More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3691 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  100 
 
 
720 aa  1476    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.39 
 
 
769 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.75 
 
 
715 aa  435  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3132  VRR-NUC domain protein  26.88 
 
 
578 aa  176  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2701  VRR-NUC domain protein  25.68 
 
 
578 aa  169  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.77 
 
 
449 aa  154  7e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2973  VRR-NUC domain-containing protein  29.06 
 
 
549 aa  153  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0976704 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3272  hypothetical protein  27.74 
 
 
576 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.2996  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.72 
 
 
459 aa  146  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.02 
 
 
456 aa  145  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.3 
 
 
462 aa  144  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2944  VRR-NUC domain-containing protein  26.82 
 
 
549 aa  142  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  39 
 
 
1433 aa  140  6e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  42.11 
 
 
457 aa  139  2e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.28 
 
 
456 aa  138  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.83 
 
 
180 aa  137  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.79 
 
 
174 aa  137  9e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2689  hypothetical protein  26.43 
 
 
550 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000324564 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.34 
 
 
470 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3424  hypothetical protein  27.87 
 
 
549 aa  135  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  37.25 
 
 
1449 aa  135  3.9999999999999996e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3109  hypothetical protein  27.7 
 
 
567 aa  134  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.303586  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2851  VRR-NUC domain-containing protein  27.42 
 
 
549 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.96 
 
 
453 aa  133  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  36.76 
 
 
1449 aa  133  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2838  VRR-NUC domain protein  27.27 
 
 
549 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.717913  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  43.09 
 
 
617 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.28 
 
 
595 aa  131  5.0000000000000004e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40370  hypothetical protein  27.78 
 
 
558 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.98 
 
 
476 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1415  VRR-NUC domain protein  27.01 
 
 
561 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  41.95 
 
 
1440 aa  128  3e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.12 
 
 
463 aa  129  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  40.13 
 
 
1442 aa  128  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.6 
 
 
453 aa  127  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.94 
 
 
442 aa  127  7e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  41.1 
 
 
578 aa  126  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000298  hypothetical protein  24.02 
 
 
537 aa  126  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000232671  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.38 
 
 
482 aa  125  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  38.99 
 
 
1421 aa  125  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  38.95 
 
 
616 aa  124  5e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4110  hypothetical protein  27.22 
 
 
547 aa  124  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.535976 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  40.48 
 
 
551 aa  124  7e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  38.86 
 
 
1435 aa  124  9e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06099  hypothetical protein  23.85 
 
 
537 aa  123  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.89 
 
 
595 aa  123  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.37 
 
 
565 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  39.51 
 
 
1465 aa  122  1.9999999999999998e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  37.57 
 
 
1433 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  35.22 
 
 
1447 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  38.86 
 
 
1444 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  35.79 
 
 
1433 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  36.13 
 
 
970 aa  122  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.27 
 
 
395 aa  122  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  42.35 
 
 
954 aa  122  3e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  41.57 
 
 
590 aa  121  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  37.57 
 
 
1433 aa  121  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.59 
 
 
383 aa  121  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  37.02 
 
 
1433 aa  120  6e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  37.02 
 
 
1433 aa  120  6e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  37.02 
 
 
1433 aa  120  6e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  37.02 
 
 
1433 aa  120  6e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.23 
 
 
398 aa  120  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  39.88 
 
 
570 aa  120  7.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  39.66 
 
 
645 aa  120  9e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  38.82 
 
 
1365 aa  120  9.999999999999999e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  37.02 
 
 
1433 aa  120  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.59 
 
 
378 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2429  hypothetical protein  27.01 
 
 
561 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.308662  normal  0.357068 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  36.11 
 
 
1433 aa  120  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  37.02 
 
 
1433 aa  120  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  40.13 
 
 
1397 aa  120  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  41.57 
 
 
934 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  41.57 
 
 
934 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  41.57 
 
 
934 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  41.57 
 
 
934 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  45.21 
 
 
379 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  41.57 
 
 
934 aa  119  3e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  41.57 
 
 
934 aa  119  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  41.57 
 
 
934 aa  119  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.77 
 
 
502 aa  118  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.92 
 
 
392 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  37.65 
 
 
489 aa  117  5e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  36.42 
 
 
1407 aa  118  5e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  36.9 
 
 
1426 aa  117  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.59 
 
 
375 aa  117  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  40.45 
 
 
934 aa  117  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  40.45 
 
 
934 aa  117  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.59 
 
 
375 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1341  DNA polymerase III subunit epsilon  40.12 
 
 
267 aa  117  1.0000000000000001e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.426567  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  44.59 
 
 
530 aa  117  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.59 
 
 
375 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.21 
 
 
631 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.59 
 
 
375 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1551  Uvs005  26.3 
 
 
566 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.629775  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  39.29 
 
 
273 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  43.04 
 
 
934 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  39.29 
 
 
578 aa  115  3e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.1 
 
 
584 aa  115  4.0000000000000004e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  42.41 
 
 
929 aa  114  7.000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>