More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2531 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  100 
 
 		 142 aa  281  3.0000000000000004e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.93 
 
 		 145 aa  158  3e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.68 
 
 		 140 aa  152  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  54.48 
 
 		 139 aa  150  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1701  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.56 
 
 		 148 aa  150  8e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0404269  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.37 
 
 		 154 aa  146  7e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  50.34 
 
 		 146 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  50.34 
 
 		 146 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.45 
 
 		 148 aa  140  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.86 
 
 		 144 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.45 
 
 		 144 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.45 
 
 		 144 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  53.79 
 
 		 142 aa  137  7e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  47.86 
 
 		 144 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.86 
 
 		 144 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  47.86 
 
 		 144 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  49.26 
 
 		 146 aa  135  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  47.14 
 
 		 144 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.11 
 
 		 149 aa  134  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.75 
 
 		 142 aa  133  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  48.55 
 
 		 148 aa  132  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.06 
 
 		 144 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  47.06 
 
 		 145 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1729  tolR protein  49.24 
 
 		 141 aa  131  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4198  protein TolR  49.66 
 
 		 150 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.843588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0725  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.76 
 
 		 145 aa  130  5e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.154388  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  48.32 
 
 		 150 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3995  protein TolR  48.32 
 
 		 150 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4404  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.97 
 
 		 153 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0822226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  48.32 
 
 		 150 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  47.79 
 
 		 144 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.79 
 
 		 144 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36660  TolR protein  46.98 
 
 		 150 aa  127  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0583237  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.26 
 
 		 142 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.32 
 
 		 144 aa  127  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1275  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.65 
 
 		 150 aa  127  8.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.146064  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  47.92 
 
 		 154 aa  126  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.92 
 
 		 154 aa  126  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  44.06 
 
 		 145 aa  125  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  45.59 
 
 		 145 aa  122  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3239  tolR protein  44.59 
 
 		 148 aa  120  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0564  protein TolR  45.52 
 
 		 150 aa  120  9e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.434395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0412  TolR  48.51 
 
 		 147 aa  117  7e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.127174  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1762  protein TolR  48.51 
 
 		 147 aa  117  7e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1531  hypothetical protein  47.1 
 
 		 151 aa  116  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1452  hypothetical protein  47.1 
 
 		 151 aa  116  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01608  hypothetical protein  47.97 
 
 		 147 aa  113  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.603451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1431  tolR membrane protein  46.62 
 
 		 146 aa  108  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.87088e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0534  protein TolR  45.8 
 
 		 151 aa  107  8.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.156343  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.3 
 
 		 147 aa  105  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0065  TolR protein  42.86 
 
 		 136 aa  105  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0122118  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0066  protein TolR  42.86 
 
 		 136 aa  105  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.659052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003915  Tol biopolymer transport system TolR protein  45.95 
 
 		 147 aa  105  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0762164  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  44.19 
 
 		 152 aa  104  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04990  TolR-like protein  39.73 
 
 		 147 aa  103  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0118688  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  40.88 
 
 		 152 aa  103  7e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1896  TolR protein, membrane component  47.18 
 
 		 148 aa  103  9e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0896  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.04 
 
 		 151 aa  102  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000238629  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.75 
 
 		 166 aa  100  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  36.5 
 
 		 139 aa  100  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  43.07 
 
 		 167 aa  99.8  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  40.91 
 
 		 147 aa  98.2  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.15 
 
 		 141 aa  98.6  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2212  biopolymer transport TolR  33.09 
 
 		 140 aa  98.2  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000948089  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  38.85 
 
 		 139 aa  98.2  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2977  TolR protein  37.68 
 
 		 144 aa  97.8  5e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.76 
 
 		 139 aa  97.4  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1567  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.85 
 
 		 149 aa  97.4  6e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00086349 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  38.85 
 
 		 139 aa  97.4  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2079  tolR protein  40.71 
 
 		 149 aa  97.1  7e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2663  tolR protein  40.71 
 
 		 149 aa  97.1  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1947  TolR protein  40.71 
 
 		 149 aa  97.1  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0829  TolR protein  40.71 
 
 		 149 aa  97.1  7e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1375  tolR protein  39.29 
 
 		 149 aa  97.1  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.103721  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0771  protein TolR  39.29 
 
 		 149 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2585  protein TolR  39.29 
 
 		 149 aa  96.3  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0319  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.29 
 
 		 149 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.586711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0802  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.29 
 
 		 149 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  35.51 
 
 		 139 aa  95.9  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0696  protein TolR  39.29 
 
 		 149 aa  95.5  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.219875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.96 
 
 		 139 aa  95.9  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3254  tolR protein  40 
 
 		 149 aa  95.5  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.29 
 
 		 149 aa  95.5  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3201  TolR protein  40 
 
 		 149 aa  95.5  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367282  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  40 
 
 		 138 aa  95.9  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3239  TolR protein  40 
 
 		 149 aa  95.5  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0826525  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.52 
 
 		 149 aa  95.5  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0679  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.29 
 
 		 149 aa  95.5  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57915  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.14 
 
 		 144 aa  95.9  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.96 
 
 		 149 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  43.41 
 
 		 147 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  43.94 
 
 		 148 aa  94.4  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.41 
 
 		 144 aa  94.7  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  39.37 
 
 		 173 aa  94  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.59 
 
 		 152 aa  93.6  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1135  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 152 aa  93.6  8e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  38.58 
 
 		 151 aa  92.8  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  38.58 
 
 		 151 aa  92.8  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1251  biopolymer transport protein TolR  40 
 
 		 152 aa  92  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.134636  normal  0.986212 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>