166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2149 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2149  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  100 
 
 
295 aa  562  1.0000000000000001e-159  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0737588  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0585  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  41.29 
 
 
341 aa  177  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0713  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  41.75 
 
 
342 aa  177  1e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  37.11 
 
 
307 aa  133  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  37.19 
 
 
299 aa  132  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  35.84 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  37.16 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.35 
 
 
330 aa  122  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.39 
 
 
316 aa  120  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.46 
 
 
339 aa  115  6e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.74 
 
 
315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.46 
 
 
332 aa  112  7.000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.62 
 
 
329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  28.21 
 
 
319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  31.01 
 
 
316 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.17 
 
 
317 aa  109  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.75 
 
 
316 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.03 
 
 
318 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  27.56 
 
 
319 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27 
 
 
316 aa  105  6e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.95 
 
 
317 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.35 
 
 
317 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  26.75 
 
 
317 aa  103  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  30.56 
 
 
317 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.66 
 
 
316 aa  103  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30 
 
 
348 aa  102  6e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.57 
 
 
318 aa  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.03 
 
 
317 aa  100  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.83 
 
 
319 aa  99.4  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.26 
 
 
342 aa  99  8e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.95 
 
 
318 aa  98.6  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.1 
 
 
315 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.78 
 
 
317 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.17 
 
 
318 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.17 
 
 
318 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.17 
 
 
318 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.17 
 
 
318 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.34 
 
 
333 aa  95.1  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  27.18 
 
 
342 aa  95.1  1e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.52 
 
 
356 aa  95.1  1e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2520  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.45 
 
 
335 aa  94.4  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.17 
 
 
318 aa  94  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.21 
 
 
315 aa  93.2  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.86 
 
 
315 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  25.84 
 
 
344 aa  91.3  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.22 
 
 
348 aa  90.9  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.61 
 
 
329 aa  89.7  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.16 
 
 
323 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  27.37 
 
 
320 aa  89.4  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  27.42 
 
 
316 aa  89  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.17 
 
 
329 aa  89  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  26.48 
 
 
318 aa  88.2  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.19 
 
 
651 aa  88.6  1e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.77 
 
 
318 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.77 
 
 
318 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  26.77 
 
 
318 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.11 
 
 
318 aa  87.8  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25 
 
 
325 aa  87.8  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30 
 
 
371 aa  85.9  7e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.79 
 
 
350 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.86 
 
 
346 aa  82.4  0.000000000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2391  TAXI family TRAP transporter solute receptor  27.83 
 
 
333 aa  80.9  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0000115458  normal  0.82394 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4986  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.09 
 
 
512 aa  80.5  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.354924  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  24.09 
 
 
310 aa  79.3  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.15 
 
 
349 aa  77.8  0.0000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.86 
 
 
333 aa  76.6  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.19 
 
 
308 aa  73.9  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  26.27 
 
 
313 aa  71.6  0.00000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  29.38 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  23.85 
 
 
351 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.41 
 
 
342 aa  71.2  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.28 
 
 
317 aa  70.1  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3362  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.68 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0884862  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.25 
 
 
329 aa  70.1  0.00000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  22.86 
 
 
326 aa  68.9  0.0000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.92 
 
 
333 aa  68.2  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0237  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.26 
 
 
336 aa  68.2  0.0000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0860272  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0386  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.34 
 
 
375 aa  67.8  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.05 
 
 
317 aa  68.2  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  25.23 
 
 
322 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  26.39 
 
 
324 aa  66.6  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.5 
 
 
345 aa  67  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0240  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.98 
 
 
376 aa  66.6  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.57 
 
 
337 aa  66.2  0.0000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  22.9 
 
 
325 aa  66.2  0.0000000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.85 
 
 
306 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  22.88 
 
 
336 aa  66.2  0.0000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.88 
 
 
319 aa  65.1  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  25.89 
 
 
315 aa  65.5  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  22.88 
 
 
336 aa  64.3  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.92 
 
 
312 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  25.23 
 
 
322 aa  65.1  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.62 
 
 
344 aa  64.3  0.000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.92 
 
 
328 aa  63.5  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  26.91 
 
 
324 aa  62.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  24.06 
 
 
328 aa  62.8  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.29 
 
 
327 aa  61.6  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.92 
 
 
332 aa  60.5  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.78 
 
 
454 aa  60.5  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3623  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.97 
 
 
329 aa  60.1  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>