More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3235 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_3235  histidine kinase  100 
 
 
647 aa  1296    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4938  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.01 
 
 
686 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.31 
 
 
700 aa  394  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.434534  normal  0.941332 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4428  PAS sensor protein  45.66 
 
 
693 aa  390  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.426756 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5419  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.98 
 
 
713 aa  367  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2393  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.64 
 
 
676 aa  351  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00822967 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0210  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.58 
 
 
708 aa  346  6e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0413  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  40.07 
 
 
649 aa  317  5e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.486331 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0315  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.23 
 
 
757 aa  314  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0129  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.53 
 
 
752 aa  313  4.999999999999999e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0319  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.63 
 
 
636 aa  312  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.43 
 
 
745 aa  307  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233978  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3595  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.53 
 
 
744 aa  300  8e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0407  ATP-binding region, ATPase-like  36.54 
 
 
650 aa  290  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.59 
 
 
1442 aa  291  4e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0119  Signal transduction histidine kinase  37.66 
 
 
754 aa  281  3e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.959467  normal  0.1561 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.17 
 
 
812 aa  278  3e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  35.51 
 
 
1322 aa  277  5e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0051  histidine kinase  34.99 
 
 
760 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.553636  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0036  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 
759 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.488776  normal  0.166978 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.99 
 
 
1611 aa  265  2e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.16 
 
 
1069 aa  263  4.999999999999999e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3680  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 
744 aa  263  6.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.614037  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.04 
 
 
1363 aa  262  2e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.39 
 
 
835 aa  260  6e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.29 
 
 
1369 aa  259  1e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0937  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  33.04 
 
 
852 aa  258  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.661814  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.09 
 
 
1550 aa  258  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 
833 aa  257  5e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.89 
 
 
916 aa  257  6e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
1202 aa  257  6e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0027  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
739 aa  255  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000312859 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.14 
 
 
929 aa  255  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.8 
 
 
1397 aa  254  3e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2220  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.64 
 
 
928 aa  254  4.0000000000000004e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.467526 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 
1284 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0277  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.71 
 
 
957 aa  254  5.000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.105373  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.42 
 
 
1622 aa  253  9.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  34.38 
 
 
1407 aa  251  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3018  histidine kinase  36.7 
 
 
657 aa  251  4e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  34.47 
 
 
1346 aa  251  4e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  36.26 
 
 
977 aa  251  4e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.56 
 
 
1165 aa  250  6e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3604  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.4 
 
 
1172 aa  250  6e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1474  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.82 
 
 
950 aa  249  9e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1501  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.83 
 
 
925 aa  249  1e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  34.79 
 
 
847 aa  248  3e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.31 
 
 
816 aa  248  4e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.39 
 
 
1820 aa  247  4.9999999999999997e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  33.57 
 
 
1014 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 
1326 aa  247  4.9999999999999997e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1252  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.84 
 
 
917 aa  247  6e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.376653  hitchhiker  0.0000592891 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.84 
 
 
946 aa  245  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  34.86 
 
 
1214 aa  245  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.32 
 
 
921 aa  245  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
1692 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.51 
 
 
1316 aa  245  1.9999999999999999e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1650  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.91 
 
 
917 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.1856 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.9 
 
 
1040 aa  244  3e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4067  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.91 
 
 
917 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125923  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  35.53 
 
 
923 aa  244  3.9999999999999997e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.02 
 
 
1768 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3612  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
770 aa  243  6e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.019984 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  35.73 
 
 
758 aa  243  6e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.66 
 
 
1305 aa  243  7e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1212  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.59 
 
 
919 aa  243  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.979568  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  31.88 
 
 
1574 aa  242  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  34.21 
 
 
1135 aa  242  2e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.37 
 
 
1267 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  32.66 
 
 
1287 aa  241  4e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.8 
 
 
1193 aa  239  1e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.802864 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.95 
 
 
1310 aa  238  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.22 
 
 
977 aa  238  3e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52260  sensor/response regulator hybrid  33.22 
 
 
925 aa  238  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.173365 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.33 
 
 
1767 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.99 
 
 
1033 aa  236  9e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.61 
 
 
1499 aa  236  1.0000000000000001e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37090  alginate regulatory hybrid histidine protein kinase GacS  32.32 
 
 
905 aa  236  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0555684  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3158  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 
1131 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0979379 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.83 
 
 
927 aa  236  1.0000000000000001e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4582  sensor/response regulator hybrid  33.33 
 
 
925 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4645  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.53 
 
 
948 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0366  multi-sensor hybrid histidine kinase  34 
 
 
1266 aa  235  2.0000000000000002e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.926091  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3703  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.33 
 
 
1021 aa  235  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0219575 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3070  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.21 
 
 
1166 aa  235  2.0000000000000002e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109625 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0136  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.07 
 
 
912 aa  234  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.122478 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.08 
 
 
1309 aa  234  3e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2241  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.72 
 
 
956 aa  234  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87793  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  30.63 
 
 
1765 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3543  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.54 
 
 
1603 aa  234  4.0000000000000004e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00143205 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0833  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 
682 aa  234  4.0000000000000004e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0832804 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1508  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.21 
 
 
1303 aa  234  5e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  34.24 
 
 
1177 aa  232  1e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2718  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 
1255 aa  232  1e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403107 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.12 
 
 
1767 aa  232  1e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3164  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
1245 aa  232  1e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.26571  hitchhiker  0.00125378 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  33.21 
 
 
1763 aa  231  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4222  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.78 
 
 
922 aa  232  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.588582  normal  0.325016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1950  PAS sensor protein  30.52 
 
 
1179 aa  230  8e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.488377  hitchhiker  0.000911769 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.55 
 
 
1765 aa  229  9e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>