118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_0713 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0697  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 281 aa  540  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0713  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 267 aa  542  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.368444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0333  diguanylate phosphodiesterase  97.38 
 
 		 267 aa  527  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0816  diguanylate phosphodiesterase  97.38 
 
 		 267 aa  527  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0785  diguanylate phosphodiesterase  97.38 
 
 		 267 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3909  diguanylate phosphodiesterase  95.51 
 
 		 267 aa  521  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2567  diguanylate phosphodiesterase  94.36 
 
 		 281 aa  513  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.412974  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2061  EAL domain-containing protein  80.3 
 
 		 306 aa  427  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3233  EAL domain-containing protein  80.3 
 
 		 306 aa  427  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1393  EAL domain-containing protein  79.92 
 
 		 322 aa  429  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0850  cyclic diguanylate phosphodiesterase  80.3 
 
 		 268 aa  428  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2682  cyclic diguanylate phosphodiesterase  80.3 
 
 		 268 aa  428  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3179  FOG EAL domain-containing protein  80.3 
 
 		 268 aa  428  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3218  cyclic diguanylate phosphodiesterase  80.3 
 
 		 268 aa  428  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.376001  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1927  cyclic diguanylate phosphodiesterase  80.3 
 
 		 268 aa  428  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.475709  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0778  putative diguanylate phosphodiesterase  64.31 
 
 		 289 aa  328  6e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3902  diguanylate phosphodiesterase  62.45 
 
 		 303 aa  319  3e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2436  putative diguanylate phosphodiesterase  61.71 
 
 		 290 aa  318  5e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.137812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1972  hypothetical protein  34.06 
 
 		 280 aa  106  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1374  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 275 aa  105  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1282  diguanylate phosphodiesterase  31.11 
 
 		 294 aa  97.1  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.080295  normal  0.395871 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1219  diguanylate phosphodiesterase  30.67 
 
 		 294 aa  93.2  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.223497 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0506  diguanylate phosphodiesterase  28.9 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1343  hypothetical protein  29.78 
 
 		 301 aa  85.9  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.358425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4127  EAL  37.5 
 
 		 271 aa  70.1  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000198  EAL domain protein  28.4 
 
 		 262 aa  65.1  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000396049  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0898  hypothetical protein  31.76 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.701847  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0612  diguanylate phosphodiesterase  29.55 
 
 		 197 aa  63.2  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.996724 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2834  diguanylate phosphodiesterase  26.59 
 
 		 440 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  25.1 
 
 		 427 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  25.42 
 
 		 403 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  25.42 
 
 		 403 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  24.58 
 
 		 428 aa  56.2  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  28.03 
 
 		 428 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  26.72 
 
 		 424 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1618  diguanylate phosphodiesterase  26.59 
 
 		 446 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991621  normal  0.575282 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  28.03 
 
 		 428 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  28.03 
 
 		 428 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  28.03 
 
 		 428 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  26.29 
 
 		 419 aa  55.5  0.0000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0677  EAL domain-containing protein  25.42 
 
 		 482 aa  53.9  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0823154  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1766  EAL domain-containing protein  25.42 
 
 		 474 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.561967  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1192  EAL domain-containing protein  25.42 
 
 		 474 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.252573  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  26.36 
 
 		 426 aa  53.1  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  25 
 
 		 447 aa  52  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  26.5 
 
 		 426 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  26.5 
 
 		 426 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.1 
 
 		 786 aa  52  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  27.92 
 
 		 426 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  24.05 
 
 		 424 aa  51.2  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  26.78 
 
 		 428 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  23.75 
 
 		 584 aa  50.8  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  25.42 
 
 		 409 aa  51.2  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2085  diguanylate phosphodiesterase  26.64 
 
 		 423 aa  51.2  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.32 
 
 		 580 aa  50.4  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  28.22 
 
 		 426 aa  50.1  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  25.71 
 
 		 464 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  25.71 
 
 		 464 aa  49.7  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  28.03 
 
 		 423 aa  50.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.49 
 
 		 572 aa  50.1  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  26.78 
 
 		 428 aa  50.1  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  25.71 
 
 		 515 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  25.71 
 
 		 429 aa  49.7  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  23.63 
 
 		 422 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  23.63 
 
 		 422 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  23.63 
 
 		 424 aa  49.3  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.61 
 
 		 533 aa  49.3  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.61 
 
 		 533 aa  49.3  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.61 
 
 		 474 aa  49.3  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30.61 
 
 		 533 aa  49.3  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30.61 
 
 		 460 aa  49.3  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.13 
 
 		 599 aa  48.9  0.00008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2261  EAL domain-containing protein  25.65 
 
 		 424 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.807134  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  29.44 
 
 		 367 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.23 
 
 		 605 aa  48.1  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  25.77 
 
 		 254 aa  48.5  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  25.65 
 
 		 422 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2138  cyclic diguanylate phosphodiesterase  25.65 
 
 		 422 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  24.17 
 
 		 413 aa  47.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  25.91 
 
 		 424 aa  47.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.49 
 
 		 596 aa  47  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2848  EAL domain-containing protein  23.66 
 
 		 427 aa  47  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197533  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  25.91 
 
 		 424 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  28.31 
 
 		 416 aa  47.4  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  25.91 
 
 		 332 aa  47  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 632 aa  47  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0470  hypothetical protein  26.48 
 
 		 288 aa  47  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129901  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  25.78 
 
 		 256 aa  45.8  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  25.39 
 
 		 424 aa  46.2  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.19 
 
 		 583 aa  45.8  0.0007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.19 
 
 		 584 aa  45.8  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.19 
 
 		 583 aa  45.8  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.67 
 
 		 585 aa  45.8  0.0008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.67 
 
 		 585 aa  45.8  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.67 
 
 		 585 aa  45.4  0.0009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  23.67 
 
 		 584 aa  45.4  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.16 
 
 		 581 aa  45.4  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.67 
 
 		 584 aa  45.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.67 
 
 		 585 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  28.72 
 
 		 411 aa  45.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>