More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5130 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5130  cytochrome c oxidase subunit II  100 
 
 		 384 aa  786    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0726  cytochrome c oxidase, subunit II  70.32 
 
 		 388 aa  546  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.631169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4872  cytochrome c oxidase subunit II  63.78 
 
 		 382 aa  504  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.780427  normal  0.052805 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3795  cytochrome c oxidase subunit II  63.78 
 
 		 382 aa  504  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6209  cytochrome c oxidase, subunit II  63.35 
 
 		 382 aa  498  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3955  cytochrome c oxidase subunit II  62.2 
 
 		 391 aa  498  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.113374 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5936  cytochrome c oxidase subunit II  63.35 
 
 		 382 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7362  cytochrome c oxidase, subunit II  62.21 
 
 		 394 aa  488  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.674364 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1564  cytochrome C oxidase polypeptide II  64.58 
 
 		 384 aa  477  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3632  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I  61.36 
 
 		 444 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0254  cytochrome c oxidase subunit II  64.68 
 
 		 269 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00721127 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2474  cytochrome c oxidase, subunit II  56.15 
 
 		 273 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.850241  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2425  cytochrome c oxidase subunit II  56.92 
 
 		 314 aa  316  4e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.408327 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2268  cytochrome c oxidase subunit II  55.64 
 
 		 272 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130236  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2594  cytochrome c oxidase subunit II  55.21 
 
 		 272 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0132206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2358  cytochrome c oxidase subunit II  54.55 
 
 		 280 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.382023  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3898  cytochrome c oxidase subunit II  52.57 
 
 		 285 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2345  cytochrome c oxidase subunit II  44.23 
 
 		 271 aa  252  6e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.215159  normal  0.967701 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0414  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  32.45 
 
 		 311 aa  190  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  31.87 
 
 		 342 aa  179  9e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  32.01 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2996  cytochrome c oxidase, subunit II  32.04 
 
 		 329 aa  178  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.941612  hitchhiker  0.00487692 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  30.94 
 
 		 350 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  30.66 
 
 		 350 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  30.66 
 
 		 350 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  32.48 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  31.36 
 
 		 337 aa  169  9e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  31.55 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  31.83 
 
 		 337 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  30.68 
 
 		 316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6886  cytochrome c oxidase, subunit II  34.07 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5817  cytochrome c oxidase, subunit II  33.24 
 
 		 310 aa  164  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156146  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  32.51 
 
 		 389 aa  163  5.0000000000000005e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0252  cytochrome c oxidase, subunit II  30.61 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.433496  normal  0.0258846 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2207  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 2  35.25 
 
 		 347 aa  160  4e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5948  cytochrome c oxidase, subunit II  31.01 
 
 		 318 aa  159  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0222  cytochrome c oxidase, subunit II  32.63 
 
 		 288 aa  159  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3471  cytochrome c oxidase subunit II  37.7 
 
 		 370 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0997711  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2419  cytochrome c oxidase, subunit II  28.68 
 
 		 358 aa  157  4e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0372558  normal  0.514395 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1348  cytochrome c, monohaem  29.12 
 
 		 426 aa  155  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.195405  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3989  cytochrome c oxidase, subunit II  27.58 
 
 		 330 aa  153  5e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5670  cytochrome c oxidase subunit II  37.07 
 
 		 373 aa  150  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0523  cytochrome c oxidase subunit II  35.47 
 
 		 353 aa  150  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00550922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  29.61 
 
 		 321 aa  149  8e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0024  cytochrome c oxidase, subunit II  30.97 
 
 		 362 aa  149  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01285  Cytochrome c oxidase, subunit II:Cytochrome c, class I  30.03 
 
 		 359 aa  149  1.0000000000000001e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  28.95 
 
 		 314 aa  146  5e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0294  cytochrome c oxidase subunit II  30.25 
 
 		 408 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00251297  hitchhiker  0.000594912 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0045  cytochrome c oxidase, subunit II  27.75 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101143 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  29.53 
 
 		 362 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  32.82 
 
 		 362 aa  145  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  29.36 
 
 		 359 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0533  cytochrome c oxidase, subunit II  29.67 
 
 		 405 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.251737 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  28.73 
 
 		 316 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  28.98 
 
 		 329 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0922258 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1538  cytochrome c oxidase, subunit II  29.04 
 
 		 399 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0046  cytochrome c oxidase, subunit II  25.36 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  30.45 
 
 		 354 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  30.33 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  28.49 
 
 		 370 aa  133  6e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1826  cytochrome c oxidase, subunit II, putative  27.52 
 
 		 408 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.086817  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2529  caa3-type cytochrome c oxidase, subunit II  27.81 
 
 		 318 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.176117  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  32.06 
 
 		 318 aa  127  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1640  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  27.34 
 
 		 396 aa  125  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000507027  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  29.89 
 
 		 311 aa  124  4e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0437  cytochrome c oxidase, subunit II  31.64 
 
 		 267 aa  122  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0468935 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  33.59 
 
 		 322 aa  119  9e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  31.01 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  26.84 
 
 		 326 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  29.66 
 
 		 371 aa  113  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1903  cytochrome c oxidase, subunit II  28.69 
 
 		 344 aa  112  9e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  26.67 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  27.52 
 
 		 355 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  30.65 
 
 		 372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2862  cytochrome c oxidase subunit II  31 
 
 		 272 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  30.65 
 
 		 372 aa  110  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  27.95 
 
 		 338 aa  109  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  27.76 
 
 		 352 aa  109  9.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  25.83 
 
 		 356 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  28.03 
 
 		 334 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  33.18 
 
 		 342 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  31.69 
 
 		 381 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  29.1 
 
 		 338 aa  106  6e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  27.32 
 
 		 353 aa  106  8e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  29.79 
 
 		 382 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  28.86 
 
 		 330 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  27.2 
 
 		 401 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  24.93 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  27.22 
 
 		 334 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0515  cytochrome c class I  43.1 
 
 		 176 aa  101  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  27.2 
 
 		 377 aa  100  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  29.01 
 
 		 345 aa  100  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04431  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  33.33 
 
 		 291 aa  100  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0260  cytochrome c oxidase, subunit II  29.41 
 
 		 288 aa  99  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.150091  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  27.1 
 
 		 346 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000905775 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3537  cytochrome c oxidase, subunit II  27.63 
 
 		 389 aa  98.2  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0700115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  27.11 
 
 		 389 aa  98.6  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0407  cytochrome c oxidase, subunit II  26.99 
 
 		 435 aa  98.6  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3587  cytochrome c oxidase, subunit II  28.09 
 
 		 279 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.677515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3263  cytochrome c oxidase, subunit II  28.09 
 
 		 279 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.571759  normal  0.256995 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>