More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5712 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 231 aa  455  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  71.37 
 
 		 265 aa  320  9.999999999999999e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  71.37 
 
 		 230 aa  319  1.9999999999999998e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  62.44 
 
 		 234 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  57.08 
 
 		 238 aa  241  7e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  54.55 
 
 		 234 aa  225  4e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  54.09 
 
 		 234 aa  221  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  48.67 
 
 		 234 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  53.6 
 
 		 237 aa  214  9e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 228 aa  169  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 257 aa  154  8e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 261 aa  152  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  39.91 
 
 		 239 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  39.44 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 284 aa  143  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 226 aa  142  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 227 aa  141  8e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  39.13 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  35.78 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  38.03 
 
 		 240 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 231 aa  137  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 255 aa  135  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 224 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 232 aa  132  3.9999999999999996e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  33.81 
 
 		 277 aa  131  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  38.01 
 
 		 239 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 232 aa  129  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 228 aa  126  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 		 228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 		 228 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  36.45 
 
 		 241 aa  125  7e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  38.64 
 
 		 265 aa  124  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  36.4 
 
 		 242 aa  123  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 244 aa  123  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 239 aa  123  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 228 aa  121  7e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.32 
 
 		 228 aa  121  9e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  30.32 
 
 		 228 aa  121  9e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  30.32 
 
 		 228 aa  121  9e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  30.32 
 
 		 228 aa  121  9e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 228 aa  121  9e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 228 aa  121  9e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 228 aa  121  9e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5239  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 227 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624054 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  36.92 
 
 		 257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 228 aa  119  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 225 aa  117  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  36.19 
 
 		 237 aa  117  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1747  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0442594  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  30.95 
 
 		 228 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 240 aa  115  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  28.02 
 
 		 227 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 228 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 222 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  26.09 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 248 aa  112  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5061  transcriptional regulator, GntR family  39.91 
 
 		 236 aa  106  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000035042  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 228 aa  105  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1661  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 		 228 aa  104  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022131  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 228 aa  104  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1613  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 		 228 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 238 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 233 aa  101  9e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000972767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  33.18 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1615  transcriptional regulator, GntR family  22.64 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000356607  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 234 aa  99.4  5e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 241 aa  99  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 		 232 aa  97.8  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 216 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08590  transcriptional regulator  34.74 
 
 		 235 aa  95.9  5e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.713725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  34.38 
 
 		 216 aa  94.4  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  93.6  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4702  GntR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 231 aa  90.1  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 239 aa  89  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4600  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 245 aa  89  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5133  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 243 aa  89  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 229 aa  88.6  7e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 255 aa  88.2  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0767  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 255 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.933117  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 231 aa  87.8  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 229 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0509  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 255 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.223436  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 212 aa  87.8  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0655  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 257 aa  87.8  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00110649  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 232 aa  88.2  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1647  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 241 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0582  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 241 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.414159  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0693  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 241 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162672  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2095  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2000  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0216224  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>