268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0174 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0174  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 204 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0659  3'-5' exonuclease  93.14 
 
 		 204 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.265112 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0047  3'-5' exonuclease  93.14 
 
 		 204 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0419  3'-5' exonuclease  89.22 
 
 		 204 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0179  3'-5' exonuclease  83.98 
 
 		 206 aa  362  3e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00803697  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0125  putative 3'-5' exonuclease family protein  83.33 
 
 		 204 aa  358  3e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00602859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0171  3'-5' exonuclease  82.04 
 
 		 206 aa  348  4e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5125  3'-5' exonuclease  76.35 
 
 		 207 aa  324  6e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0268839  normal  0.933758 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0068  3'-5' exonuclease  74.27 
 
 		 206 aa  316  2e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2425  3'-5' exonuclease  73.27 
 
 		 209 aa  309  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0572  3'-5' exonuclease  71.08 
 
 		 204 aa  307  6.999999999999999e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0155  3'-5' exonuclease  70.44 
 
 		 204 aa  304  7e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.299764 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5275  3'-5' exonuclease  71.57 
 
 		 204 aa  303  8.000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28449  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2497  3'-5' exonuclease  73.76 
 
 		 209 aa  303  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.325432  normal  0.308179 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2720  3'-5' exonuclease  73.27 
 
 		 209 aa  301  5.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.149721  normal  0.0609935 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5922  3'-5' exonuclease  72.06 
 
 		 204 aa  301  6.000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0196  3'-5' exonuclease  67.98 
 
 		 203 aa  298  5e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.950897 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0117  3'-5' exonuclease family protein  68.78 
 
 		 205 aa  295  5e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0135  3'-5' exonuclease  68.78 
 
 		 205 aa  293  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0120  3'-5' exonuclease family protein  68.29 
 
 		 205 aa  291  4e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.328382  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0228  3'-5' exonuclease  66.5 
 
 		 203 aa  291  5e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3589  3'-5' exonuclease  70.44 
 
 		 203 aa  286  1e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3984  3'-5' exonuclease  68.29 
 
 		 205 aa  284  5e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3464  3'-5' exonuclease  66.34 
 
 		 208 aa  284  5.999999999999999e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0120  ribonuclease D  66.83 
 
 		 208 aa  281  6.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.818192  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1219  3'-5' exonuclease domain-containing protein  66.34 
 
 		 206 aa  280  1e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000485799  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4028  3'-5' exonuclease  66.34 
 
 		 208 aa  279  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0027  3'-5' exonuclease  65.69 
 
 		 204 aa  278  6e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.189554  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4358  3'-5' exonuclease  64.88 
 
 		 208 aa  271  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00583903 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2609  3'-5' exonuclease  65.2 
 
 		 204 aa  270  9e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4954  3'-5' exonuclease  66.67 
 
 		 205 aa  269  2e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.332898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2775  3'-5' exonuclease  66.18 
 
 		 204 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2813  3'-5' exonuclease  65.69 
 
 		 204 aa  267  8.999999999999999e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1152  ribonuclease D  65.69 
 
 		 204 aa  266  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0109  3'-5' exonuclease  64.71 
 
 		 204 aa  265  2.9999999999999995e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.378562  normal  0.35649 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2343  3'-5' exonuclease  63.9 
 
 		 205 aa  262  3e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.151538 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0015  3'-5' exonuclease  62.38 
 
 		 206 aa  259  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0333  3'-5' exonuclease  62.87 
 
 		 210 aa  258  4e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.273167  normal  0.287022 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3251  3'-5' exonuclease  60.98 
 
 		 205 aa  251  5.000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2903  3'-5' exonuclease  62.25 
 
 		 205 aa  248  5e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.865613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1011  3'-5' exonuclease family protein  57.84 
 
 		 204 aa  248  6e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0881939  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1669  3'-5' exonuclease  60.87 
 
 		 218 aa  247  8e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.335885  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0816  3'-5' exonuclease  56.93 
 
 		 216 aa  239  1e-62  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00362431  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0529  3'-5' exonuclease family protein  56.78 
 
 		 206 aa  238  5.999999999999999e-62  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0878  3'-5' exonuclease  57.07 
 
 		 206 aa  232  2.0000000000000002e-60  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3799  3'-5' exonuclease  50.97 
 
 		 209 aa  209  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.954695 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0327  3'-5' exonuclease  55.56 
 
 		 213 aa  209  3e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1914  3'-5' exonuclease  55.32 
 
 		 209 aa  208  5e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.194823 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2509  3'-5' exonuclease  53.03 
 
 		 209 aa  205  4e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1621  3'-5' exonuclease  53.61 
 
 		 207 aa  202  3e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.169628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1118  3'-5' exonuclease  52 
 
 		 210 aa  202  3e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1147  3'-5' exonuclease  52 
 
 		 210 aa  202  4e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.546163 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0678  3'-5' exonuclease  50.49 
 
 		 211 aa  194  5.000000000000001e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0407  3'-5' exonuclease  55.25 
 
 		 214 aa  193  2e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.23143  normal  0.475558 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2246  3'-5' exonuclease  52.94 
 
 		 217 aa  190  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1922  3'-5' exonuclease  54.02 
 
 		 214 aa  186  1e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0431536  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1676  putative ribonuclease D  48.73 
 
 		 211 aa  184  5e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.137272  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17051  putative ribonuclease D  51.08 
 
 		 214 aa  185  5e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17711  putative ribonuclease D  46.94 
 
 		 213 aa  183  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.606229  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17921  putative ribonuclease D  48.47 
 
 		 211 aa  182  3e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17761  putative ribonuclease D  47.96 
 
 		 211 aa  181  7e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20321  putative ribonuclease D  46.32 
 
 		 214 aa  172  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1157  putative ribonuclease D  45.79 
 
 		 214 aa  171  5e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22631  putative ribonuclease D  51.85 
 
 		 212 aa  167  1e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.528712 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1164  3'-5' exonuclease  39.77 
 
 		 550 aa  105  6e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0638405  normal  0.521406 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  37.65 
 
 		 393 aa  95.9  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  37.82 
 
 		 392 aa  94.7  8e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  35.33 
 
 		 389 aa  92.8  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  32.73 
 
 		 375 aa  92.4  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  31.87 
 
 		 381 aa  92.4  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  35.22 
 
 		 385 aa  90.9  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  34.42 
 
 		 389 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  34.42 
 
 		 395 aa  89  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  36.48 
 
 		 386 aa  88.6  6e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  34.42 
 
 		 384 aa  88.2  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  34.42 
 
 		 384 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  35.44 
 
 		 385 aa  88.2  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  33.77 
 
 		 394 aa  87.8  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  30.17 
 
 		 384 aa  87  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  35.81 
 
 		 392 aa  87.8  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  32.47 
 
 		 388 aa  87  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  30.22 
 
 		 381 aa  86.7  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  35.46 
 
 		 405 aa  86.7  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  33.54 
 
 		 385 aa  87  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  33.77 
 
 		 384 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  34.19 
 
 		 386 aa  85.1  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  34.18 
 
 		 381 aa  82.4  0.000000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  29.67 
 
 		 385 aa  81.6  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  28.57 
 
 		 385 aa  81.6  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  29.67 
 
 		 385 aa  81.6  0.000000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  33.33 
 
 		 388 aa  80.9  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  33.14 
 
 		 396 aa  80.9  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  31.41 
 
 		 392 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  31.71 
 
 		 381 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  32.56 
 
 		 401 aa  80.9  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  32.52 
 
 		 382 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  32.14 
 
 		 392 aa  80.5  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  28.98 
 
 		 405 aa  80.1  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  32.48 
 
 		 399 aa  80.5  0.00000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2009  ribonuclease D  35 
 
 		 362 aa  80.1  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.815664  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>