More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1179 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1179  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
356 aa  729    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1321  ATP-binding region, ATPase-like protein  76.28 
 
 
356 aa  529  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2939  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  77.37 
 
 
360 aa  524  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.924574  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1434  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  77.37 
 
 
360 aa  524  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2929  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  77.37 
 
 
360 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3071  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  77.37 
 
 
360 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.429893 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2579  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  74.31 
 
 
360 aa  510  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1279  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  76.52 
 
 
360 aa  495  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1346  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  76.22 
 
 
360 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3231  flagellar regulatory protein B  75.61 
 
 
360 aa  486  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1358  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  72.36 
 
 
371 aa  486  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1339  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  75.61 
 
 
360 aa  487  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.400038 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  68.45 
 
 
370 aa  476  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3069  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  70.27 
 
 
371 aa  471  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1363  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  66.77 
 
 
362 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2300  flagellar regulatory protein B  66.46 
 
 
357 aa  404  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2311  histidine kinase  49.24 
 
 
347 aa  318  7e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1720  flagellar regulatory protein B  51.75 
 
 
351 aa  313  2.9999999999999996e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00341718  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1499  flagellar regulatory protein B  45.59 
 
 
431 aa  303  2.0000000000000002e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440819  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3050  histidine kinase  46.59 
 
 
398 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03165  hypothetical protein  47.83 
 
 
345 aa  299  5e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02892  putative sensory box sensor histidine kinase in two-component regulatory system  47.87 
 
 
380 aa  294  1e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2000  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.06 
 
 
411 aa  295  1e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002812  flagellar sensor histidine kinase FleS  47.87 
 
 
343 aa  293  2e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4273  two-component sensor  44.55 
 
 
402 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.595871  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3697  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.58 
 
 
405 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.194004  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3933  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.02 
 
 
405 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.571484  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4372  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.24 
 
 
405 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1495  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.24 
 
 
405 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.702129 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1533  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  43.83 
 
 
403 aa  252  7e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50200  two-component sensor  45.79 
 
 
402 aa  249  7e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000583337 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2828  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.73 
 
 
409 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.453157  normal  0.0182492 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3460  flagellar sensor histidine kinase FleS  43.52 
 
 
404 aa  242  6e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1955  sensor histidine kinase FleS  43.29 
 
 
368 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189576  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3451  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.25 
 
 
384 aa  235  7e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1727  hypothetical protein  37.81 
 
 
343 aa  220  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2192  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.3 
 
 
442 aa  221  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1727  hypothetical protein  36.96 
 
 
343 aa  219  7e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1445  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.88 
 
 
390 aa  192  9e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0774  sensor histidine kinase  36.28 
 
 
397 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.307711 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2898  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
386 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230241  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2712  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.74 
 
 
564 aa  155  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1658  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.71 
 
 
579 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0362267  normal  0.337398 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1684  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.15 
 
 
581 aa  137  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0799101  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.37 
 
 
722 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.100019 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1628  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.51 
 
 
929 aa  128  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0768  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.64 
 
 
673 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.670648  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2391  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 
573 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000390402  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0824  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.33 
 
 
616 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.125796 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0016  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.68 
 
 
679 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.225702  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02146  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with AtoC  27.09 
 
 
608 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.09 
 
 
608 aa  123  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02105  hypothetical protein  27.09 
 
 
608 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  27.09 
 
 
608 aa  123  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1431  sensory histidine kinase AtoS  27.09 
 
 
608 aa  123  6e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.250093  hitchhiker  0.00150562 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0172  sensory histidine kinase AtoS  29.01 
 
 
621 aa  122  7e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.557198  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  27.09 
 
 
608 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1004  sensory box histidine kinase  29.89 
 
 
363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.27324  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.25 
 
 
412 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000397625  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2201  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
480 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1898  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 
546 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2821  sensory box histidine kinase  28.36 
 
 
604 aa  120  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1319  sensor histidine kinase  30.87 
 
 
367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2908  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.78 
 
 
604 aa  117  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.293686  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2808  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.53 
 
 
595 aa  117  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.277541  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1175  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
412 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0245607  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1311  sensory histidine kinase AtoS  23.16 
 
 
614 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0448  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.96 
 
 
519 aa  116  6e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2148  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.02 
 
 
729 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1728  sensory box histidine kinase  27.25 
 
 
571 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00635742  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 
586 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03880  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with ZraR  32.48 
 
 
458 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0731183  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2010  sensory box histidine kinase  27.43 
 
 
571 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0531  sensory histidine kinase AtoS  27.86 
 
 
611 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0828  sensory histidine kinase AtoS  25.36 
 
 
613 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.167481 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.26 
 
 
970 aa  114  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.984464  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0426  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.18 
 
 
598 aa  114  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.830485  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0915  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.89 
 
 
362 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.115848  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5442  two-component sensor CbrA  29.33 
 
 
983 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4031  sensory box histidine kinase/response regulator  27.32 
 
 
851 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4022  sensor protein ZraS  32.05 
 
 
458 aa  113  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.425845  normal  0.0216302 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1841  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.67 
 
 
832 aa  113  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.193006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0124  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.32 
 
 
851 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4452  sensor protein ZraS  32.77 
 
 
458 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.260374  hitchhiker  0.000970682 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4095  sensory box histidine kinase/response regulator  27.04 
 
 
851 aa  112  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0879  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.73 
 
 
903 aa  112  1.0000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0673  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  28.95 
 
 
1215 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4547  sensor protein ZraS  32.77 
 
 
458 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00542205  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62530  two-component sensor CbrA  30.26 
 
 
983 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3741  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 
367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.49679  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3990  histidine kinase  32.77 
 
 
465 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0979  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.82 
 
 
617 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0966  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 
615 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.595194  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0852  histidine kinase  29.74 
 
 
528 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.152084  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2269  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.61 
 
 
736 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00414095 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4495  sensor protein ZraS  32.34 
 
 
458 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000791685  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1751  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.44 
 
 
671 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5473  sensor protein ZraS  32.77 
 
 
458 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.548998  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4237  sensor protein ZraS  32.34 
 
 
458 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.355168  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2950  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.43 
 
 
602 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.085128  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>