147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3174 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 98 aa  199  9e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 97 aa  94.4  5e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2226  transcriptional regulator  80.36 
 
 		 136 aa  92  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.782341  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 93 aa  83.2  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 		 99 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3179  hypothetical protein  90.38 
 
 		 105 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.534135  normal  0.837156 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 103 aa  76.6  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 91 aa  73.2  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  46.25 
 
 		 112 aa  72.8  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 104 aa  72  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 104 aa  72  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 104 aa  72  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 116 aa  71.2  0.000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 95 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  39.76 
 
 		 90 aa  70.5  0.000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  38.04 
 
 		 94 aa  69.7  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  38.89 
 
 		 94 aa  69.7  0.00000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 95 aa  70.1  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  51.32 
 
 		 105 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  40.96 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  52.86 
 
 		 99 aa  68.2  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 93 aa  67.8  0.00000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  45.68 
 
 		 115 aa  67  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  48.1 
 
 		 105 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  38.55 
 
 		 103 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1138  transcriptional regulator, XRE family  43.82 
 
 		 90 aa  64.7  0.0000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.4972  normal  0.249316 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 95 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 		 89 aa  64.7  0.0000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 95 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 100 aa  62.8  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  37.35 
 
 		 104 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 108 aa  62.4  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  39.76 
 
 		 94 aa  61.6  0.000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 107 aa  61.2  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  41.11 
 
 		 93 aa  60.8  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  36.25 
 
 		 108 aa  60.5  0.000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 		 94 aa  59.7  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 108 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 108 aa  57  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 108 aa  57  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  39.56 
 
 		 95 aa  56.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  34.52 
 
 		 93 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  49.18 
 
 		 169 aa  55.8  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  41.18 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  32.95 
 
 		 91 aa  53.9  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  35.06 
 
 		 94 aa  52  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  35.06 
 
 		 94 aa  52  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 91 aa  51.6  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  44.78 
 
 		 183 aa  52  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1144  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 266 aa  51.6  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2319  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 124 aa  51.6  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 		 91 aa  50.8  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  36.71 
 
 		 99 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  36.05 
 
 		 92 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1124  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.969354  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  49.06 
 
 		 188 aa  50.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  49.06 
 
 		 182 aa  48.9  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 91 aa  48.5  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 91 aa  47.8  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  30.49 
 
 		 149 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1542  hypothetical protein  27.62 
 
 		 102 aa  47  0.00008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 182 aa  47  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  36.71 
 
 		 99 aa  47  0.00009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1888  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 136 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 108 aa  46.2  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2225  hypothetical protein  84 
 
 		 116 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.525865  normal  0.528424 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 97 aa  45.4  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 182 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 182 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 182 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 182 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 182 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  39.66 
 
 		 465 aa  45.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2239  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  40.68 
 
 		 368 aa  45.4  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  41.38 
 
 		 188 aa  44.7  0.0004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 189 aa  45.1  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 176 aa  44.7  0.0004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  37.93 
 
 		 91 aa  44.3  0.0005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  37.14 
 
 		 198 aa  44.3  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3102  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 87 aa  44.3  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 97 aa  44.3  0.0006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3635  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 85 aa  43.9  0.0007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.314503 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  46.94 
 
 		 258 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 107 aa  43.5  0.0009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  30.26 
 
 		 117 aa  43.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 128 aa  43.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4562  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 98 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00197637  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3256  helix-turn-helix domain-containing protein  36.49 
 
 		 136 aa  43.5  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 		 513 aa  43.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2651  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 112 aa  43.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2293  XRE family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 184 aa  43.5  0.001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.351634 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  36.54 
 
 		 127 aa  42.7  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4362  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  38 
 
 		 205 aa  43.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>