More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0417 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0417  two component sensor kinase/response regulator hybrid  100 
 
 
544 aa  1088    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0051  histidine kinase  48.85 
 
 
760 aa  443  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.553636  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0036  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  48.65 
 
 
759 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.488776  normal  0.166978 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0027  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  48.19 
 
 
739 aa  425  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000312859 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0319  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 
636 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3680  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 
744 aa  268  2e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.614037  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.53 
 
 
745 aa  260  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233978  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0315  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.21 
 
 
757 aa  259  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0413  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.52 
 
 
649 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.486331 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0407  ATP-binding region, ATPase-like  34.64 
 
 
650 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0129  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.27 
 
 
752 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0210  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.42 
 
 
708 aa  232  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3595  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.7 
 
 
744 aa  224  3e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5419  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.17 
 
 
713 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.89 
 
 
1064 aa  221  3e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0119  Signal transduction histidine kinase  35 
 
 
754 aa  217  5e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.959467  normal  0.1561 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.23 
 
 
700 aa  216  7e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.434534  normal  0.941332 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3235  histidine kinase  33.46 
 
 
647 aa  216  8e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4938  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 
686 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4428  PAS sensor protein  34.23 
 
 
693 aa  211  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.426756 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2393  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.35 
 
 
676 aa  207  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00822967 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.04 
 
 
927 aa  204  3e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0082  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.1 
 
 
866 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0375698  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0191  histidine kinase  33.4 
 
 
531 aa  199  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.363458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3015  kinase sensor protein  32.71 
 
 
936 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162793  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.05 
 
 
1363 aa  197  5.000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  31.74 
 
 
1407 aa  197  5.000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.24 
 
 
1202 aa  196  6e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.53 
 
 
914 aa  196  9e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.76 
 
 
1622 aa  194  4e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.63 
 
 
1305 aa  193  6e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3018  histidine kinase  31.35 
 
 
657 aa  192  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.56 
 
 
1267 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1501  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.41 
 
 
925 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.27 
 
 
1165 aa  191  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1474  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.41 
 
 
950 aa  191  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2671  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.64 
 
 
841 aa  190  5.999999999999999e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.06 
 
 
1040 aa  190  5.999999999999999e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  29.89 
 
 
1322 aa  190  7e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2718  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.13 
 
 
1255 aa  189  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403107 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  32.41 
 
 
1346 aa  187  4e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1285  hybrid sensory histidine kinase BarA  31.18 
 
 
937 aa  187  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000242189 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2282  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.59 
 
 
685 aa  187  5e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  28.65 
 
 
2213 aa  187  6e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.5 
 
 
1692 aa  186  8e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.8 
 
 
1550 aa  184  3e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.57 
 
 
1499 aa  184  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0425  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.28 
 
 
893 aa  184  5.0000000000000004e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2502  sensor histidine kinase/response regulator  27.4 
 
 
676 aa  183  7e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000989132  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0305  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.24 
 
 
967 aa  183  7e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  unclonable  0.00000133293 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.15 
 
 
1397 aa  183  7e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  29.7 
 
 
914 aa  182  9.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3158  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.31 
 
 
1131 aa  183  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0979379 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2502  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.06 
 
 
957 aa  182  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000217317 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.9 
 
 
1820 aa  182  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1968  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.78 
 
 
846 aa  182  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.05 
 
 
705 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4509  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.21 
 
 
1022 aa  182  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0775662 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0277  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.75 
 
 
957 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.105373  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2648  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.68 
 
 
997 aa  181  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.49 
 
 
1582 aa  181  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2842  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.42 
 
 
936 aa  181  4e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.870655 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.66 
 
 
833 aa  180  5.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.42 
 
 
929 aa  180  5.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3652  Signal transduction histidine kinase-like  28.95 
 
 
765 aa  180  5.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.471696  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0833  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.26 
 
 
682 aa  180  7e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0832804 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0286  histidine kinase  28.65 
 
 
885 aa  180  7e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  28.81 
 
 
1442 aa  180  7e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.12 
 
 
1284 aa  179  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0066  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  27.22 
 
 
721 aa  179  8e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1887  transmission sensor LetS  25.81 
 
 
910 aa  179  1e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1950  PAS sensor protein  26.76 
 
 
1179 aa  179  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.488377  hitchhiker  0.000911769 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.39 
 
 
1326 aa  179  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2022  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.97 
 
 
1258 aa  179  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.250401  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0366  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.02 
 
 
1266 aa  179  1e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.926091  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3329  hybrid sensor and regulator fused  39.17 
 
 
968 aa  179  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2858  signal transduction histidine kinase-like protein  40.65 
 
 
1001 aa  178  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.920291  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  26 
 
 
1310 aa  178  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  29.46 
 
 
918 aa  178  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002502  BarA sensory histidine kinase  28.62 
 
 
932 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.49 
 
 
1240 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2220  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.59 
 
 
928 aa  177  4e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.467526 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0419  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.93 
 
 
1260 aa  177  5e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.784662  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1031  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.75 
 
 
941 aa  177  6e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.581247  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.89 
 
 
816 aa  177  6e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.64 
 
 
812 aa  176  8e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2687  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.63 
 
 
784 aa  176  8e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.762737  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.62 
 
 
946 aa  176  9e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  28.05 
 
 
1135 aa  176  9e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3612  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.5 
 
 
770 aa  176  9e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.019984 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2152  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.98 
 
 
985 aa  176  9e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0146455  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03530  hybrid sensory histidine kinase BarA  28.24 
 
 
932 aa  175  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3278  hybrid sensory histidine kinase BarA  27.88 
 
 
918 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.225719 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3164  hybrid sensory histidine kinase BarA  28.12 
 
 
918 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0703153 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3099  hybrid sensory histidine kinase BarA  27.88 
 
 
918 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.528607  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3180  hybrid sensory histidine kinase BarA  27.88 
 
 
918 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.359202 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.4 
 
 
1126 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.121173  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3117  hybrid sensory histidine kinase BarA  27.88 
 
 
918 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.306406  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02631  hybrid sensory histidine kinase, in two-component regulatory system with UvrY  27.86 
 
 
918 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.228632  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02593  hypothetical protein  27.86 
 
 
918 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.252422  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>