More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0009 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0009  inner membrane protein, 60 kDa  100 
 
 
541 aa  1108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  9.42032e-06  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4032  protein translocase subunit yidC  79.89 
 
 
541 aa  911  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.58142e-05  hitchhiker  0.000218645 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4063  60 kDa inner membrane insertion protein  75.46 
 
 
542 aa  871  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000239208  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3775  60 kDa inner membrane insertion protein  75.79 
 
 
541 aa  863  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.06175e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0002  60 kDa inner membrane insertion protein  74.82 
 
 
544 aa  852  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.35714e-06  unclonable  1.55498e-10 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4257  60 kDa inner membrane insertion protein  75.78 
 
 
545 aa  869  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  6.06394e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4929  60 kDa inner membrane insertion protein  74.08 
 
 
544 aa  842  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  7.71873e-07  unclonable  1.353e-08 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4521  60 kDa inner membrane insertion protein  78.72 
 
 
541 aa  900  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.05334e-05  hitchhiker  0.000938862 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4002  60 kDa inner membrane insertion protein  78.78 
 
 
541 aa  903  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  3.55464e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3866  60 kDa inner membrane insertion protein  78.04 
 
 
542 aa  895  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000155519  unclonable  3.98144e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4380  60 kDa inner membrane insertion protein  78.72 
 
 
541 aa  900  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  6.4378e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0006  protein translocase subunit yidC  80.07 
 
 
541 aa  911  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.01193e-05  unclonable  8.73101e-11 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0004  inner membrane protein, 60 kDa  79.89 
 
 
541 aa  912  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4325  YidC translocase/secretase  78.72 
 
 
541 aa  900  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.79014e-05  unclonable  4.86692e-12 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3940  protein translocase subunit yidC  80.07 
 
 
541 aa  913  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  3.01662e-07  unclonable  6.40431e-11 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4379  60 kDa inner membrane insertion protein  78.72 
 
 
541 aa  900  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  3.22788e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0003  putative inner membrane protein translocase component YidC  54.31 
 
 
541 aa  594  1e-168  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0110357  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5050  inner membrane protein, 60 kDa  53.72 
 
 
543 aa  588  1e-167  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4312  60 kDa inner membrane insertion protein  52.47 
 
 
543 aa  590  1e-167  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.301696  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4035  putative inner membrane protein translocase component YidC  53.02 
 
 
543 aa  587  1e-166  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.247258  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4264  putative inner membrane protein translocase component YidC  53.02 
 
 
543 aa  584  1e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00254597  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0133  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.58 
 
 
541 aa  582  1e-165  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0580569  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2514  putative inner membrane protein translocase component YidC  53.22 
 
 
541 aa  579  1e-164  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.30871e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0028  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.82 
 
 
545 aa  572  1e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.15409  normal  0.0935166 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4293  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.47 
 
 
544 aa  573  1e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.016276  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3611  60 kDa inner membrane insertion protein  52.16 
 
 
566 aa  566  1e-160  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4616  putative inner membrane protein translocase component YidC  52.47 
 
 
543 aa  566  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00436  putative inner membrane protein translocase component YidC  53.1 
 
 
540 aa  564  1e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002016  OxaI/YidC membrane insertion protein  52.92 
 
 
540 aa  563  1e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  8.29805e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4246  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.37 
 
 
546 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.42375e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4157  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.37 
 
 
546 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.13128e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4182  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.37 
 
 
546 aa  560  1e-158  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  7.73413e-10  normal  0.0773458 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5135  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.28 
 
 
548 aa  552  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00207092  normal  0.0616185 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03589  inner membrane protein translocase component YidC  51.28 
 
 
548 aa  552  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.75257  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4072  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.28 
 
 
548 aa  552  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.131417  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4261  YidC translocase/secretase  51.28 
 
 
548 aa  552  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03533  hypothetical protein  51.28 
 
 
548 aa  552  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.534027  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4289  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.28 
 
 
548 aa  552  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0759973  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3919  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.28 
 
 
548 aa  552  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00313921  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4149  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.82 
 
 
548 aa  554  1e-156  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.05437e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4215  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.28 
 
 
548 aa  553  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.97196e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4054  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.55 
 
 
548 aa  549  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0899835  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4220  putative inner membrane protein translocase component YidC  51.09 
 
 
548 aa  550  1e-155  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.118855  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4176  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.73 
 
 
548 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4069  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.73 
 
 
548 aa  551  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00340238  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4233  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.55 
 
 
548 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11489  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4126  putative inner membrane protein translocase component YidC  50.36 
 
 
548 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.222064  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4485  60 kDa inner membrane insertion protein  47.19 
 
 
551 aa  516  1e-145  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00386094  hitchhiker  2.60158e-09 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0136  putative inner membrane protein translocase component YidC  46.14 
 
 
533 aa  505  1e-142  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.170147  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5444  putative inner membrane protein translocase component YidC  48.02 
 
 
560 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0006  putative inner membrane protein translocase component YidC  48.02 
 
 
560 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  3.87778e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5309  putative inner membrane protein translocase component YidC  48.02 
 
 
560 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.910149  normal  0.0868042 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5213  putative inner membrane protein translocase component YidC  47.3 
 
 
560 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52450  putative inner membrane protein translocase component YidC  47.39 
 
 
557 aa  493  1e-138  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5743  putative inner membrane protein translocase component YidC  46.31 
 
 
560 aa  492  1e-138  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528765  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5612  inner membrane protein, 60 kDa  45.47 
 
 
562 aa  478  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5134  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.44 
 
 
563 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3895  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.25 
 
 
567 aa  472  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.676329  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3316  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.77 
 
 
575 aa  471  1e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.783784  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6369  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.1 
 
 
578 aa  470  1e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73410  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.92 
 
 
578 aa  468  1e-130  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.431479  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4014  protein translocase subunit yidC  43.45 
 
 
557 aa  457  1e-127  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.308779 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3318  protein translocase subunit YidC  47.06 
 
 
557 aa  455  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4620  putative inner membrane protein translocase component YidC  43.94 
 
 
581 aa  455  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2144  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.42 
 
 
565 aa  454  1e-126  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00651842  unclonable  1.65557e-06 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2388  putative inner membrane protein translocase component YidC  44.17 
 
 
566 aa  452  1e-126  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00758023  hitchhiker  1.20585e-06 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2473  putative inner membrane protein translocase component YidC  45.05 
 
 
564 aa  445  1e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000743267 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2882  protein translocase subunit yidC  43.9 
 
 
562 aa  440  1e-122  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.208936  normal  0.460711 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04101  inner membrane protein, 60 kDa  49.89 
 
 
441 aa  435  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.117414  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2758  protein translocase subunit yidC  43.19 
 
 
552 aa  431  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.174551  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2411  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family domain containing  42.71 
 
 
570 aa  423  1e-117  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.705473  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3087  60 kDa inner membrane insertion protein  41.74 
 
 
545 aa  424  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.863197  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3037  inner membrane protein, 60 kDa  42.67 
 
 
545 aa  422  1e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1230  60 kDa inner membrane insertion protein  42.6 
 
 
550 aa  417  1e-115  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0120976  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2776  60 kDa inner membrane insertion protein  40.61 
 
 
569 aa  405  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.395944  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4201  protein translocase subunit yidC  40.82 
 
 
547 aa  399  1e-110  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.017626 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3074  hypothetical protein  40.82 
 
 
556 aa  398  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2930  hypothetical protein  40.82 
 
 
556 aa  395  1e-109  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2600  membrane protein insertase, YidC/Oxa1 family  41.56 
 
 
567 aa  394  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.417089 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2331  60 kDa inner membrane insertion protein  43.13 
 
 
552 aa  389  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2197  60 kDa inner membrane insertion protein  40.88 
 
 
551 aa  384  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.297594  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4113  60 kDa inner membrane insertion protein  37.93 
 
 
569 aa  382  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.731862  normal  0.125371 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0201  60 kDa inner membrane protein  37.68 
 
 
566 aa  379  1e-104  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2825  protein translocase subunit yidC  40.55 
 
 
546 aa  377  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4905  protein translocase subunit yidC  40.34 
 
 
580 aa  373  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.574462 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2122  inner membrane protein oxaA  37.5 
 
 
566 aa  375  1e-102  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0004  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.16 
 
 
553 aa  370  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9905  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3235  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.28 
 
 
557 aa  369  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.627922  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2844  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.07 
 
 
558 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110043  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0093  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.07 
 
 
558 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3550  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.07 
 
 
558 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4793  protein translocase subunit yidC  37.55 
 
 
565 aa  367  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0107  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.07 
 
 
558 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0304  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.07 
 
 
558 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3613  putative inner membrane protein translocase component YidC  38.46 
 
 
555 aa  368  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3460  putative inner membrane protein translocase component YidC  41.88 
 
 
555 aa  368  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.03518  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2241  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.07 
 
 
558 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3397  putative inner membrane protein translocase component YidC  39.07 
 
 
558 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3098  putative inner membrane protein translocase component YidC  35.71 
 
 
550 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  1.13724e-05 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4242  60 kDa inner membrane insertion protein  36.71 
 
 
571 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00149519  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>