More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003165 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  92.8 
 
 		 514 aa  986    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  74.66 
 
 		 513 aa  803    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  100 
 
 		 514 aa  1053    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  59.22 
 
 		 515 aa  619  1e-176  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.34 
 
 		 536 aa  546  1e-154  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.75 
 
 		 523 aa  544  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.63 
 
 		 522 aa  537  1e-151  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.17 
 
 		 522 aa  537  1e-151  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.17 
 
 		 522 aa  533  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.07 
 
 		 525 aa  534  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.07 
 
 		 525 aa  534  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50.88 
 
 		 525 aa  531  1e-149  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  50 
 
 		 513 aa  509  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  50 
 
 		 513 aa  509  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  50 
 
 		 513 aa  509  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50.19 
 
 		 513 aa  511  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50 
 
 		 513 aa  509  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50 
 
 		 513 aa  509  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50 
 
 		 513 aa  509  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50 
 
 		 513 aa  509  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.44 
 
 		 514 aa  502  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.61 
 
 		 513 aa  503  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.54 
 
 		 513 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.54 
 
 		 513 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.54 
 
 		 513 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.54 
 
 		 513 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.54 
 
 		 513 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  46.15 
 
 		 518 aa  472  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  45.07 
 
 		 518 aa  467  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  44.57 
 
 		 512 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  44.77 
 
 		 512 aa  451  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  43.99 
 
 		 512 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  43.95 
 
 		 512 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  44.19 
 
 		 514 aa  444  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  43.63 
 
 		 512 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  43.44 
 
 		 512 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  43.44 
 
 		 512 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  43.24 
 
 		 512 aa  435  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  43.44 
 
 		 512 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  43.63 
 
 		 513 aa  436  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  43.65 
 
 		 512 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  43.65 
 
 		 512 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  43.44 
 
 		 512 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  43.65 
 
 		 512 aa  437  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  42.44 
 
 		 516 aa  432  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  44.12 
 
 		 512 aa  434  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  39.77 
 
 		 520 aa  392  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  40.83 
 
 		 517 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  39.96 
 
 		 519 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  39.96 
 
 		 519 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  39.2 
 
 		 519 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  39.54 
 
 		 519 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  39.39 
 
 		 519 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  39.66 
 
 		 515 aa  375  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  39.09 
 
 		 521 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  38.81 
 
 		 525 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  39.77 
 
 		 505 aa  371  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  39.03 
 
 		 502 aa  354  2e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  38.8 
 
 		 502 aa  350  3e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  38.8 
 
 		 502 aa  350  5e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  38.61 
 
 		 506 aa  349  8e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  38.61 
 
 		 502 aa  349  9e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  38.61 
 
 		 502 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  38.27 
 
 		 531 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  38.15 
 
 		 511 aa  345  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  37.96 
 
 		 511 aa  343  4e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  38.45 
 
 		 502 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.44 
 
 		 532 aa  326  7e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  37.38 
 
 		 510 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.72 
 
 		 541 aa  282  9e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  32.38 
 
 		 527 aa  279  1e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  43.4 
 
 		 313 aa  265  1e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.06 
 
 		 539 aa  260  3e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  31.81 
 
 		 540 aa  257  3e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 525 aa  252  1e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.62 
 
 		 710 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  38.32 
 
 		 698 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  33.69 
 
 		 668 aa  241  2.9999999999999997e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  33.68 
 
 		 668 aa  241  2.9999999999999997e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  29.31 
 
 		 525 aa  239  1e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.65 
 
 		 471 aa  238  2e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.03 
 
 		 544 aa  238  2e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.88 
 
 		 577 aa  237  3e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.31 
 
 		 532 aa  238  3e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2250  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.95 
 
 		 571 aa  233  5e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.28606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.44 
 
 		 564 aa  232  1e-59  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.38 
 
 		 581 aa  232  1e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.74 
 
 		 591 aa  232  1e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.92 
 
 		 582 aa  231  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  32.72 
 
 		 639 aa  231  3e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.82 
 
 		 575 aa  230  5e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2158  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.56 
 
 		 453 aa  229  7e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4639  putative sigma54 specific transcriptional regulator  30.59 
 
 		 574 aa  229  7e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.215037  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  37.46 
 
 		 439 aa  229  8e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1161  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 496 aa  229  8e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.175427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1270  Fis family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 464 aa  229  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.912527  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 495 aa  229  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.65 
 
 		 473 aa  229  1e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.65 
 
 		 473 aa  229  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0590  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.92 
 
 		 440 aa  228  2e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>