.37 
 
 
197 aa  240  2e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3353  cytochrome c oxidase, subunit III  61.86 
 
 
203 aa  238  4e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176455  normal  0.0560155 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3302  cytochrome c oxidase, subunit III  61.86 
 
 
203 aa  238  4e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.639722  normal  0.219398 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5384  cytochrome c oxidase, subunit III  61.86 
 
 
197 aa  238  8e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2956  cytochrome c oxidase, subunit III  60.82 
 
 
220 aa  237  1e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0112346  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4120  Cytochrome-c oxidase  61.19 
 
 
200 aa  237  1e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.929846  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3557  cytochrome c oxidase, subunit III  60.82 
 
 
220 aa  236  2e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.294632 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3055  Cytochrome-c oxidase  61.34 
 
 
205 aa  233  1.0000000000000001e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.407956  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12221  cytochrome C oxidase subunit III ctaE  59.28 
 
 
203 aa  231  1e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3135  Cytochrome-c oxidase  61.06 
 
 
208 aa  230  2e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3291  cytochrome c oxidase, subunit III  61.58 
 
 
180 aa  229  3e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.482439  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3134  cytochrome c oxidase, subunit III  57.52 
 
 
215 aa  228  5e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0964  cytochrome c oxidase, subunit III  57.41 
 
 
223 aa  226  3e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.158798 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2677  Cytochrome-c oxidase  64.1 
 
 
205 aa  222  3e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.697367 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1022  cytochrome c oxidase subunit III  61.19 
 
 
194 aa  222  4e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.113935  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1296  cytochrome-c oxidase  56.74 
 
 
205 aa  218  7.999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2692  Cytochrome-c oxidase  59.16 
 
 
181 aa  216  2e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.48074  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1946  cytochrome c oxidase subunit III  54.67 
 
 
224 aa  215  5.9999999999999996e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000125492 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2209  cytochrome c oxidase, subunit III  52.65 
 
 
212 aa  214  9e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00141599  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3250  cytochrome c oxidase subunit III  53.98 
 
 
219 aa  214  9.999999999999999e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0735358 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2075  Cytochrome-c oxidase  53.1 
 
 
215 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1677  cytochrome c oxidase subunit III  57.29 
 
 
206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.881512  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2008  cytochrome c oxidase subunit III  56.4 
 
 
218 aa  211  7e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.481722  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1892  cytochrome c oxidase subunit III  53.27 
 
 
211 aa  202  3e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.101725  hitchhiker  0.000286925 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15710  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  51.77 
 
 
213 aa  199  1.9999999999999998e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.674032  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3063  Cytochrome-c oxidase  56.58 
 
 
217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00458737  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1446  cytochrome c oxidase subunit III  50.91 
 
 
213 aa  192  5e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.190204  normal  0.245723 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16180  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  49.1 
 
 
217 aa  189  2e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.107626  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12120  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  49.32 
 
 
212 aa  182  4.0000000000000006e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0237313  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14190  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  46.35 
 
 
244 aa  180  1e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.124552  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1828  cytochrome c oxidase subunit III  43.14 
 
 
198 aa  142  4e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1777  cytochrome c oxidase, subunit III  35.62 
 
 
211 aa  129  4.0000000000000003e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.723591  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4073  cytochrome c oxidase subunit III  39.06 
 
 
214 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1213  cytochrome c oxidase subunit III  35.23 
 
 
208 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.84888  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1958  cytochrome c oxidase subunit III  37.84 
 
 
298 aa  110  3e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.631978  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3956  cytochrome c oxidase subunit III  38.54 
 
 
210 aa  109  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0305  cytochrome c oxidase subunit III  36.22 
 
 
283 aa  109  5e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.418473  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0448  cytochrome c oxidase subunit III  39.06 
 
 
197 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0588906 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0586  Cytochrome-c oxidase  39.13 
 
 
205 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2604  cytochrome c oxidase subunit III  36.95 
 
 
195 aa  107  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.204507 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0569  cytochrome c oxidase subunit III  39.13 
 
 
205 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0175  cytochrome c oxidase subunit III  34.17 
 
 
291 aa  106  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0530  cytochrome c oxidase subunit III  36.98 
 
 
207 aa  105  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0122  cytochrome c oxidase, subunit III  34.67 
 
 
291 aa  105  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3556  cytochrome c oxidase subunit III  33.17 
 
 
203 aa  104  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3575  cytochrome c oxidase  37.17 
 
 
206 aa  104  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2639  cytochrome c oxidase  35.21 
 
 
198 aa  103  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0195  cytochrome c oxidase, subunit III  34.67 
 
 
291 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2265  cytochrome c oxidase, subunit III  34.01 
 
 
202 aa  102  5e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4243  cytochrome c oxidase, subunit III  38.46 
 
 
293 aa  102  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.373816  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1900  Cytochrome-c oxidase  34.52 
 
 
208 aa  100  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.910491  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4002  cytochrome c oxidase subunit III  37.18 
 
 
293 aa  100  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0607  Cytochrome-c oxidase  33.51 
 
 
292 aa  99.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.620012  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3521  cytochrome aa3 quinol oxidase, subunit III  30.39 
 
 
204 aa  99.4  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0076  cytochrome c oxidase, subunit III  33.33 
 
 
295 aa  98.2  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0177  cytochrome c oxidase subunit III  33.33 
 
 
206 aa  97.8  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.255539  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3541  cytochrome c oxidase, subunit I  34.04 
 
 
743 aa  98.2  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3785  cytochrome c oxidase, subunit III  37.58 
 
 
291 aa  97.1  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3007  cytochrome c oxidase, subunit III  31.4 
 
 
291 aa  97.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.719434  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1756  cytochrome c oxidase subunit III  33.03 
 
 
209 aa  97.4  2e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3794  cytochrome c oxidase, subunit III  36.31 
 
 
291 aa  97.1  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0918  cytochrome c oxidase, subunit III  35.45 
 
 
273 aa  96.7  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.163295  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3520  cytochrome c oxidase, subunit III  36.54 
 
 
291 aa  96.7  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0647  Cytochrome-c oxidase  32.47 
 
 
292 aa  96.3  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.209964 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4183  cytochrome c oxidase subunit III  36.31 
 
 
291 aa  95.9  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3867  cytochrome c oxidase, subunit III  35.67 
 
 
291 aa  95.9  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4314  cytochrome c oxidase subunit III  36.31 
 
 
291 aa  95.9  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0606  cytochrome c oxidase subunit III  34.54 
 
 
201 aa  95.5  6e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.184913  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0125  cytochrome c oxidase subunit III  39.23 
 
 
295 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4115  cytochrome c oxidase subunit III  36.31 
 
 
291 aa  95.1  7e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0833  cytochrome c oxidase, subunit III  34.02 
 
 
285 aa  95.5  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.906312  normal  0.287069 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12651  cytochrome c oxidase subunit III  34.48 
 
 
198 aa  95.1  8e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0151  cytochrome c oxidase subunit III  36.31 
 
 
291 aa  95.1  8e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2070  cytochrome c oxidase subunit III  34.43 
 
 
204 aa  94.7  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.515134 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06401  cytochrome c oxidase, subunit III  36.22 
 
 
207 aa  94.7  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0898782 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04411  cytochrome c oxidase, subunit III  32.97 
 
 
206 aa  93.6  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.738181  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04023  cytochrome C oxidase subunit III  29.26 
 
 
291 aa  94  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1447  cytochrome c oxidase, subunit III  39.64 
 
 
203 aa  93.6  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.703222  normal  0.345478 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4609  cytochrome c oxidase subunit III  35.03 
 
 
291 aa  93.2  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0120  cytochrome c oxidase, subunit III  38.46 
 
 
295 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532779  normal  0.0155575 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0122  cytochrome c oxidase, subunit III  37.69 
 
 
295 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0106  cytochrome c oxidase, subunit III  37.69 
 
 
295 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.753759  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4387  Cytochrome-c oxidase  31.5 
 
 
293 aa  92  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3141  cytochrome c oxidase subunit III  35.29 
 
 
201 aa  92  7e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.785996 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3658  cytochrome c oxidase subunit III  34.26 
 
 
200 aa  92  7e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00990  Cytochrome C Oxidase, Subunit III  39.23 
 
 
296 aa  91.7  8e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0233  cytochrome c oxidase subunit III  32.05 
 
 
294 aa  91.7  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.496819  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05061  cytochrome c oxidase, subunit III  33.51 
 
 
200 aa  91.7  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3994  cytochrome c oxidase, subunit III  35.03 
 
 
291 aa  91.7  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>