More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_15450 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  100 
 
 		 180 aa  353  5.999999999999999e-97  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  67.3 
 
 		 171 aa  215  2.9999999999999998e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  55.9 
 
 		 235 aa  173  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  55.9 
 
 		 235 aa  173  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  55.9 
 
 		 235 aa  173  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  53.7 
 
 		 167 aa  171  5e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  53.25 
 
 		 172 aa  171  6.999999999999999e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  53.66 
 
 		 172 aa  169  3e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  53.94 
 
 		 220 aa  168  3e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  56.97 
 
 		 179 aa  168  4e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  53.7 
 
 		 171 aa  167  5e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  54.04 
 
 		 220 aa  167  5e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  55.56 
 
 		 176 aa  167  8e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  53.12 
 
 		 519 aa  163  1.0000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  50.62 
 
 		 165 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  52.66 
 
 		 173 aa  160  9e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  48.84 
 
 		 176 aa  159  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  49.7 
 
 		 206 aa  158  3e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  53.7 
 
 		 183 aa  157  6e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  54.49 
 
 		 192 aa  156  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1335  shikimate kinase  48.82 
 
 		 181 aa  154  6e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.89172  normal  0.76234 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  48.77 
 
 		 577 aa  150  8e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  55.56 
 
 		 167 aa  149  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  52.47 
 
 		 166 aa  148  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1846  shikimate kinase  53.66 
 
 		 167 aa  142  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  47.31 
 
 		 187 aa  139  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  47.31 
 
 		 187 aa  138  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3208  shikimate kinase  52.2 
 
 		 225 aa  134  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.181986  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  45.73 
 
 		 172 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  45.73 
 
 		 172 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17860  shikimate kinase  47.62 
 
 		 188 aa  128  4.0000000000000003e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.114511  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  40.12 
 
 		 204 aa  125  2.0000000000000002e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  40.83 
 
 		 171 aa  121  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  43.37 
 
 		 182 aa  120  9e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  43.64 
 
 		 169 aa  120  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  45.86 
 
 		 163 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  47.24 
 
 		 604 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  44.24 
 
 		 172 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  47.24 
 
 		 579 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  47.24 
 
 		 579 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  39.41 
 
 		 171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  45.68 
 
 		 185 aa  119  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  44.59 
 
 		 163 aa  117  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  42.69 
 
 		 171 aa  117  7e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  42.11 
 
 		 171 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  42.11 
 
 		 171 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  42.69 
 
 		 171 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  42.33 
 
 		 172 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  40.83 
 
 		 172 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  42.11 
 
 		 171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  42.07 
 
 		 172 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  41.18 
 
 		 171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  43.29 
 
 		 174 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  46.67 
 
 		 203 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  39.18 
 
 		 186 aa  116  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  42.35 
 
 		 174 aa  115  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  41.18 
 
 		 171 aa  115  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  42.11 
 
 		 171 aa  115  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  42.11 
 
 		 171 aa  115  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  42.35 
 
 		 171 aa  115  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  42.11 
 
 		 171 aa  115  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  42.11 
 
 		 171 aa  115  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  42.11 
 
 		 171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  42.11 
 
 		 171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  42.11 
 
 		 171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  42.11 
 
 		 171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  42.33 
 
 		 172 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  41.72 
 
 		 172 aa  114  7.999999999999999e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  40.85 
 
 		 172 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  38.6 
 
 		 186 aa  113  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  45.83 
 
 		 177 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  39.63 
 
 		 180 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  44.51 
 
 		 180 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  37.79 
 
 		 225 aa  112  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 225 aa  112  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 225 aa  112  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  37.79 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  42.68 
 
 		 200 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  41.21 
 
 		 190 aa  111  5e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  42.31 
 
 		 163 aa  111  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  111  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  110  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  111  7.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  110  7.000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  37.79 
 
 		 173 aa  110  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  41.61 
 
 		 179 aa  110  9e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  43.27 
 
 		 203 aa  110  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  44.17 
 
 		 191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  37.87 
 
 		 171 aa  108  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>