More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2925 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  100 
 
 		 179 aa  360  8e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  79.17 
 
 		 182 aa  275  3e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  74.71 
 
 		 174 aa  266  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  67.06 
 
 		 182 aa  245  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  65.03 
 
 		 182 aa  224  4e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  65.29 
 
 		 184 aa  224  5.0000000000000005e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  59.32 
 
 		 190 aa  216  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  64.91 
 
 		 183 aa  214  8e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  59.32 
 
 		 177 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  59.32 
 
 		 177 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  59.32 
 
 		 177 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  59.32 
 
 		 177 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  59.32 
 
 		 177 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  59.43 
 
 		 199 aa  205  3e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  59.43 
 
 		 184 aa  204  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  59.43 
 
 		 209 aa  204  4e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  57.74 
 
 		 179 aa  202  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  57.74 
 
 		 179 aa  202  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  58.72 
 
 		 183 aa  201  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  62.72 
 
 		 178 aa  200  9e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  58.72 
 
 		 183 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  62.5 
 
 		 178 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  57.71 
 
 		 184 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  57.71 
 
 		 184 aa  195  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  58.18 
 
 		 192 aa  195  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  57.71 
 
 		 184 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  57.71 
 
 		 183 aa  193  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  58.33 
 
 		 169 aa  191  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  58.33 
 
 		 169 aa  190  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  55.81 
 
 		 229 aa  190  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  57.74 
 
 		 169 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  51.76 
 
 		 175 aa  178  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0295  shikimate kinase  57.41 
 
 		 162 aa  177  7e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5575  shikimate kinase  60.12 
 
 		 181 aa  172  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.421314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  49.69 
 
 		 172 aa  162  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  50.92 
 
 		 183 aa  161  4.0000000000000004e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  50.94 
 
 		 161 aa  158  4e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  48.43 
 
 		 161 aa  154  5.0000000000000005e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  45.78 
 
 		 195 aa  152  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  50.96 
 
 		 176 aa  150  7e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  47.24 
 
 		 170 aa  150  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  50.31 
 
 		 167 aa  148  3e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  49.69 
 
 		 174 aa  146  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  48.47 
 
 		 190 aa  145  4.0000000000000006e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  50 
 
 		 196 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  49.06 
 
 		 190 aa  144  7.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  46.01 
 
 		 175 aa  144  7.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  46.01 
 
 		 175 aa  144  7.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  46.47 
 
 		 180 aa  142  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  49.04 
 
 		 163 aa  142  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  48.98 
 
 		 169 aa  142  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  46.67 
 
 		 171 aa  142  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  49.39 
 
 		 177 aa  141  6e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  45.4 
 
 		 186 aa  140  7e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  44.44 
 
 		 179 aa  140  9e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  53.47 
 
 		 179 aa  139  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  53.47 
 
 		 179 aa  139  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  50.34 
 
 		 172 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  44.17 
 
 		 186 aa  138  4.999999999999999e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  47.4 
 
 		 163 aa  138  4.999999999999999e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  44.85 
 
 		 171 aa  137  8.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  49.66 
 
 		 172 aa  136  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  45.73 
 
 		 172 aa  134  8e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  49.66 
 
 		 172 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  49.66 
 
 		 172 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  45.4 
 
 		 171 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  43.56 
 
 		 171 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  46.2 
 
 		 172 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  49.66 
 
 		 172 aa  132  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  46.2 
 
 		 172 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  44.79 
 
 		 171 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  44.79 
 
 		 171 aa  131  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  44.79 
 
 		 171 aa  131  5e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  44.79 
 
 		 171 aa  131  5e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  44.79 
 
 		 171 aa  131  5e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  50 
 
 		 163 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  44.24 
 
 		 173 aa  130  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  44.17 
 
 		 171 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  44.17 
 
 		 171 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  44.17 
 
 		 171 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  44.24 
 
 		 173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  44.24 
 
 		 173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  44.24 
 
 		 173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  42.07 
 
 		 172 aa  129  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  44.24 
 
 		 173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  44.24 
 
 		 173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  44.24 
 
 		 173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  44.24 
 
 		 173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  44.24 
 
 		 173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  44.24 
 
 		 173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  44.24 
 
 		 173 aa  129  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  43.56 
 
 		 171 aa  129  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  44.17 
 
 		 171 aa  129  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  44.17 
 
 		 171 aa  129  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  46.41 
 
 		 163 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  44.17 
 
 		 171 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  44.17 
 
 		 171 aa  127  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  44.17 
 
 		 171 aa  127  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  46.34 
 
 		 179 aa  127  6e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  42.07 
 
 		 174 aa  127  8.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>