185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3570 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0070  Radical SAM domain protein  58.43 
 
 		 635 aa  754    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1855  radical SAM family protein  56.29 
 
 		 638 aa  716    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.357803 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1777  Radical SAM domain protein  51.95 
 
 		 737 aa  674    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.54513 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1155  radical SAM family protein  93.31 
 
 		 658 aa  1291    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3570  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 658 aa  1367    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370781  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4370  radical SAM domain-containing protein  55.16 
 
 		 634 aa  720    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0105  radical SAM domain-containing protein  57.37 
 
 		 636 aa  733    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0050  radical SAM domain-containing protein  58.39 
 
 		 707 aa  749    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1420  radical SAM domain-containing protein  58.44 
 
 		 632 aa  748    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4972  radical SAM domain-containing protein  49.84 
 
 		 738 aa  644    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.991033  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0089  Radical SAM domain protein  56.37 
 
 		 643 aa  737    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3586  Radical SAM domain protein  50.16 
 
 		 732 aa  646    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00751133 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2787  Radical SAM domain protein  49.92 
 
 		 732 aa  647    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.231637  normal  0.0637853 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3504  radical SAM domain-containing protein  89.6 
 
 		 646 aa  1222    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.596547 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0246  radical SAM domain-containing protein  85.89 
 
 		 647 aa  1182    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1481  radical SAM family protein  90.68 
 
 		 644 aa  1234    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.177835  normal  0.151823 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2276  radical SAM domain-containing protein  92.18 
 
 		 642 aa  1247    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.315011  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0112  Fe-S oxidoreductase  48.82 
 
 		 726 aa  616  1e-175  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0533  radical SAM domain protein  52.52 
 
 		 138 aa  157  7e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  24.43 
 
 		 590 aa  152  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  27.78 
 
 		 715 aa  133  9e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2989  Radical SAM domain protein  24.87 
 
 		 500 aa  99.8  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2019  Radical SAM domain protein  25.54 
 
 		 525 aa  99.8  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0788272  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  27.08 
 
 		 716 aa  97.1  9e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  29.08 
 
 		 565 aa  97.1  9e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  31.93 
 
 		 705 aa  95.5  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0245  radical SAM family protein  26.85 
 
 		 502 aa  93.6  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000162793  hitchhiker  0.0000142762 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  31.02 
 
 		 429 aa  92.4  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2521  radical SAM domain-containing protein  24.52 
 
 		 531 aa  88.6  4e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0155875  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0879  radical SAM family Fe-S protein  26.02 
 
 		 488 aa  88.2  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.293304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3373  radical SAM domain-containing protein  21.52 
 
 		 503 aa  85.1  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.319005 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  25.88 
 
 		 494 aa  82  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  27 
 
 		 494 aa  82  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  25.88 
 
 		 494 aa  82  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.95 
 
 		 494 aa  81.3  0.00000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  24.25 
 
 		 459 aa  79.3  0.0000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  25.69 
 
 		 444 aa  78.2  0.0000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0968  Radical SAM domain protein  24.03 
 
 		 630 aa  77  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  23.47 
 
 		 539 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  24.2 
 
 		 529 aa  76.3  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2379  Radical SAM domain protein  23.28 
 
 		 623 aa  75.5  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  28.49 
 
 		 1250 aa  72.8  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  24.38 
 
 		 521 aa  72.4  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2894  radical SAM family protein  27.88 
 
 		 613 aa  72  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.80419 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2292  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 		 634 aa  70.1  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.727503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  26.18 
 
 		 548 aa  68.9  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  23.05 
 
 		 524 aa  67  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1863  radical SAM family protein  23.77 
 
 		 486 aa  66.6  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.300057  normal  0.908691 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.89 
 
 		 548 aa  67  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.8 
 
 		 681 aa  65.9  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  22.75 
 
 		 518 aa  65.5  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  22.85 
 
 		 501 aa  65.1  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  21.6 
 
 		 546 aa  65.1  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0512  Radical SAM domain protein  22.78 
 
 		 486 aa  65.1  0.000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  25.53 
 
 		 426 aa  64.7  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  23.08 
 
 		 450 aa  64.7  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  26.02 
 
 		 488 aa  64.7  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  24.83 
 
 		 426 aa  64.3  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  21.99 
 
 		 555 aa  63.9  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  23.55 
 
 		 490 aa  63.2  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  24.8 
 
 		 541 aa  63.5  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  23.87 
 
 		 620 aa  62.8  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 471 aa  62.4  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  23.47 
 
 		 681 aa  61.6  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  22.81 
 
 		 502 aa  61.2  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  21.48 
 
 		 468 aa  60.8  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  27.87 
 
 		 488 aa  60.1  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  27.38 
 
 		 484 aa  60.5  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  20.4 
 
 		 473 aa  59.7  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  21.3 
 
 		 651 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.7 
 
 		 462 aa  59.3  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  22.22 
 
 		 512 aa  59.3  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  23.2 
 
 		 520 aa  59.3  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  21.94 
 
 		 583 aa  59.3  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  22.32 
 
 		 459 aa  58.9  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.43 
 
 		 558 aa  58.5  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  21.3 
 
 		 647 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  22.58 
 
 		 525 aa  58.2  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  22.22 
 
 		 461 aa  58.2  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  22.87 
 
 		 503 aa  57.8  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  21.01 
 
 		 647 aa  57.4  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  22.06 
 
 		 647 aa  57.4  0.0000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  21.89 
 
 		 651 aa  56.6  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  22.01 
 
 		 562 aa  57  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  22.77 
 
 		 470 aa  57  0.000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  21.8 
 
 		 674 aa  56.6  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  21.89 
 
 		 647 aa  56.6  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  21.89 
 
 		 651 aa  56.6  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  21.89 
 
 		 647 aa  56.6  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  23.6 
 
 		 487 aa  55.8  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  21.76 
 
 		 563 aa  56.6  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  25.13 
 
 		 528 aa  55.8  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  28.12 
 
 		 424 aa  55.8  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  22.1 
 
 		 460 aa  55.1  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  25.81 
 
 		 495 aa  55.1  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  21.52 
 
 		 576 aa  55.1  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  21.52 
 
 		 576 aa  55.5  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3233  radical SAM domain-containing protein  23.33 
 
 		 531 aa  54.7  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  23.23 
 
 		 473 aa  54.7  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1684  radical SAM family protein  21.46 
 
 		 633 aa  54.3  0.000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.198354  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>