295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0003 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
362 aa  745  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  1.76519e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  39.77 
 
 
360 aa  259  4e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  5.23089e-05 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  39.94 
 
 
360 aa  259  6e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  2.74736e-09 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  39.22 
 
 
360 aa  258  1e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  40.47 
 
 
360 aa  256  3e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  40.51 
 
 
360 aa  254  1e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  3.66734e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  39.22 
 
 
365 aa  255  1e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  1.80359e-07 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  37.01 
 
 
361 aa  253  2e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  39.94 
 
 
360 aa  253  5e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  39.94 
 
 
360 aa  253  5e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  2.00533e-11 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  39.65 
 
 
360 aa  252  7e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  1.41072e-09 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  38.38 
 
 
360 aa  252  9e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  1.17147e-09 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  38.38 
 
 
360 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  38.38 
 
 
360 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  38.38 
 
 
360 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  38.03 
 
 
360 aa  248  1e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  36.44 
 
 
361 aa  247  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  40.06 
 
 
360 aa  247  2e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  36.44 
 
 
361 aa  248  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  36.18 
 
 
361 aa  246  5e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  36.18 
 
 
361 aa  246  5e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  36.18 
 
 
361 aa  246  6e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  9.27918e-06  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  36.44 
 
 
361 aa  245  8e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  37.89 
 
 
358 aa  244  2e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  35.9 
 
 
361 aa  244  2e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  36.34 
 
 
357 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  36.34 
 
 
357 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  39.47 
 
 
360 aa  243  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  36.34 
 
 
357 aa  243  4e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  36.34 
 
 
357 aa  243  4e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  36.34 
 
 
357 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  35.49 
 
 
357 aa  240  3e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  7.48335e-05  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  36.06 
 
 
357 aa  238  9e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  36.06 
 
 
357 aa  238  9e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  36.06 
 
 
357 aa  238  9e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  36.06 
 
 
357 aa  238  9e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  36.06 
 
 
357 aa  238  9e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.37842e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  36.06 
 
 
357 aa  238  9e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  36.06 
 
 
357 aa  238  9e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.06 
 
 
357 aa  238  9e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  36.06 
 
 
357 aa  238  1e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  35.93 
 
 
359 aa  237  3e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  35.8 
 
 
359 aa  234  2e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  40.42 
 
 
369 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  40.42 
 
 
369 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  35.93 
 
 
357 aa  229  6e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  1.67718e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  35.93 
 
 
357 aa  229  7e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.62 
 
 
360 aa  225  7e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0005  recombination protein F  40.54 
 
 
367 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  40.24 
 
 
367 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  40.24 
 
 
367 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.50595e-05 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  34.09 
 
 
359 aa  224  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0003  recombination protein F  39.94 
 
 
367 aa  223  5e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.510695  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  39.58 
 
 
367 aa  222  7e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  34.38 
 
 
357 aa  222  8e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.58 
 
 
367 aa  222  1e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  34.54 
 
 
363 aa  221  2e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  36.98 
 
 
368 aa  221  2e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  36.61 
 
 
367 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  38.97 
 
 
367 aa  217  3e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00030  recombination protein F  39.63 
 
 
365 aa  214  2e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  35.75 
 
 
367 aa  213  4e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  34.02 
 
 
363 aa  210  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  34.21 
 
 
338 aa  206  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  5.71812e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0003  recombination protein F  34.93 
 
 
361 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.06 
 
 
377 aa  202  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.64 
 
 
373 aa  200  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.32 
 
 
363 aa  198  1e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0752559  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.25 
 
 
354 aa  196  7e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180653  normal  0.423581 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  38.3 
 
 
349 aa  196  8e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03481  recombination protein F  34.79 
 
 
365 aa  191  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  36.58 
 
 
364 aa  192  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  32.07 
 
 
353 aa  188  1e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3031  DNA replication and repair protein RecF  33.15 
 
 
359 aa  187  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  31.78 
 
 
353 aa  187  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0003  recombination protein F  31.22 
 
 
364 aa  177  2e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0185053  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0003  recombination protein F  30.94 
 
 
364 aa  175  1e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.26612  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  30.41 
 
 
370 aa  169  5e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0003  DNA replication and repair protein RecF  32 
 
 
357 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.795799 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.94 
 
 
359 aa  163  5e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.81 
 
 
364 aa  160  5e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  29.39 
 
 
365 aa  158  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0005  DNA replication and repair protein RecF  29.73 
 
 
402 aa  158  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.478589  hitchhiker  0.000458598 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.9 
 
 
382 aa  156  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  29.54 
 
 
364 aa  156  6e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.86 
 
 
376 aa  149  9e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.87 
 
 
404 aa  146  5e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00736355  unclonable  1.72391e-06 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  28.57 
 
 
365 aa  146  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  26.65 
 
 
364 aa  142  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  29.68 
 
 
369 aa  141  2e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.01 
 
 
370 aa  139  8e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  29.25 
 
 
368 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  28.65 
 
 
372 aa  137  3e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  26.67 
 
 
362 aa  137  3e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  29.44 
 
 
366 aa  135  9e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  27.57 
 
 
370 aa  135  1e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  27.57 
 
 
370 aa  135  1e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.97 
 
 
360 aa  134  2e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  28.03 
 
 
361 aa  134  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  28.03 
 
 
361 aa  134  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>