More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_0070 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  100 
 
 
280 aa  577  1e-164  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  81.43 
 
 
279 aa  474  1e-133  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  81.07 
 
 
279 aa  473  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  78.21 
 
 
280 aa  462  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  76.43 
 
 
293 aa  454  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  76.07 
 
 
279 aa  448  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  79.72 
 
 
286 aa  445  1e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  79.29 
 
 
281 aa  443  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  75.36 
 
 
279 aa  422  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  71.33 
 
 
278 aa  416  1e-115  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  71.13 
 
 
287 aa  383  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  57.55 
 
 
277 aa  330  2e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  8.42168e-06 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  60.52 
 
 
277 aa  328  7e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  54.58 
 
 
278 aa  312  5e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  53.28 
 
 
293 aa  307  1e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  55.84 
 
 
302 aa  302  5e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  53.02 
 
 
280 aa  298  4e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  52.19 
 
 
285 aa  296  2e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  52.52 
 
 
281 aa  276  3e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1944  squalene/phytoene synthase  48.18 
 
 
276 aa  259  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134668  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1894  squalene synthase HpnD  45.68 
 
 
277 aa  246  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.635436  normal  0.151415 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1565  squalene synthase HpnD  46.18 
 
 
277 aa  246  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0179833  normal  0.166486 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1652  putative phytoene synthase protein  46.18 
 
 
290 aa  244  1e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.665297 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1248  putative phytoene synthase  41.45 
 
 
278 aa  213  3e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245345  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2502  phytoene synthase, putative  41.7 
 
 
307 aa  213  3e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3330  putative phytoene synthase  41.45 
 
 
278 aa  213  3e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10709  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1975  putative phytoene synthase  41.45 
 
 
278 aa  213  3e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264351  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1482  phytoene synthase, putative  41.7 
 
 
307 aa  213  3e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.135853  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2347  putative phytoene synthase  41.16 
 
 
280 aa  212  5e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2389  putative phytoene synthase  41.16 
 
 
280 aa  212  5e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  39.64 
 
 
286 aa  209  4e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1006  squalene/phytoene synthase  41.48 
 
 
302 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109233  normal  0.62289 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2098  phytoene synthase, putative  40.73 
 
 
278 aa  205  7e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.389143  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1958  squalene synthase HpnD  40.89 
 
 
300 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0340477  normal  0.450684 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5245  squalene/phytoene synthase  41.26 
 
 
303 aa  203  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2303  putative phytoene synthase  38.24 
 
 
284 aa  201  1e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244566  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1883  Squalene/phytoene synthase  40.22 
 
 
292 aa  200  2e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0657917 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1934  squalene/phytoene synthase  40.89 
 
 
300 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6145  squalene/phytoene synthase  40.89 
 
 
300 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1337  squalene synthase HpnD  42.75 
 
 
352 aa  196  4e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00058937 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1849  squalene synthase HpnD  40.51 
 
 
277 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.775732  hitchhiker  0.00598695 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1922  squalene/phytoene synthase  40.89 
 
 
303 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.691361  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  39.48 
 
 
288 aa  191  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  36.23 
 
 
284 aa  177  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  44.13 
 
 
331 aa  164  1e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  36.9 
 
 
337 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  32.05 
 
 
268 aa  157  2e-37  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  33.84 
 
 
310 aa  157  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  37.64 
 
 
337 aa  157  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  38.83 
 
 
289 aa  155  9e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  33.57 
 
 
311 aa  154  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 
310 aa  152  8e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  31.82 
 
 
309 aa  152  9e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  34.6 
 
 
311 aa  151  1e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  32.32 
 
 
309 aa  149  6e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  34.55 
 
 
316 aa  148  1e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  34.57 
 
 
308 aa  147  2e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.33 
 
 
316 aa  145  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  34.59 
 
 
306 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  34.46 
 
 
303 aa  141  1e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  36.4 
 
 
302 aa  141  1e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  34.67 
 
 
324 aa  141  1e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  33.21 
 
 
312 aa  139  4e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  35.29 
 
 
303 aa  139  7e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  5.16194e-05 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  33.83 
 
 
282 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  5.55779e-07 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  36.15 
 
 
310 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  34.32 
 
 
687 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  32.72 
 
 
282 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  37.01 
 
 
298 aa  135  9e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  35.66 
 
 
283 aa  135  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  35.79 
 
 
288 aa  135  1e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  33.83 
 
 
294 aa  134  2e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  35.44 
 
 
287 aa  133  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  36.16 
 
 
283 aa  132  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  34.59 
 
 
300 aa  131  1e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  32.71 
 
 
279 aa  131  1e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  32.26 
 
 
311 aa  130  3e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  32.43 
 
 
310 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  36.74 
 
 
290 aa  129  4e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  33.71 
 
 
283 aa  129  4e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  30.23 
 
 
302 aa  128  9e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  31.65 
 
 
310 aa  128  9e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  2.35829e-10  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  33.21 
 
 
397 aa  128  1e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  30.23 
 
 
302 aa  127  1e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  30.6 
 
 
310 aa  127  2e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  29.84 
 
 
302 aa  127  2e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  29.56 
 
 
310 aa  126  3e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  35.82 
 
 
338 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  33.45 
 
 
282 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  30.22 
 
 
310 aa  125  7e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  31.73 
 
 
279 aa  125  8e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  30.69 
 
 
325 aa  125  9e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  33.21 
 
 
298 aa  124  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  35.41 
 
 
283 aa  124  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  35.41 
 
 
283 aa  124  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  33.21 
 
 
282 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  32.58 
 
 
313 aa  124  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  33.21 
 
 
282 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  33.21 
 
 
282 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  33.21 
 
 
282 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>