More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4080 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  100 
 
 		 347 aa  654    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3915  transport system permease protein  84.14 
 
 		 332 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0755  iron compound ABC transporter, permease protein  82.12 
 
 		 347 aa  490  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.239373  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0704  iron compound ABC transporter, permease protein  83.44 
 
 		 328 aa  488  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3095  transport system permease protein  70.09 
 
 		 340 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838837  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  70.53 
 
 		 336 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1137  transport system permease protein  74.18 
 
 		 342 aa  408  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2981  transport system permease protein  63.35 
 
 		 353 aa  404  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.861253  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1928  transport system permease protein  65.92 
 
 		 335 aa  391  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0755913 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2600  transport system permease protein  63.41 
 
 		 346 aa  371  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2274  transport system permease protein  62.8 
 
 		 346 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.687817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1361  transport system permease protein  64.22 
 
 		 357 aa  374  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2417  transport system permease protein  65.51 
 
 		 339 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3278  transport system permease protein  65.82 
 
 		 338 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2057  transport system permease protein  66.77 
 
 		 338 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.441726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  59.94 
 
 		 346 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3391  ABC Fe3+-siderophores transporter, inner membrane subunit  67.2 
 
 		 344 aa  339  4e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.581639  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3037  transport system permease protein  67.2 
 
 		 344 aa  339  4e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  60.26 
 
 		 346 aa  328  9e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  59.62 
 
 		 346 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3206  transport system permease protein  55.38 
 
 		 345 aa  317  1e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  57.89 
 
 		 340 aa  308  1.0000000000000001e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0442  transport system permease protein  53.85 
 
 		 356 aa  270  2.9999999999999997e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.168478 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  49.85 
 
 		 338 aa  268  2e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  51.06 
 
 		 340 aa  261  1e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  45.63 
 
 		 351 aa  224  2e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  40.92 
 
 		 334 aa  223  4e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  41.09 
 
 		 369 aa  217  2e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  44.37 
 
 		 352 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2321  transport system permease protein  41.93 
 
 		 346 aa  205  1e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17620  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  46.08 
 
 		 354 aa  204  2e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  41.3 
 
 		 348 aa  202  8e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  39.88 
 
 		 363 aa  200  3e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  41.31 
 
 		 381 aa  200  3.9999999999999996e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  42.28 
 
 		 367 aa  200  3.9999999999999996e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  40.19 
 
 		 363 aa  199  7e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  40.82 
 
 		 360 aa  197  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2654  transport system permease protein  47.31 
 
 		 382 aa  196  6e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00408489  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  39.53 
 
 		 358 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  35.76 
 
 		 337 aa  193  3e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  42.86 
 
 		 340 aa  194  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  44.14 
 
 		 356 aa  194  3e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  41.07 
 
 		 341 aa  190  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1116  ABC transporter permease  33.53 
 
 		 343 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  43.62 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  43.62 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04380  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  45.24 
 
 		 389 aa  190  4e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0605  transport system permease protein  42.01 
 
 		 340 aa  189  5e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  42.81 
 
 		 370 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  38.28 
 
 		 351 aa  187  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1297  iron chelate ABC transporter permease protein  32.94 
 
 		 343 aa  187  3e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0147613  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  41.18 
 
 		 354 aa  186  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  37.17 
 
 		 361 aa  186  4e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  40.98 
 
 		 346 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  41.03 
 
 		 336 aa  186  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  42.27 
 
 		 343 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  37.07 
 
 		 345 aa  186  7e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2583  transport system permease protein  43.51 
 
 		 373 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  36.77 
 
 		 350 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  33.86 
 
 		 360 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  39.01 
 
 		 350 aa  182  7e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  34 
 
 		 362 aa  182  9.000000000000001e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  36.76 
 
 		 375 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0881  corrinoid ABC transporter permease  40.79 
 
 		 380 aa  181  1e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  40.06 
 
 		 332 aa  182  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2211  transport system permease protein  42.81 
 
 		 350 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  44.13 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1300  transport system permease protein  51.25 
 
 		 348 aa  180  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  36.12 
 
 		 364 aa  180  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  37.54 
 
 		 355 aa  180  4e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1425  iron(III) ABC transporter, permease protein  34.78 
 
 		 335 aa  180  4e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.01036  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  35.21 
 
 		 350 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3883  transport system permease protein  44.48 
 
 		 353 aa  179  7e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.807545  normal  0.268982 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26360  putative permease of ABC transporter  42.27 
 
 		 343 aa  179  8e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23970  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  46.9 
 
 		 369 aa  179  8e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.597722  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  38.85 
 
 		 328 aa  179  9e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2250  transport system permease protein  39.93 
 
 		 356 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.235988 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2398  hypothetical protein  36.66 
 
 		 361 aa  178  1e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.384157 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  35.85 
 
 		 364 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2134  transport system permease protein  39.4 
 
 		 357 aa  177  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0133047 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  39.32 
 
 		 353 aa  177  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  40.77 
 
 		 347 aa  177  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  36.16 
 
 		 365 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  35.91 
 
 		 385 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  37.79 
 
 		 452 aa  177  3e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3726  transport system permease protein  40.57 
 
 		 352 aa  176  4e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  33.75 
 
 		 356 aa  176  5e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3251  transport system permease protein  39.38 
 
 		 345 aa  176  7e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000970776  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  38.72 
 
 		 315 aa  176  7e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2821  transport system permease protein  40.49 
 
 		 322 aa  176  7e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.141731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2028  transport system permease protein  40.28 
 
 		 356 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4419  transport system permease protein  36.39 
 
 		 355 aa  176  8e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347706 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  41.74 
 
 		 350 aa  175  8e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  37.58 
 
 		 361 aa  175  9e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  42.81 
 
 		 361 aa  175  9e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2248  transport system permease protein  40.85 
 
 		 335 aa  175  9e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  40.97 
 
 		 346 aa  175  9e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  38.99 
 
 		 315 aa  174  9.999999999999999e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5104  transport system permease protein  41.23 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  33.44 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>