278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0027 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0027  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 204 aa  419  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.189554  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0228  3'-5' exonuclease  75.86 
 
 		 203 aa  333  1e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3589  3'-5' exonuclease  73.89 
 
 		 203 aa  318  3.9999999999999996e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2813  3'-5' exonuclease  70.59 
 
 		 204 aa  296  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1152  ribonuclease D  70.59 
 
 		 204 aa  296  1e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2609  3'-5' exonuclease  70.1 
 
 		 204 aa  295  5e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2775  3'-5' exonuclease  70.1 
 
 		 204 aa  294  6e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0572  3'-5' exonuclease  67.16 
 
 		 204 aa  290  1e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0419  3'-5' exonuclease  65.2 
 
 		 204 aa  279  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0047  3'-5' exonuclease  66.18 
 
 		 204 aa  278  4e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0174  3'-5' exonuclease  65.69 
 
 		 204 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5125  3'-5' exonuclease  65 
 
 		 207 aa  277  8e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0268839  normal  0.933758 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2343  3'-5' exonuclease  65.05 
 
 		 205 aa  277  9e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.151538 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0109  3'-5' exonuclease  62.25 
 
 		 204 aa  277  9e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.378562  normal  0.35649 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0659  3'-5' exonuclease  64.71 
 
 		 204 aa  275  4e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.265112 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0196  3'-5' exonuclease  62.07 
 
 		 203 aa  275  5e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.950897 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0171  3'-5' exonuclease  65.22 
 
 		 206 aa  274  5e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2425  3'-5' exonuclease  62.5 
 
 		 209 aa  274  6e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0125  putative 3'-5' exonuclease family protein  65.2 
 
 		 204 aa  274  7e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00602859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5275  3'-5' exonuclease  63.73 
 
 		 204 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28449  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0179  3'-5' exonuclease  63.77 
 
 		 206 aa  273  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00803697  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2497  3'-5' exonuclease  63 
 
 		 209 aa  271  5.000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.325432  normal  0.308179 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2720  3'-5' exonuclease  62.5 
 
 		 209 aa  269  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.149721  normal  0.0609935 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5922  3'-5' exonuclease  63.73 
 
 		 204 aa  269  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2903  3'-5' exonuclease  65.37 
 
 		 205 aa  268  2.9999999999999997e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.865613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3984  3'-5' exonuclease  64.56 
 
 		 205 aa  268  4e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3464  3'-5' exonuclease  68.11 
 
 		 208 aa  268  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0155  3'-5' exonuclease  63.55 
 
 		 204 aa  267  8e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.299764 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0135  3'-5' exonuclease  62.14 
 
 		 205 aa  266  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0117  3'-5' exonuclease family protein  61.17 
 
 		 205 aa  265  2.9999999999999995e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0068  3'-5' exonuclease  62.62 
 
 		 206 aa  263  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0120  3'-5' exonuclease family protein  60.68 
 
 		 205 aa  262  3e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.328382  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0120  ribonuclease D  67.03 
 
 		 208 aa  261  4e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.818192  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3251  3'-5' exonuclease  62.44 
 
 		 205 aa  261  4e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4954  3'-5' exonuclease  62.44 
 
 		 205 aa  259  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.332898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4028  3'-5' exonuclease  65.95 
 
 		 208 aa  259  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4358  3'-5' exonuclease  64.86 
 
 		 208 aa  257  9e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00583903 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1669  3'-5' exonuclease  61.46 
 
 		 218 aa  257  9e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.335885  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1219  3'-5' exonuclease domain-containing protein  63.86 
 
 		 206 aa  256  2e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000485799  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0015  3'-5' exonuclease  60 
 
 		 206 aa  248  5e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0333  3'-5' exonuclease  61.31 
 
 		 210 aa  247  1e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.273167  normal  0.287022 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0816  3'-5' exonuclease  56.12 
 
 		 216 aa  236  2e-61  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00362431  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0529  3'-5' exonuclease family protein  55.72 
 
 		 206 aa  233  1.0000000000000001e-60  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1011  3'-5' exonuclease family protein  52.94 
 
 		 204 aa  230  1e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0881939  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0878  3'-5' exonuclease  54.15 
 
 		 206 aa  223  1e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0327  3'-5' exonuclease  53.72 
 
 		 213 aa  203  2e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0678  3'-5' exonuclease  49.27 
 
 		 211 aa  189  2.9999999999999997e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2509  3'-5' exonuclease  49.73 
 
 		 209 aa  186  2e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3799  3'-5' exonuclease  45.95 
 
 		 209 aa  181  7e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.954695 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1621  3'-5' exonuclease  47.57 
 
 		 207 aa  180  1e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.169628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1914  3'-5' exonuclease  48.4 
 
 		 209 aa  179  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.194823 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1118  3'-5' exonuclease  46.49 
 
 		 210 aa  175  4e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1147  3'-5' exonuclease  46.49 
 
 		 210 aa  175  4e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.546163 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0407  3'-5' exonuclease  50 
 
 		 214 aa  170  2e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.23143  normal  0.475558 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1676  putative ribonuclease D  44 
 
 		 211 aa  165  5e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.137272  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2246  3'-5' exonuclease  45.95 
 
 		 217 aa  164  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1922  3'-5' exonuclease  48 
 
 		 214 aa  162  3e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0431536  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17921  putative ribonuclease D  43.37 
 
 		 211 aa  162  4.0000000000000004e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17051  putative ribonuclease D  42.16 
 
 		 214 aa  159  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17711  putative ribonuclease D  40.2 
 
 		 213 aa  159  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.606229  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17761  putative ribonuclease D  42.35 
 
 		 211 aa  158  6e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20321  putative ribonuclease D  41.62 
 
 		 214 aa  148  5e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1157  putative ribonuclease D  41.08 
 
 		 214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22631  putative ribonuclease D  44.24 
 
 		 212 aa  140  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.528712 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  39.87 
 
 		 392 aa  105  5e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  37.97 
 
 		 393 aa  98.6  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  32.78 
 
 		 382 aa  96.3  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  33.89 
 
 		 384 aa  96.3  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  33.53 
 
 		 405 aa  94.7  7e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  32.22 
 
 		 384 aa  94.4  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  34.13 
 
 		 382 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  32.57 
 
 		 392 aa  92.8  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  32.78 
 
 		 396 aa  93.2  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  33.53 
 
 		 392 aa  92  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  31.68 
 
 		 388 aa  89.4  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  30.86 
 
 		 389 aa  86.7  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  31.58 
 
 		 389 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  30.64 
 
 		 384 aa  85.5  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  30.63 
 
 		 394 aa  85.1  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  31.79 
 
 		 383 aa  84.7  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  29.68 
 
 		 395 aa  83.6  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  31.41 
 
 		 395 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  30.06 
 
 		 381 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  32.26 
 
 		 386 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1164  3'-5' exonuclease  35.85 
 
 		 550 aa  82.4  0.000000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0638405  normal  0.521406 
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  29.48 
 
 		 385 aa  82  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  30.06 
 
 		 381 aa  82.4  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  29.48 
 
 		 385 aa  82  0.000000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  31.65 
 
 		 382 aa  81.3  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  28.9 
 
 		 385 aa  80.9  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  29.49 
 
 		 395 aa  79.7  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  30 
 
 		 385 aa  79.3  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  29.45 
 
 		 392 aa  79  0.00000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  29.11 
 
 		 385 aa  78.6  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  34.76 
 
 		 396 aa  78.2  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0703  3'-5' exonuclease  29.41 
 
 		 386 aa  77.4  0.0000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.807909  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  31.72 
 
 		 392 aa  77  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  31.61 
 
 		 381 aa  77  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  30.13 
 
 		 384 aa  75.9  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  30.13 
 
 		 384 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>