42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_4500 on replicon NC_008537
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011881  Achl_4560  putative TraG-family protein  89.81 
 
 		 589 aa  1026    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0985941 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  100 
 
 		 589 aa  1190    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4219  conjugative transfer gene complex protein  90.17 
 
 		 590 aa  1036    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4273  conjugative transfer gene complex protein  52.42 
 
 		 591 aa  547  1e-154  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5521  TRAG family protein  38.41 
 
 		 604 aa  286  7e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  33.67 
 
 		 602 aa  260  5.0000000000000005e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  36.28 
 
 		 598 aa  259  1e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0263  conjugal transfer protein  33.13 
 
 		 583 aa  222  1.9999999999999999e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0192996  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4938  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  29.53 
 
 		 669 aa  202  9.999999999999999e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2343  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  30.34 
 
 		 592 aa  152  2e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.970374  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1575  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  31.66 
 
 		 592 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.016741  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  31.9 
 
 		 587 aa  145  3e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  28.96 
 
 		 613 aa  143  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  27.78 
 
 		 634 aa  136  9e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.41 
 
 		 611 aa  131  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06790  hypothetical protein  29.54 
 
 		 594 aa  122  9.999999999999999e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  27.16 
 
 		 562 aa  120  9e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.82 
 
 		 490 aa  109  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00130  hypothetical protein  27.99 
 
 		 594 aa  105  2e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  28.16 
 
 		 636 aa  103  8e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.2 
 
 		 621 aa  101  4e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  27.61 
 
 		 453 aa  100  6e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  26.16 
 
 		 506 aa  99  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0604  hypothetical protein  26.96 
 
 		 399 aa  77  0.0000000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  23.73 
 
 		 713 aa  67.4  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  23.05 
 
 		 670 aa  61.2  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3305  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  22.83 
 
 		 690 aa  60.5  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000882445  normal  0.114382 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  24.09 
 
 		 656 aa  60.5  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  22.48 
 
 		 651 aa  53.9  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  21.43 
 
 		 648 aa  53.9  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  20.45 
 
 		 606 aa  52.8  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  20.49 
 
 		 912 aa  52  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  21.02 
 
 		 606 aa  51.6  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  20.18 
 
 		 554 aa  50.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  21.02 
 
 		 583 aa  50.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  20.23 
 
 		 575 aa  48.9  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  25.15 
 
 		 682 aa  48.5  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  20.44 
 
 		 593 aa  48.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  24.82 
 
 		 590 aa  47.8  0.0007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  20.71 
 
 		 673 aa  47.4  0.0008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  20.32 
 
 		 576 aa  45.4  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  30.21 
 
 		 559 aa  43.9  0.009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>