More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5606 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_2720  hypothetical protein  42.76 
 
 
962 aa  640    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.617854  normal  0.2359 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4600  ABC transporter related  63.77 
 
 
903 aa  1158    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.680396  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4404  ABC transporter ATP-binding protein-like protein  42.54 
 
 
943 aa  638    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.467453  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3943  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  54.28 
 
 
906 aa  966    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.292729  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7130  ABC transporter related  72.57 
 
 
904 aa  1363    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.444817 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5606  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  100 
 
 
904 aa  1834    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5980  ABC transporter related  72.79 
 
 
904 aa  1367    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3370  putative multidrug ABC transporter, ATP-binding and permease protein  39.69 
 
 
882 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0532146 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3676  cyclic nucleotide-binding protein  28.44 
 
 
1043 aa  358  1.9999999999999998e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.88824  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3250  ABC transporter related  27.35 
 
 
831 aa  348  2e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2678  cyclic nucleotide-binding protein  27.84 
 
 
1017 aa  315  2.9999999999999996e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0916435  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4031  ABC transporter related  25.51 
 
 
833 aa  301  5e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.849006  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0722  ATPase  25.72 
 
 
834 aa  292  2e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0349  ABC transporter related  25.57 
 
 
828 aa  291  4e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1893  ABC transporter ATP-binding protein  28.41 
 
 
887 aa  289  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.210446  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4972  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  29.88 
 
 
867 aa  218  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0604795 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4458  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  30.78 
 
 
869 aa  212  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.844292 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4922  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  30.78 
 
 
867 aa  211  5e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125562  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1045  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  28.65 
 
 
861 aa  200  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404163  normal  0.666922 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2335  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  31.65 
 
 
901 aa  191  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345042  normal  0.121473 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0275  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  31.39 
 
 
901 aa  185  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.11804  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2552  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  31.58 
 
 
429 aa  134  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.263362  normal  0.0193136 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0450  ABC transporter-related protein  22.19 
 
 
586 aa  108  5e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1224  ATPase  26.6 
 
 
980 aa  107  1e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.25476  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0584  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  21.45 
 
 
586 aa  100  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3578  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  26.01 
 
 
1024 aa  99.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2350  ABC transporter related protein  23.32 
 
 
620 aa  99  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2209  ABC transporter related  23.65 
 
 
687 aa  99  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.472222 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0583  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  21.13 
 
 
586 aa  98.6  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0496  ABC transporter ATP-binding/permease  20.95 
 
 
586 aa  98.2  5e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.384636  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0528  ABC transporter permease/ATP-binding protein  20.95 
 
 
586 aa  98.2  5e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.249641  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0439  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  20.95 
 
 
586 aa  98.2  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.214785  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0435  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  20.95 
 
 
586 aa  98.2  6e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.290198  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0511  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  20.95 
 
 
586 aa  98.2  6e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0528  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  24.43 
 
 
1008 aa  98.2  7e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0545  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  24.43 
 
 
1008 aa  98.2  7e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.782135  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0444  ABC transporter related  20.7 
 
 
586 aa  97.8  8e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1905  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.91 
 
 
1000 aa  97.8  9e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0871226  normal  0.242471 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0532  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  20.7 
 
 
586 aa  97.1  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.117534  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1128  ABC transporter related protein  23.75 
 
 
613 aa  97.1  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.135048  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1304  ABC transporter related  21.95 
 
 
617 aa  95.9  3e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4471  ABC transporter related protein  21.69 
 
 
629 aa  95.5  4e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0660374  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4793  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  20.45 
 
 
586 aa  95.1  5e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.646278  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2471  ABC transporter related protein  22.6 
 
 
600 aa  94.7  6e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0101  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  24.12 
 
 
592 aa  94.7  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00861  ABC transporter, multi drug efflux family protein  25.62 
 
 
975 aa  94.7  7e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.02392 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4902  ABC transporter related protein  23.1 
 
 
628 aa  94.4  8e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1697  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components  24.53 
 
 
631 aa  94.4  9e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  24.88 
 
 
611 aa  94.4  9e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  23.38 
 
 
574 aa  93.2  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  23.38 
 
 
574 aa  93.6  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2241  ABC transporter related protein  23.18 
 
 
642 aa  92.4  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0105803  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0117  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.5 
 
 
1006 aa  91.7  5e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.152098  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0534  bacteriocin-processing peptidase  23.15 
 
 
727 aa  91.3  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0782715  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1837  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporters  25.13 
 
 
1001 aa  91.3  7e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.548602  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1467  ABC transporter related  22.22 
 
 
603 aa  91.3  8e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000245046  normal  0.820859 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1188  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporters  24.12 
 
 
1003 aa  90.9  9e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.229753  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0047  ABC transporter related  21.01 
 
 
580 aa  90.9  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00438981  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6102  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  22.85 
 
 
357 aa  90.5  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0139556 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  24.37 
 
 
611 aa  89.7  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5326  ABC transporter related  24.33 
 
 
654 aa  89.7  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0719  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  21.77 
 
 
717 aa  89  3e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00348631  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2950  ABC efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  23.01 
 
 
589 aa  89.4  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.183404  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0984  type I secretion system ATPase  21.97 
 
 
700 aa  89.4  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0815075  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1828  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  25.96 
 
 
600 aa  89.4  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.924491 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20180  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  22.73 
 
 
634 aa  88.6  4e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.28848 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27200  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  24.57 
 
 
702 aa  88.6  5e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.663509  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2580  ABC transporter, ATP-binding protein/permease protein  18.11 
 
 
566 aa  88.6  5e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1201  ABC transporter related protein  22.2 
 
 
594 aa  88.2  6e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1305  ABC transporter related  24.41 
 
 
638 aa  88.2  7e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2265  ABC-type bacteriocin transporter  22.56 
 
 
727 aa  87.8  8e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2006  ABC transporter related  24.35 
 
 
575 aa  87.8  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.823185  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0536  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter  22.85 
 
 
600 aa  87.4  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.742929 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0217  Type I secretion system ATPase, HlyB  24.94 
 
 
971 aa  87  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.349074  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2282  putative ABC transporter ATP-binding protein  17.87 
 
 
566 aa  87  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01291  hypothetical protein  27.04 
 
 
986 aa  87.4  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.838373 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0594  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  22.33 
 
 
613 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2527  Type I secretion system ATPase, HlyB  25.92 
 
 
976 aa  86.3  0.000000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.76843 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  24.06 
 
 
611 aa  86.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2908  ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  24.94 
 
 
593 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0806  ABC transporter related  23.41 
 
 
666 aa  86.3  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14311  hypothetical protein  22.3 
 
 
968 aa  86.3  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21011  ATPase  24.73 
 
 
930 aa  86.3  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.625289 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  24.12 
 
 
611 aa  85.9  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4984  lipid A ABC transporter, ATP-binding/permease protein  22.55 
 
 
624 aa  85.9  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  24.94 
 
 
600 aa  85.9  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5937  ABC transporter related  23.35 
 
 
765 aa  86.3  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268315  normal  0.587315 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04210  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  23.72 
 
 
614 aa  85.9  0.000000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1958  ABC transporter-like protein  22.09 
 
 
636 aa  85.5  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.169751 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0697  ABC transporter related protein  23.8 
 
 
577 aa  85.1  0.000000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5030  ABC transporter ATP-binding/permease  22.46 
 
 
571 aa  85.1  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0487117  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5411  ABC transporter permease/ATP-binding protein  22.46 
 
 
571 aa  85.1  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09410  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  23.08 
 
 
721 aa  85.1  0.000000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129131  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8076  ABC-type multidrug transport system ATPase and permease components-like protein  26.03 
 
 
366 aa  85.1  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0419545  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  22.42 
 
 
592 aa  84.7  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16330  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  22.76 
 
 
622 aa  84.7  0.000000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.867591  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  22.55 
 
 
618 aa  84.3  0.000000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0425  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease, putative  22.68 
 
 
721 aa  83.6  0.00000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1352  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporters  23.48 
 
 
999 aa  83.6  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.897617  normal  0.235 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0807  ABC transporter related  23.83 
 
 
637 aa  84  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.885292  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>