More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1196 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  684    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3409  AraC family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 339 aa  179  4e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.804556  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  40.24 
 
 		 339 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 348 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 333 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 345 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  28.85 
 
 		 335 aa  116  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 350 aa  115  8.999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  30.66 
 
 		 366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  31.72 
 
 		 362 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 357 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 335 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  30.29 
 
 		 366 aa  113  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 358 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 334 aa  112  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  27.69 
 
 		 346 aa  109  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 349 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 343 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  27.7 
 
 		 347 aa  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 345 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  28.36 
 
 		 343 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  28.48 
 
 		 340 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 341 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 333 aa  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 335 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 342 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 337 aa  103  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  27 
 
 		 337 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  28.68 
 
 		 348 aa  103  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 341 aa  103  6e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0743  AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 330 aa  102  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.191444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 341 aa  102  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  28.46 
 
 		 343 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1284  helix-turn-helix domain-containing protein  31.68 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 346 aa  100  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 341 aa  99.8  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  30.49 
 
 		 365 aa  98.6  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2412  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 386 aa  98.6  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.462091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 332 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 369 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 359 aa  97.4  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  30.86 
 
 		 345 aa  97.1  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 335 aa  97.1  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 327 aa  96.7  5e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  27.09 
 
 		 347 aa  96.7  6e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  25.71 
 
 		 360 aa  96.3  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 351 aa  95.9  8e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 338 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 339 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 338 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 341 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 358 aa  94  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 344 aa  94.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 358 aa  94  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  27.03 
 
 		 348 aa  93.6  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2068  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 339 aa  93.6  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 351 aa  93.2  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0166  helix-turn-helix domain-containing protein  26.43 
 
 		 368 aa  92.8  8e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 339 aa  92.4  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 337 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.02 
 
 		 343 aa  92  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  26.52 
 
 		 345 aa  92  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 346 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 342 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 338 aa  91.7  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  31.33 
 
 		 333 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 396 aa  91.7  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  31.33 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 341 aa  91.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 376 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 343 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 364 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 344 aa  90.9  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 		 343 aa  90.1  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  27.3 
 
 		 347 aa  90.5  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 351 aa  90.5  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 337 aa  90.1  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 346 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30620  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 342 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0924433 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 341 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 327 aa  89.7  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  27.76 
 
 		 330 aa  89.4  8e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  28.91 
 
 		 390 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 364 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0045  helix-turn-helix domain-containing protein  29.37 
 
 		 373 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 365 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 334 aa  89.4  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 345 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  28.05 
 
 		 352 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  34.1 
 
 		 335 aa  89  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  26 
 
 		 354 aa  88.6  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 353 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  24.23 
 
 		 353 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 353 aa  88.2  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>