199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_0300 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 370 aa  742    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  27.76 
 
 		 349 aa  101  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  26.07 
 
 		 355 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  28.61 
 
 		 346 aa  83.2  0.000000000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  27.42 
 
 		 367 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  29.81 
 
 		 347 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  29.19 
 
 		 367 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  27.52 
 
 		 400 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  26.87 
 
 		 367 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  26.7 
 
 		 342 aa  75.9  0.0000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  28 
 
 		 370 aa  70.5  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 410 aa  69.3  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  23.89 
 
 		 383 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  30.8 
 
 		 386 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  25.72 
 
 		 347 aa  66.6  0.0000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  29.07 
 
 		 349 aa  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  25.77 
 
 		 360 aa  64.7  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  29.37 
 
 		 366 aa  64.3  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  30.71 
 
 		 370 aa  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  29.41 
 
 		 394 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  28.81 
 
 		 372 aa  62  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  27.76 
 
 		 410 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7699  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 112 aa  61.6  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829097  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  32.41 
 
 		 350 aa  60.5  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1409  protein of unknown function DUF955  27.65 
 
 		 383 aa  59.3  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  25.5 
 
 		 357 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  25.29 
 
 		 399 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  30.53 
 
 		 404 aa  58.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3552  hypothetical protein  27.15 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  24.07 
 
 		 359 aa  56.6  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  26.85 
 
 		 365 aa  56.2  0.0000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  26.07 
 
 		 416 aa  56.2  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 396 aa  56.2  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  28.29 
 
 		 354 aa  55.1  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  22.26 
 
 		 399 aa  55.5  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  23 
 
 		 352 aa  54.7  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0389  hypothetical protein  28.91 
 
 		 393 aa  54.7  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0725053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  31.37 
 
 		 393 aa  54.3  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  28.24 
 
 		 356 aa  53.9  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  28.7 
 
 		 352 aa  53.9  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  24.79 
 
 		 355 aa  53.5  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 400 aa  52.8  0.000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  26.13 
 
 		 362 aa  52.8  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 119 aa  52.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  26.03 
 
 		 390 aa  52.4  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0275  DNA-binding protein  24.15 
 
 		 377 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0902  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 82 aa  51.6  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 76 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 76 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0508  transcriptional regulator, putative  45.61 
 
 		 312 aa  51.2  0.00003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 176 aa  50.8  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 75 aa  51.2  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  38.03 
 
 		 188 aa  51.2  0.00003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  27.7 
 
 		 366 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 91 aa  50.4  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  28.11 
 
 		 372 aa  50.1  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0903  transcriptional regulator, XRE family  40.58 
 
 		 77 aa  49.3  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 126 aa  49.3  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  21.21 
 
 		 376 aa  48.9  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  39.33 
 
 		 117 aa  49.3  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4067  helix-turn-helix domain-containing protein  40.68 
 
 		 125 aa  49.3  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.563451 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1546  hypothetical protein  38.75 
 
 		 277 aa  48.5  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.799825 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  25.17 
 
 		 363 aa  48.5  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  20.23 
 
 		 391 aa  48.1  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 186 aa  48.1  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  28.99 
 
 		 372 aa  48.1  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  39.66 
 
 		 67 aa  48.9  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  28.93 
 
 		 283 aa  48.1  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  28.23 
 
 		 359 aa  48.5  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  20.23 
 
 		 391 aa  48.1  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  37.04 
 
 		 181 aa  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06770  predicted transcriptional regulator  41.67 
 
 		 106 aa  47.8  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  37.04 
 
 		 181 aa  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 149 aa  47.8  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 113 aa  47.8  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 146 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 142 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  31.34 
 
 		 78 aa  47.4  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 123 aa  47.4  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  34.18 
 
 		 182 aa  47.4  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 199 aa  47.4  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 137 aa  47  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 94 aa  47  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 94 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 94 aa  47  0.0005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 94 aa  47  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 137 aa  47  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  39.34 
 
 		 123 aa  47  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 94 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 94 aa  47  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  35.8 
 
 		 181 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2718  hypothetical protein  27.38 
 
 		 266 aa  47  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  35.8 
 
 		 181 aa  46.6  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  35.8 
 
 		 181 aa  46.6  0.0007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 181 aa  46.6  0.0007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 181 aa  46.6  0.0007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 76 aa  46.6  0.0007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0810  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 85 aa  46.6  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.697679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  26.23 
 
 		 355 aa  46.6  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>