More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8143 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011982  Avi_8143  transcriptional regulator  100 
 
 
153 aa  307  4e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0298504  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4775  transcriptional regulator, AsnC family  86.27 
 
 
154 aa  271  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.339738  normal  0.145309 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4829  transcriptional regulator, AsnC family  85.62 
 
 
154 aa  268  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.69587  normal  0.0580849 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0922  alanine catabolic operon transcriptional regulator, putative  63.33 
 
 
155 aa  203  9e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.491746  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1446  AsnC family transcriptional regulator  63.33 
 
 
155 aa  200  5e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6081  transcriptional regulator  66.67 
 
 
144 aa  197  6e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.89885  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0806  AsnC family transcriptional regulator  58.28 
 
 
150 aa  176  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1095  transcriptional regulator, AsnC family  62.24 
 
 
150 aa  174  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00486405  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2123  AsnC family transcriptional regulator  61.97 
 
 
149 aa  174  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0513877  decreased coverage  0.00440064 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4823  AsnC family transcriptional regulator  54.86 
 
 
149 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804417  normal  0.0730617 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0864  putative alanine catabolic operon transcriptional regulator  54.67 
 
 
132 aa  166  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0261477  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0671  transcriptional regulator, AsnC family  55.94 
 
 
145 aa  160  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0943569  hitchhiker  0.00922833 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2266  AsnC family transcriptional regulator  50 
 
 
153 aa  151  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.400993  normal  0.321257 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1369  AsnC family transcriptional regulator  50.68 
 
 
153 aa  149  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.362978  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3685  AsnC family transcriptional regulator  51.03 
 
 
174 aa  148  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.930939  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1501  AsnC family transcriptional regulator  47.18 
 
 
158 aa  144  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.449471  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0213  AsnC family transcriptional regulator  50.7 
 
 
153 aa  143  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.757841 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2441  AsnC family transcriptional regulator  46.94 
 
 
152 aa  140  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.443821 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0722  AsnC family transcriptional regulator  46.94 
 
 
152 aa  140  8e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.777911  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2377  AsnC family transcriptional regulator  46.94 
 
 
152 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.408866 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4160  AsnC family transcriptional regulator  48.63 
 
 
153 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1530  AsnC family transcriptional regulator  49.3 
 
 
157 aa  138  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.14965  normal  0.648234 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1175  transcriptional regulator, AsnC family  47.26 
 
 
157 aa  135  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1059  AsnC family transcriptional regulator  45.83 
 
 
159 aa  134  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0704538  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1432  transcriptional regulator, AsnC family  44.52 
 
 
153 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.605264  normal  0.449993 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3629  AsnC family transcriptional regulator  44.59 
 
 
153 aa  134  6.0000000000000005e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.217189 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0065  AsnC family transcriptional regulator  44.06 
 
 
157 aa  131  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1640  transcriptional regulator, AsnC family  44.14 
 
 
154 aa  131  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1429  AsnC family transcriptional regulator  45.45 
 
 
157 aa  131  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1609  transcriptional regulator, AsnC family  44.52 
 
 
153 aa  130  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177256  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0459  AsnC family transcriptional regulator  44.22 
 
 
160 aa  130  6e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0557  AsnC family transcriptional regulator  45.14 
 
 
155 aa  130  6.999999999999999e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.454928  normal  0.192048 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0245  transcriptional regulator  45.33 
 
 
169 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2213  regulatory proteins, AsnC/Lrp  46.21 
 
 
153 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.214008  normal  0.442221 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3973  AsnC family transcriptional regulator  42.57 
 
 
154 aa  128  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.918788  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2899  AsnC family transcriptional regulator  40.82 
 
 
154 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3278  AsnC family transcriptional regulator  40.82 
 
 
152 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.882377 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4810  AsnC family transcriptional regulator  40.82 
 
 
152 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402994  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4159  AsnC family transcriptional regulator  40.82 
 
 
152 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.409138  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3357  AsnC family transcriptional regulator  40.82 
 
 
152 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.773724  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5229  AsnC family transcriptional regulator  40.14 
 
 
152 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104749  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1736  bkd operon transcriptional regulator  45.07 
 
 
175 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00397839  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0513  bkd operon transcriptional regulator  45.07 
 
 
175 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000000170709  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1843  bkd operon transcriptional regulator  45.07 
 
 
175 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00082559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1635  bkd operon transcriptional regulator  45.07 
 
 
175 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000232797  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5136  AsnC family transcriptional regulator  40.82 
 
 
177 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.944237 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2829  AsnC family transcriptional regulator  46.21 
 
 
153 aa  127  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0782  bkd operon transcriptional regulator  45.07 
 
 
229 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000164018  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0505  AsnC family transcriptional regulator  44.37 
 
 
181 aa  125  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.287922  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2323  AsnC family transcriptional regulator  45.07 
 
 
202 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0772  AsnC family transcriptional regulator  40.82 
 
 
156 aa  126  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.148197  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0193  transcriptional regulator, AsnC family  43.06 
 
 
161 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.740343  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2461  AsnC family transcriptional regulator  44.37 
 
 
202 aa  125  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000130465  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3252  AsnC family transcriptional regulator  45.52 
 
 
153 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0671  bkd operon transcriptional regulator  44.37 
 
 
229 aa  123  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000013017  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5614  AsnC family transcriptional regulator  40.94 
 
 
162 aa  122  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.41474  normal  0.0388981 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2497  AsnC family transcriptional regulator  42.96 
 
 
156 aa  122  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.38008  normal  0.590435 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3311  AsnC family transcriptional regulator  44.37 
 
 
175 aa  122  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.944983  normal  0.0543443 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1064  AsnC family transcriptional regulator  43.66 
 
 
175 aa  121  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2309  AsnC family transcriptional regulator  42.96 
 
 
157 aa  120  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00293447 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1553  AsnC family transcriptional regulator  40.85 
 
 
154 aa  120  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0410589  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5122  putative transcriptional regulator  43.75 
 
 
157 aa  120  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58510  AsnC family transcriptional regulator  43.75 
 
 
157 aa  120  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1849  AsnC family transcriptional regulator  44.6 
 
 
213 aa  120  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00276747  hitchhiker  0.0000000161296 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1897  AsnC family transcriptional regulator  42.28 
 
 
163 aa  120  7e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.129627 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3971  transcriptional regulator, AsnC family  42.25 
 
 
175 aa  120  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1742  leucine-responsive transcriptional regulator  43.85 
 
 
166 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000110042  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4941  AsnC family transcriptional regulator  37.93 
 
 
154 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.342761  normal  0.28224 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4644  AsnC family transcriptional regulator  40 
 
 
155 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52735  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3462  AsnC family transcriptional regulator  42.07 
 
 
162 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1192  AsnC family transcriptional regulator  38.78 
 
 
163 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3724  AsnC family transcriptional regulator  40 
 
 
155 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.201895  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2536  transcriptional regulator, AsnC family  40.85 
 
 
155 aa  118  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.346096  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4242  AsnC family transcriptional regulator  42.07 
 
 
176 aa  118  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02081  transcription regulator protein  38.1 
 
 
152 aa  117  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7497  AsnC family transcriptional regulator  44.37 
 
 
169 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000799666  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5672  AsnC family transcriptional regulator  42.25 
 
 
157 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3670  transcriptional regulator, AsnC family  40.38 
 
 
165 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0025682  hitchhiker  0.0000000562652 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2234  leucine-responsive transcriptional regulator  43.85 
 
 
167 aa  117  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000872232  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2066  AsnC family transcriptional regulator  41.89 
 
 
156 aa  117  7e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5327  AsnC family transcriptional regulator  37.93 
 
 
154 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.460187  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1616  AsnC family transcriptional regulator  40.14 
 
 
155 aa  117  7.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.636289  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4561  AsnC family transcriptional regulator  42.25 
 
 
156 aa  117  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00127893  normal  0.163186 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3039  AsnC family transcriptional regulator  37.93 
 
 
154 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0212716  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0319  transcription regulator AsnC  38.62 
 
 
152 aa  116  9e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1569  AsnC family transcriptional regulator  44.06 
 
 
172 aa  116  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.194361  normal  0.155211 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1683  AsnC family transcriptional regulator  41.55 
 
 
156 aa  116  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1165  AsnC family transcriptional regulator  43.18 
 
 
147 aa  116  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.403646 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5660  AsnC family transcriptional regulator  39.31 
 
 
155 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4756  AsnC family transcriptional regulator  43.57 
 
 
165 aa  116  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3961  AsnC family transcriptional regulator  42.76 
 
 
161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.537786  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2155  leucine-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 
168 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000584376  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2230  transcriptional regulator, AsnC family  38.89 
 
 
155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.685217  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3352  transcriptional regulator of AsnC/Lrp family protein  42.36 
 
 
158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.868338  normal  0.404848 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1494  leucine-responsive transcriptional regulator  42.31 
 
 
164 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000974852  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1771  leucine-responsive transcriptional regulator  43.85 
 
 
167 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000022114  normal  0.0203642 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2324  leucine-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 
168 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000733571  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2216  leucine-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 
168 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000025021  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2190  leucine-responsive transcriptional regulator  44.62 
 
 
168 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000625254  normal  0.0646213 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4473  AsnC family transcriptional regulator  40.85 
 
 
175 aa  115  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000700573 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>