More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_12220 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_3498  extracellular solute-binding protein family 5  64.97 
 
 		 560 aa  671    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.716688 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  100 
 
 		 550 aa  1110    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  39.63 
 
 		 551 aa  301  2e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  34.48 
 
 		 537 aa  293  5e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  34.29 
 
 		 537 aa  291  3e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  36.31 
 
 		 535 aa  286  5.999999999999999e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  33.64 
 
 		 542 aa  278  2e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  34.5 
 
 		 555 aa  277  3e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  35.25 
 
 		 560 aa  274  2.0000000000000002e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2173  extracellular solute-binding protein family 5  35.06 
 
 		 544 aa  272  1e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  34.87 
 
 		 546 aa  271  2e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  32.45 
 
 		 541 aa  266  5e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2115  extracellular solute-binding protein  35.08 
 
 		 511 aa  256  8e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.435863  normal  0.188347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2530  putative ABC transporter  32.88 
 
 		 553 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  31.87 
 
 		 546 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  31.87 
 
 		 546 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  31.87 
 
 		 546 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  33.77 
 
 		 551 aa  219  1e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24440  extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 		 601 aa  216  8e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  31.16 
 
 		 516 aa  203  7e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  30.26 
 
 		 554 aa  201  3.9999999999999996e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34340  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.78 
 
 		 562 aa  196  8.000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144528  normal  0.124622 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0939  extracellular solute-binding protein family 5  32.85 
 
 		 532 aa  195  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 564 aa  190  5e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2659  extracellular solute-binding protein  29.96 
 
 		 535 aa  189  9e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.53 
 
 		 542 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.256824  normal  0.563037 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0031  extracellular solute-binding protein family 5  27.94 
 
 		 547 aa  180  7e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255435  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18670  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 		 587 aa  179  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0295  extracellular solute-binding protein family 5  28.82 
 
 		 558 aa  177  4e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  26.58 
 
 		 521 aa  174  5e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  26.58 
 
 		 521 aa  173  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.58 
 
 		 521 aa  173  6.999999999999999e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  26.58 
 
 		 521 aa  173  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 521 aa  173  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  30.3 
 
 		 509 aa  168  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3223  ABC transporter, periplasmic binding protein  27.29 
 
 		 539 aa  166  9e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.680403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  28.89 
 
 		 524 aa  165  3e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  27.67 
 
 		 551 aa  164  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4174  extracellular solute-binding protein family 5  26.62 
 
 		 545 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  29.52 
 
 		 554 aa  164  5.0000000000000005e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  28.71 
 
 		 520 aa  162  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2958  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 543 aa  161  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4456  extracellular solute-binding protein family 5  26.94 
 
 		 545 aa  161  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  28.24 
 
 		 550 aa  160  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3088  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein, putative  27.43 
 
 		 542 aa  159  8e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  27.55 
 
 		 526 aa  158  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.55 
 
 		 526 aa  158  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  27.01 
 
 		 541 aa  159  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1057  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 557 aa  157  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553694 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 		 521 aa  157  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  27.11 
 
 		 526 aa  157  7e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 		 512 aa  155  2e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7175  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.21 
 
 		 543 aa  155  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  29.35 
 
 		 510 aa  155  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3755  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 557 aa  154  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.88 
 
 		 510 aa  154  4e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4820  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 556 aa  154  5e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.161411 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  27.21 
 
 		 524 aa  152  1e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.42 
 
 		 508 aa  153  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  30.15 
 
 		 524 aa  152  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1779  extracellular solute-binding protein family 5  26.21 
 
 		 547 aa  152  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  25.15 
 
 		 534 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5556  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 		 522 aa  150  5e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.662967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  25.29 
 
 		 535 aa  150  6e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1189  4-phytase  27.26 
 
 		 523 aa  150  8e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  27.26 
 
 		 544 aa  148  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  27.54 
 
 		 530 aa  147  3e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0033  extracellular solute-binding protein family 5  26.15 
 
 		 547 aa  147  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 510 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1920  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 607 aa  146  8.000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.689476  normal  0.0152046 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.69 
 
 		 540 aa  145  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  28.63 
 
 		 537 aa  145  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 		 519 aa  145  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.88 
 
 		 524 aa  145  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4050  extracellular solute-binding protein family 5  25.81 
 
 		 548 aa  145  2e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 		 528 aa  145  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.62 
 
 		 532 aa  145  2e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  29.48 
 
 		 524 aa  145  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 535 aa  144  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 		 521 aa  144  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.9 
 
 		 544 aa  144  6e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000591223  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  26.95 
 
 		 526 aa  144  6e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2311  extracellular solute-binding protein family 5  27.74 
 
 		 562 aa  143  9e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34367  normal  0.0804809 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  26.65 
 
 		 547 aa  143  9e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  28.54 
 
 		 527 aa  143  9e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  30.04 
 
 		 538 aa  143  9e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  25.68 
 
 		 524 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  25.68 
 
 		 524 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.68 
 
 		 524 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.68 
 
 		 524 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.68 
 
 		 524 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.88 
 
 		 524 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  26.47 
 
 		 527 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.29 
 
 		 524 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  28.6 
 
 		 533 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  26.52 
 
 		 544 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  27.35 
 
 		 565 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  27.5 
 
 		 509 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.97 
 
 		 534 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0461  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 		 520 aa  140  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>