More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0407 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0319  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  63.18 
 
 		 636 aa  705    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0413  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  74.92 
 
 		 649 aa  906    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486331 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0315  multi-sensor hybrid histidine kinase  67.22 
 
 		 757 aa  671    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0407  ATP-binding region, ATPase-like  100 
 
 		 650 aa  1281    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0129  multi-sensor hybrid histidine kinase  63.84 
 
 		 752 aa  651    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  61.38 
 
 		 745 aa  630  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0119  Signal transduction histidine kinase  63.16 
 
 		 754 aa  596  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.959467  normal  0.1561 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4428  PAS sensor protein  45.33 
 
 		 693 aa  357  5e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.426756 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.14 
 
 		 700 aa  353  4e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.434534  normal  0.941332 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5419  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.82 
 
 		 713 aa  347  4e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4938  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.01 
 
 		 686 aa  345  2e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0210  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.21 
 
 		 708 aa  339  8e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2393  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.23 
 
 		 676 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00822967 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3595  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.07 
 
 		 744 aa  337  2.9999999999999997e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.88 
 
 		 916 aa  326  8.000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.43 
 
 		 1363 aa  324  3e-87  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.7 
 
 		 929 aa  323  5e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3680  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 		 744 aa  321  3e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.614037  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  34.36 
 
 		 1014 aa  319  1e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.72 
 
 		 1550 aa  317  4e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.17 
 
 		 1305 aa  317  5e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0277  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.42 
 
 		 957 aa  307  5.0000000000000004e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.105373  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 		 1069 aa  306  7e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.52 
 
 		 833 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.91 
 
 		 1369 aa  306  1.0000000000000001e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  37.59 
 
 		 1135 aa  305  2.0000000000000002e-81  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  33.82 
 
 		 1407 aa  302  1e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.33 
 
 		 1240 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2787  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.44 
 
 		 909 aa  301  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0319908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1474  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 		 950 aa  300  8e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1505  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.27 
 
 		 818 aa  300  8e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1501  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 		 925 aa  299  1e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.25 
 
 		 705 aa  298  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  37.57 
 
 		 847 aa  298  2e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3612  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.87 
 
 		 770 aa  297  3e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.019984 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2842  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.93 
 
 		 936 aa  298  3e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.870655 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.55 
 
 		 1064 aa  297  3e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  38.31 
 
 		 1177 aa  296  6e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1180  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.97 
 
 		 929 aa  296  6e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.175711  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  36.06 
 
 		 1322 aa  295  1e-78  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.09 
 
 		 1820 aa  295  2e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1031  hybrid sensory histidine kinase BarA  36.29 
 
 		 941 aa  295  2e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.581247  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37090  alginate regulatory hybrid histidine protein kinase GacS  35.83 
 
 		 905 aa  295  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0555684  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0425  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.48 
 
 		 893 aa  294  3e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1191  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.09 
 
 		 950 aa  294  4e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000146059  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3235  histidine kinase  36.92 
 
 		 647 aa  294  4e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0437  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.77 
 
 		 1130 aa  293  5e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4582  sensor/response regulator hybrid  35.68 
 
 		 925 aa  293  6e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 		 1202 aa  293  6e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.06 
 
 		 946 aa  293  8e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3652  Signal transduction histidine kinase-like  35.09 
 
 		 765 aa  293  9e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.471696  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2575  sensor histidine kinase/response regulator  38.79 
 
 		 850 aa  292  2e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  38.37 
 
 		 918 aa  291  3e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0419  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 		 1260 aa  291  3e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.784662  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.48 
 
 		 1433 aa  291  4e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  38.59 
 
 		 923 aa  290  6e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0092  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.73 
 
 		 1313 aa  290  6e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1212  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.7 
 
 		 919 aa  290  6e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.979568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2220  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 		 928 aa  290  8e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.467526 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.79 
 
 		 927 aa  289  9e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2711  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 		 818 aa  289  9e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0181892 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1650  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.89 
 
 		 917 aa  289  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.1856 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52260  sensor/response regulator hybrid  35.32 
 
 		 925 aa  289  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173365 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  35.32 
 
 		 1765 aa  288  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.49 
 
 		 835 aa  288  2e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1252  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.28 
 
 		 917 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.376653  hitchhiker  0.0000592891 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.95 
 
 		 1767 aa  288  2e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.84 
 
 		 816 aa  288  2e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  35.47 
 
 		 1346 aa  288  2.9999999999999996e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1512  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.92 
 
 		 1480 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0878697 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.3 
 
 		 916 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0675189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.95 
 
 		 1767 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.14 
 
 		 1692 aa  288  2.9999999999999996e-76  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0072  putative sensor/response hybrid  37.5 
 
 		 527 aa  287  4e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0111636 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.39 
 
 		 1771 aa  287  4e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3543  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 		 1603 aa  286  7e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00143205 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0790  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.57 
 
 		 906 aa  286  8e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.437862  normal  0.397369 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  37.39 
 
 		 977 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5275  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.21 
 
 		 830 aa  285  2.0000000000000002e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4067  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.72 
 
 		 917 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1200  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.82 
 
 		 933 aa  284  4.0000000000000003e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.930165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  34.84 
 
 		 914 aa  284  4.0000000000000003e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 		 1397 aa  283  6.000000000000001e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.55 
 
 		 921 aa  283  8.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3355  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.82 
 
 		 937 aa  283  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0869798  hitchhiker  0.00259338 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0937  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  35.34 
 
 		 852 aa  283  1e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.661814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4222  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.48 
 
 		 922 aa  282  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.588582  normal  0.325016 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.17 
 
 		 1316 aa  282  1e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3164  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.98 
 
 		 1245 aa  282  1e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.26571  hitchhiker  0.00125378 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.2 
 
 		 1767 aa  282  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.89 
 
 		 812 aa  281  2e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.06 
 
 		 977 aa  282  2e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2718  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 		 1255 aa  280  4e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403107 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.86 
 
 		 1499 aa  280  5e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.62 
 
 		 1033 aa  280  6e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02943  two-component system sensor protein  36.71 
 
 		 727 aa  280  8e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00726909  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19340  putative sensor/response regulator hybrid  37.32 
 
 		 918 aa  279  9e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.08 
 
 		 914 aa  279  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.57 
 
 		 1765 aa  279  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1908  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.3 
 
 		 991 aa  279  1e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>