More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0960 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0960  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 214 aa  437  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0828  two component LuxR family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 204 aa  263  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00513824  normal  0.360671 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1894  putative response regulator receiver protein  59.31 
 
 		 204 aa  258  6e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.761861  normal  0.0769356 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1676  two component LuxR family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 210 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0087  two component transcriptional regulator, LuxR  44.39 
 
 		 210 aa  180  1e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.197031  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1723  two component LuxR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 240 aa  180  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4184  hypothetical protein  44.5 
 
 		 207 aa  168  6e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.400045  normal  0.380291 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2744  two component LuxR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 201 aa  159  4e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4131  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 220 aa  151  8e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4179  hypothetical protein  43.63 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365276 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4133  two component LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 240 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 210 aa  130  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1870  two component LuxR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 218 aa  123  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  36.92 
 
 		 217 aa  121  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 224 aa  121  9e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0694  two component LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.770061  normal  0.351457 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3372  two component LuxR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 212 aa  118  4.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383896 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3716  two component LuxR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 209 aa  118  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.576881  normal  0.099275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1450  two component LuxR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 224 aa  115  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3005  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 217 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00815247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.19 
 
 		 218 aa  114  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.19 
 
 		 218 aa  114  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 221 aa  112  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 209 aa  112  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19700  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.97 
 
 		 209 aa  112  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1932  DNA-binding response regulator  33.01 
 
 		 219 aa  112  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00601791  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 227 aa  112  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3936  two component LuxR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 213 aa  112  5e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00507176  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0273  two component LuxR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 231 aa  112  5e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0465  two component transcriptional regulator  32.37 
 
 		 239 aa  111  8.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1929  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.06 
 
 		 209 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.142226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0164  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38930  putative transcriptional regulator  34.93 
 
 		 221 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2496  two component LuxR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 212 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.996792 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 208 aa  109  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 221 aa  109  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2665  LuxR family two component transcriptional regulator  34.45 
 
 		 221 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 213 aa  108  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4024  two component LuxR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 216 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136895 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 221 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0065  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.75 
 
 		 204 aa  108  5e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 207 aa  108  6e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 216 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3138  two component LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 221 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.892266 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 220 aa  108  8.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1849  DNA-binding response regulator NarL  31.14 
 
 		 233 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  107  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1943  two component LuxR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 221 aa  107  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2848  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 212 aa  107  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.857037  normal  0.944506 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02155  putative regulator in two-component regulatory system ; LuxR family protein  34.16 
 
 		 211 aa  107  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3317  putative transcriptional regulator  34.29 
 
 		 221 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0522  response regulator receiver protein  30.43 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 212 aa  106  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38490  Response regulator, LuxR family  33.17 
 
 		 215 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3459  two component LuxR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 223 aa  106  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.306063  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  32.37 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2173  two component LuxR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 221 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.548338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 217 aa  106  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2630  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.76 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1998  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.86 
 
 		 225 aa  106  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.12496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2464  two component LuxR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 221 aa  106  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4565  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 224 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0836  LuxR family two component transcriptional regulator  34.63 
 
 		 224 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0588074 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0664  two component LuxR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 223 aa  105  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.358413 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3231  two component LuxR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 209 aa  105  4e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.229823  normal  0.0283688 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 219 aa  105  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.8 
 
 		 235 aa  105  5e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1736  DNA-binding response regulator NarL  31.42 
 
 		 233 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2764  DNA-binding response regulator NarL  31.42 
 
 		 233 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.922757  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1981  two component LuxR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 213 aa  105  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.607794  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3283  two component LuxR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 223 aa  105  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.335218 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2686  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  31.42 
 
 		 233 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1519  DNA-binding response regulator NarL  31.42 
 
 		 233 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.281442  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2630  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  31.42 
 
 		 233 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2246  DNA-binding response regulator NarL  31.42 
 
 		 233 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3072  DNA-binding response regulator NarL  31.42 
 
 		 233 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.43 
 
 		 227 aa  105  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  105  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.29 
 
 		 227 aa  105  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  32.7 
 
 		 221 aa  105  7e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1545  two component LuxR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 219 aa  105  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.505974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2422  two component LuxR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 196 aa  104  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0496562  normal  0.787858 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1537  putative two-component response regulator  32.85 
 
 		 217 aa  104  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17670  LuxR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 217 aa  104  8e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2668  two component LuxR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 213 aa  104  9e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1635  LuxR family two component transcriptional regulator  33.17 
 
 		 216 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0549  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.88 
 
 		 220 aa  104  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0852  two component LuxR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1384  LuxR response regulator receiver  33.17 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1574  two component LuxR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347453 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3954  two component LuxR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 229 aa  103  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 209 aa  104  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4822  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4082  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 216 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2511  two component LuxR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 229 aa  103  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1867  two component LuxR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00198288  hitchhiker  0.000309651 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3356  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.19 
 
 		 216 aa  104  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.334369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2245  two component LuxR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 218 aa  103  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00227369  normal  0.0543921 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>