More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ava_4090 on replicon NC_007413
Organism: Anabaena variabilis ATCC 29413



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
188 aa  388  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  56.11 
 
 
182 aa  213  9.999999999999999e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.6 
 
 
189 aa  211  2.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.89 
 
 
186 aa  204  7e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  52.41 
 
 
189 aa  193  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  49.2 
 
 
192 aa  191  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  47.62 
 
 
189 aa  187  8e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  50 
 
 
195 aa  185  4e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  46.96 
 
 
176 aa  176  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.74 
 
 
187 aa  165  2.9999999999999998e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  42.7 
 
 
190 aa  165  4e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  41.76 
 
 
195 aa  164  5e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  41.9 
 
 
194 aa  163  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  41.21 
 
 
195 aa  162  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  42.16 
 
 
190 aa  162  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  45.51 
 
 
183 aa  160  9e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.22 
 
 
197 aa  159  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  44.94 
 
 
178 aa  159  2e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  43.48 
 
 
181 aa  151  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  43.01 
 
 
196 aa  149  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  38.5 
 
 
207 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2770  cold-shock protein, DNA-binding  39.9 
 
 
194 aa  135  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  53.51 
 
 
119 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2828  cold shock domain-contain protein  53.33 
 
 
90 aa  102  3e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1677  cold-shock protein DNA-binding  31.87 
 
 
209 aa  101  5e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.220197 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1221  cold-shock protein DNA-binding  32.42 
 
 
188 aa  100  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.34226  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  44.25 
 
 
109 aa  85.5  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  44.25 
 
 
109 aa  85.5  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  44.25 
 
 
109 aa  85.5  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  44.25 
 
 
109 aa  85.5  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  44.25 
 
 
160 aa  84.7  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  43.36 
 
 
160 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  41.59 
 
 
212 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  35.29 
 
 
126 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28.12 
 
 
109 aa  65.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1599  sigma 54 modulation protein, putative  29.7 
 
 
105 aa  57.8  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000251677  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
67 aa  55.1  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000585148  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  40 
 
 
67 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  40 
 
 
67 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
67 aa  54.7  0.0000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4411  ribosomal subunit interface protein  32.32 
 
 
105 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.895647 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4544  ribosomal subunit interface protein  32.32 
 
 
105 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00451099 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 
67 aa  53.1  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
67 aa  53.9  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 
66 aa  53.5  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  36.92 
 
 
131 aa  52.8  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0855  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.67 
 
 
67 aa  52.4  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000708983  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  37.7 
 
 
66 aa  52  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  36.92 
 
 
128 aa  52  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  36.92 
 
 
132 aa  51.6  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.62 
 
 
66 aa  51.6  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 
67 aa  51.6  0.000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1457  hypothetical protein  54.05 
 
 
78 aa  51.2  0.000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.897377  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 
67 aa  51.2  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000164882  normal  0.415354 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.51 
 
 
66 aa  50.4  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.98 
 
 
65 aa  50.8  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.85 
 
 
131 aa  50.4  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 
89 aa  50.8  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.644816  hitchhiker  0.000419725 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.38 
 
 
136 aa  49.7  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.82 
 
 
69 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  36.67 
 
 
67 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.31 
 
 
69 aa  50.4  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  36.67 
 
 
67 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  35.48 
 
 
66 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  37.31 
 
 
69 aa  50.1  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  35.82 
 
 
69 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  36.67 
 
 
67 aa  49.7  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  35.48 
 
 
66 aa  50.1  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  35.48 
 
 
66 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  36.67 
 
 
67 aa  49.7  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  35.48 
 
 
66 aa  50.1  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.82 
 
 
69 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  36.67 
 
 
67 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  35.48 
 
 
66 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  38.33 
 
 
65 aa  50.1  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  36.67 
 
 
67 aa  49.7  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  35.48 
 
 
66 aa  50.1  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  35.48 
 
 
66 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.82 
 
 
69 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  35.48 
 
 
66 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
66 aa  50.1  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.31 
 
 
69 aa  50.1  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.31 
 
 
69 aa  50.1  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  35.48 
 
 
66 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.31 
 
 
69 aa  50.1  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  36.67 
 
 
67 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.43 
 
 
66 aa  49.3  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.87 
 
 
66 aa  49.7  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  35.82 
 
 
69 aa  49.3  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  36.67 
 
 
66 aa  48.9  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 
127 aa  48.9  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  35.38 
 
 
152 aa  48.9  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.43 
 
 
65 aa  48.9  0.00004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 
67 aa  48.9  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0979697  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.38 
 
 
66 aa  48.5  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.36 
 
 
68 aa  48.5  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  32.31 
 
 
66 aa  48.9  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.67 
 
 
66 aa  48.5  0.00006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.85 
 
 
68 aa  48.5  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.85 
 
 
68 aa  48.1  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>