More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2365 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 223 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  84.68 
 
 		 223 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  85.65 
 
 		 223 aa  389  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  83.86 
 
 		 223 aa  385  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  80.63 
 
 		 223 aa  367  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  80.63 
 
 		 223 aa  368  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  80.63 
 
 		 223 aa  368  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  80.18 
 
 		 223 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  78.83 
 
 		 233 aa  358  5e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  79.28 
 
 		 223 aa  357  6e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  79.28 
 
 		 223 aa  357  6e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  79.28 
 
 		 223 aa  357  6e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  79.28 
 
 		 223 aa  357  6e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  74.66 
 
 		 223 aa  346  1e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  70.72 
 
 		 224 aa  329  3e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  66.97 
 
 		 227 aa  294  8e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  58.14 
 
 		 222 aa  258  4e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  53.08 
 
 		 224 aa  232  4.0000000000000004e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  40.29 
 
 		 225 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 206 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  37.8 
 
 		 222 aa  164  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  38.24 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 226 aa  160  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 226 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 226 aa  159  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 240 aa  158  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  35.89 
 
 		 226 aa  158  8e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 222 aa  157  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 222 aa  153  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 268 aa  152  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 229 aa  151  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 226 aa  146  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 214 aa  143  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  37.88 
 
 		 226 aa  142  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 231 aa  141  8e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 217 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 230 aa  136  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 267 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  39.39 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 245 aa  123  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  34.3 
 
 		 232 aa  119  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 257 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 230 aa  118  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  31.58 
 
 		 217 aa  116  3e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 234 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  36.5 
 
 		 257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 232 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 229 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 213 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  35.89 
 
 		 231 aa  109  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 219 aa  108  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 219 aa  108  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  29.95 
 
 		 219 aa  108  7.000000000000001e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 213 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 207 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  34.6 
 
 		 251 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  36.67 
 
 		 245 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 224 aa  106  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 209 aa  104  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  35.02 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 213 aa  103  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4088  transcriptional regulator, GntR family  34.6 
 
 		 236 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  37.18 
 
 		 218 aa  102  5e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 215 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 215 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 248 aa  97.8  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 221 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 267 aa  96.7  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  32.98 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 233 aa  95.5  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 233 aa  94.4  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1961  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 227 aa  93.6  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0634218  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1887  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  93.6  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000514659  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 226 aa  94  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 235 aa  94  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11670  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 210 aa  92.8  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.615947  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  29.23 
 
 		 221 aa  92.8  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5651  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 219 aa  92.8  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0870438  normal  0.299655 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 		 238 aa  92.8  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  30.59 
 
 		 231 aa  92  7e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 221 aa  92  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 230 aa  91.7  8e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 213 aa  91.3  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 235 aa  90.1  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 240 aa  89.7  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  29.33 
 
 		 239 aa  89.4  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 222 aa  89  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>