More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3867 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 75 aa  149  8.999999999999999e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  91.89 
 
 		 81 aa  140  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  58.82 
 
 		 70 aa  89.4  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  61.19 
 
 		 69 aa  85.5  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3457  XRE family transcriptional regulator  61.76 
 
 		 68 aa  84  7e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1891  XRE family transcriptional regulator  61.76 
 
 		 68 aa  84  7e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.810852  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3420  transcriptional regulator, XRE family protein  60.29 
 
 		 68 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4018  XRE family transcriptional regulator  61.76 
 
 		 68 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4410  XRE family transcriptional regulator  57.35 
 
 		 68 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4271  XRE family transcriptional regulator  57.35 
 
 		 68 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  55.88 
 
 		 68 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  55.88 
 
 		 68 aa  78.6  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  55.88 
 
 		 73 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  48.53 
 
 		 69 aa  73.2  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 74 aa  72.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  47.76 
 
 		 67 aa  62.8  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  44.93 
 
 		 87 aa  61.6  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  45.9 
 
 		 84 aa  61.2  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  51.67 
 
 		 81 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 83 aa  59.3  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 81 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  55.77 
 
 		 80 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  48.44 
 
 		 87 aa  57  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 81 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 97 aa  56.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 104 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 76 aa  56.2  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 131 aa  56.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1357  helix-turn-helix domain-containing protein  46.15 
 
 		 76 aa  55.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.222468  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 78 aa  55.5  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 78 aa  55.5  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 97 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 88 aa  55.1  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 97 aa  55.5  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  44.83 
 
 		 107 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  40.32 
 
 		 86 aa  54.3  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 76 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 76 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  41.18 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  40.91 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 120 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 81 aa  53.9  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 79 aa  53.9  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  53.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 75 aa  52.4  0.000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 72 aa  52.4  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 93 aa  52.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 91 aa  52.4  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  48.08 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 72 aa  52.4  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 85 aa  52.8  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 106 aa  52.4  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 84 aa  52.4  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.67 
 
 		 80 aa  52  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  50 
 
 		 67 aa  51.6  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 86 aa  51.6  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 81 aa  51.6  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 81 aa  51.6  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 76 aa  51.6  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 78 aa  51.6  0.000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 154 aa  50.8  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 230 aa  51.2  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  43.33 
 
 		 90 aa  51.2  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 73 aa  50.8  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 73 aa  50.8  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 78 aa  50.8  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 72 aa  50.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 72 aa  50.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 73 aa  50.4  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 75 aa  50.4  0.000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 97 aa  50.1  0.000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 99 aa  50.4  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  40.3 
 
 		 81 aa  50.1  0.000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 86 aa  49.7  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 98 aa  49.7  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 93 aa  49.3  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  41.27 
 
 		 99 aa  48.9  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 89 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 84 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 90 aa  48.9  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 120 aa  49.3  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 99 aa  49.3  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 66 aa  49.3  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  48.9  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 110 aa  48.9  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 86 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 67 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 99 aa  48.9  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 71 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  40.3 
 
 		 75 aa  48.9  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>