More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2602 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00148  penicillin-binding protein 1b  47.8 
 
 		 841 aa  694    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3453  penicillin-binding protein 1B  47.66 
 
 		 844 aa  689    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.9649  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3463  penicillin-binding protein 1b  47.08 
 
 		 826 aa  734    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.995661  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00472  penicillin-binding protein 1B  44.13 
 
 		 742 aa  640    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1036  penicillin-binding protein 1b  49.25 
 
 		 833 aa  749    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.970019  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3894  peptidoglycan glycosyltransferase  45.32 
 
 		 787 aa  674    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0160  penicillin-binding protein 1b  47.66 
 
 		 844 aa  690    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0633  penicillin-binding protein 1B  47.14 
 
 		 768 aa  700    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0656  penicillin-binding protein 1B  46.85 
 
 		 779 aa  688    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3110  penicillin-binding protein 1b  49.52 
 
 		 826 aa  743    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3742  penicillin-binding protein 1B  47.31 
 
 		 791 aa  697    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0689  penicillin-binding protein 1b  47.25 
 
 		 841 aa  694    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.50279 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3510  penicillin-binding protein 1b  47.8 
 
 		 844 aa  694    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.933967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0140  penicillin-binding protein 1b  47.8 
 
 		 840 aa  692    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2971  peptidoglycan glycosyltransferase  46.27 
 
 		 779 aa  689    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0218  penicillin-binding protein 1b  45.81 
 
 		 840 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2602  penicillin-binding protein transpeptidase  100 
 
 		 791 aa  1615    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.809187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0131  penicillin-binding protein 1B  62.87 
 
 		 777 aa  1028    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3981  penicillin-binding protein 1b  49.86 
 
 		 836 aa  731    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3334  penicillin-binding protein 1b  47.08 
 
 		 826 aa  735    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03443  hypothetical protein  66.75 
 
 		 796 aa  1090    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0207  penicillin-binding protein 1b  45.94 
 
 		 840 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002568  multimodular transpeptidase-transglycosylase  64.73 
 
 		 790 aa  1089    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0225  penicillin-binding protein 1b  45.94 
 
 		 840 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0583  penicillin-binding protein 1B  47.31 
 
 		 774 aa  696    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3792  penicillin-binding protein 1B  45.55 
 
 		 790 aa  677    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.692226  decreased coverage  0.000000907679 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0705  penicillin-binding protein 1B  46.97 
 
 		 790 aa  709    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.559633  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3123  penicillin-binding protein 1B  46.12 
 
 		 789 aa  678    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000774308 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3164  penicillin-binding protein 1B  48.54 
 
 		 768 aa  712    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00147  hypothetical protein  47.8 
 
 		 841 aa  694    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0152  penicillin-binding protein 1b  47.66 
 
 		 844 aa  689    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.94433  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3868  penicillin-binding protein 1B  47.05 
 
 		 774 aa  693    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0206  penicillin-binding protein 1b  45.81 
 
 		 840 aa  708    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0222  penicillin-binding protein 1b  45.81 
 
 		 840 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0153  penicillin-binding protein 1b  47.66 
 
 		 844 aa  689    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.267501  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1000  penicillin-binding protein 1b  47.08 
 
 		 824 aa  735    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0825  penicillin-binding protein 1B  44.03 
 
 		 754 aa  660    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.524532  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3685  penicillin-binding protein 1B  47.05 
 
 		 774 aa  695    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0624  penicillin-binding protein 1B  47.86 
 
 		 764 aa  689    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3406  penicillin-binding protein 1B  47.73 
 
 		 764 aa  687    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3270  penicillin-binding protein 1B  47.48 
 
 		 766 aa  709    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1168  penicillin-binding protein 1b  48.02 
 
 		 826 aa  744    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2815  penicillin-binding protein 1b  49.39 
 
 		 827 aa  749    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692041  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0158  penicillin-binding protein 1b  47.8 
 
 		 844 aa  691    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0623  penicillin-binding protein 1B  47.73 
 
 		 764 aa  687    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494369 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0489  penicillin-binding protein 1B  41.98 
 
 		 781 aa  617  1e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.290067  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4301  penicillin-binding protein  42.34 
 
 		 769 aa  610  1e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.33062  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0596  penicillin-binding protein 1B  44.91 
 
 		 730 aa  603  1.0000000000000001e-171  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1002  penicillin-binding protein 1B  43.81 
 
 		 772 aa  597  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000067337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4681  penicillin-binding protein 1B  40.7 
 
 		 773 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0467702  hitchhiker  0.00000000000605496 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4683  penicillin-binding protein 1B  41.37 
 
 		 773 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000305505 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4547  penicillin-binding protein 1B  41.5 
 
 		 773 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.428177  hitchhiker  0.00000222687 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0751  penicillin-binding protein 1B  40.77 
 
 		 773 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288465  hitchhiker  0.0000000000686308 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62200  penicillin-binding protein 1B  42.67 
 
 		 774 aa  579  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.379753 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5415  penicillin-binding protein 1B  42.82 
 
 		 775 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4792  penicillin-binding protein 1B  41.98 
 
 		 774 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000464587  hitchhiker  0.000389854 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0842  peptidoglycan glycosyltransferase  40.88 
 
 		 773 aa  569  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000122469 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42560  penicillin-binding protein 1B  43.39 
 
 		 780 aa  571  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0977  penicillin-binding protein  40.75 
 
 		 773 aa  568  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0441683  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1297  penicillin-binding protein 1B  39.04 
 
 		 780 aa  556  1e-157  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0650  penicillin-binding protein 1B  40.78 
 
 		 830 aa  557  1e-157  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1154  penicillin-binding protein 1B  41.97 
 
 		 776 aa  552  1e-156  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0679  penicillin-binding protein 1B  43.08 
 
 		 772 aa  552  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.963541  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0825  Mutator MutT  39.39 
 
 		 777 aa  552  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00304949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2557  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1B  38.16 
 
 		 778 aa  539  9.999999999999999e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000207966  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1672  penicillin-binding protein, putative  39.52 
 
 		 759 aa  520  1e-146  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1620  penicillin-binding protein 1B  40.39 
 
 		 881 aa  520  1e-146  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000878907  unclonable  0.000000000879141 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1468  penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein  37.53 
 
 		 827 aa  512  1e-144  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.614381  unclonable  0.0000024056 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1646  penicillin-binding protein 1B  37.53 
 
 		 827 aa  511  1e-143  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.201466  hitchhiker  0.00102238 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1407  penicillin-binding protein 1B  39.4 
 
 		 748 aa  507  9.999999999999999e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0297434  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2163  penicillin-binding protein 1B  39.46 
 
 		 732 aa  503  1e-141  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1239  peptidoglycan glycosyltransferase  37.5 
 
 		 766 aa  477  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.191968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3095  penicillin-binding protein 1B  36.7 
 
 		 813 aa  457  1e-127  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.911918 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01595  penicillin-binding protein 1B  35.83 
 
 		 814 aa  450  1e-125  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1899  penicillin-binding protein 1B  35.31 
 
 		 792 aa  440  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1965  peptidoglycan glycosyltransferase  35.54 
 
 		 792 aa  433  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0290  1A family penicillin-binding protein  33.47 
 
 		 757 aa  395  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0908  1A family penicillin-binding protein  31.67 
 
 		 766 aa  342  2e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1065  penicillin-binding protein 1A  29.27 
 
 		 890 aa  330  5.0000000000000004e-89  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.375339  normal  0.670591 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3502  penicillin-binding protein, 1A family  33.86 
 
 		 701 aa  300  7e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.114695  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  35.06 
 
 		 618 aa  300  8e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  36.23 
 
 		 770 aa  299  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3571  penicillin-binding protein, 1A family  33.45 
 
 		 744 aa  298  2e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  33.45 
 
 		 751 aa  294  5e-78  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2868  1A family penicillin-binding protein  37.78 
 
 		 669 aa  293  6e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0010427  normal  0.721279 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1369  1A family penicillin-binding protein  35.75 
 
 		 765 aa  291  2e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3393  penicillin-binding protein 1A  36.88 
 
 		 651 aa  290  6e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0114  1A family penicillin-binding protein  36.96 
 
 		 730 aa  290  7e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.572692  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  35.69 
 
 		 734 aa  290  1e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3673  penicillin-binding protein 1A  34.06 
 
 		 679 aa  289  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.52133  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2571  penicillin-binding protein 1A  35.42 
 
 		 625 aa  288  2e-76  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.558946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  37.48 
 
 		 734 aa  288  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_004310  BR0117  1A family penicillin-binding protein  36.77 
 
 		 763 aa  288  2.9999999999999996e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3992  bifunctional peptidoglycan glycosyl transferase/transpeptidase  33.74 
 
 		 687 aa  287  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155009  normal  0.126986 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1627  1A family penicillin-binding protein  36.84 
 
 		 718 aa  287  5.999999999999999e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1662  penicillin-binding protein, 1A family  34.87 
 
 		 742 aa  286  7e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.460487 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  31.93 
 
 		 643 aa  286  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  31.93 
 
 		 643 aa  286  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0897  1A family penicillin-binding protein  34.37 
 
 		 691 aa  285  2.0000000000000002e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376717 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  37.55 
 
 		 714 aa  286  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>