More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2482 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  95.65 
 
 		 391 aa  691    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  94.63 
 
 		 391 aa  685    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 391 aa  771    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  87.47 
 
 		 391 aa  664    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  71.43 
 
 		 385 aa  514  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  47 
 
 		 405 aa  341  1e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.41 
 
 		 411 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  52.41 
 
 		 412 aa  334  2e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  48.39 
 
 		 392 aa  333  3e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  50.66 
 
 		 430 aa  331  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.42 
 
 		 410 aa  331  1e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.2 
 
 		 423 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  51.87 
 
 		 415 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.2 
 
 		 469 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  49.18 
 
 		 406 aa  327  3e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  51.21 
 
 		 398 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  47.74 
 
 		 394 aa  324  2e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  49.18 
 
 		 428 aa  324  2e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.9 
 
 		 422 aa  323  4e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  49.44 
 
 		 381 aa  321  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.31 
 
 		 395 aa  321  9.999999999999999e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  51.09 
 
 		 430 aa  321  9.999999999999999e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  46.68 
 
 		 383 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  46.42 
 
 		 385 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  49.04 
 
 		 423 aa  320  3e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  46.42 
 
 		 442 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  51.12 
 
 		 387 aa  319  5e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.15 
 
 		 385 aa  319  6e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  46.15 
 
 		 385 aa  319  6e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  46.15 
 
 		 385 aa  319  6e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  46.15 
 
 		 385 aa  319  6e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  46.15 
 
 		 385 aa  319  6e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  46.15 
 
 		 385 aa  319  7e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.54 
 
 		 433 aa  318  1e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  45.89 
 
 		 385 aa  316  4e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  45.89 
 
 		 385 aa  316  4e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  47.2 
 
 		 385 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  47.2 
 
 		 385 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  47.2 
 
 		 385 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3583  acriflavine resistance protein E  47.71 
 
 		 385 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  50.86 
 
 		 434 aa  315  8e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  48.77 
 
 		 386 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  48.04 
 
 		 385 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  48.11 
 
 		 400 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3588  secretion protein HlyD  52.01 
 
 		 415 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.85 
 
 		 446 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  45.16 
 
 		 386 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.85 
 
 		 441 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  49.85 
 
 		 441 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  48.18 
 
 		 377 aa  311  9e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3539  secretion protein HlyD  49.47 
 
 		 402 aa  311  1e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  46.51 
 
 		 395 aa  311  1e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  49.87 
 
 		 433 aa  311  1e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  49.05 
 
 		 409 aa  311  1e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  48.78 
 
 		 397 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.78 
 
 		 397 aa  310  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  48.78 
 
 		 409 aa  310  2e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  48.78 
 
 		 397 aa  310  2e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  46.88 
 
 		 397 aa  310  2e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  48.78 
 
 		 397 aa  310  2e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  48.78 
 
 		 397 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  48.78 
 
 		 397 aa  310  2e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  48.78 
 
 		 409 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.16 
 
 		 424 aa  310  2.9999999999999997e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  46.24 
 
 		 384 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.34 
 
 		 436 aa  308  8e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.47 
 
 		 386 aa  308  9e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  47.85 
 
 		 384 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  50.74 
 
 		 367 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4027  secretion protein HlyD  48.01 
 
 		 399 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  46.07 
 
 		 405 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.97 
 
 		 384 aa  305  6e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  50.9 
 
 		 408 aa  305  6e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  49.14 
 
 		 447 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  45.14 
 
 		 395 aa  305  1.0000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  45.14 
 
 		 395 aa  305  1.0000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  45.6 
 
 		 418 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  45.7 
 
 		 384 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  45.6 
 
 		 418 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  45.14 
 
 		 388 aa  304  1.0000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.7 
 
 		 399 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0536  acriflavine resistance protein A  48.65 
 
 		 397 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0520  acriflavine resistance protein A  48.65 
 
 		 397 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0763854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0526  acriflavine resistance protein A  48.65 
 
 		 397 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0517  acriflavine resistance protein A  48.65 
 
 		 397 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0579  acriflavine resistance protein A  48.65 
 
 		 397 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0884843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  45.23 
 
 		 379 aa  302  7.000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5240  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexC precursor  50.28 
 
 		 387 aa  301  9e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  50.74 
 
 		 384 aa  301  9e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  45.33 
 
 		 418 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.57 
 
 		 385 aa  301  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.206378  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3269  periplasmic multidrug efflux lipoprotein precursor  47.93 
 
 		 396 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4090  secretion protein HlyD  46.42 
 
 		 386 aa  300  3e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  45.06 
 
 		 426 aa  299  5e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4006  RND family efflux transporter MFP subunit  43.47 
 
 		 386 aa  298  1e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38395  periplasmic multidrug efflux lipoprotein precursor  48.44 
 
 		 396 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0159861 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3586  RND family efflux transporter MFP subunit  43.2 
 
 		 386 aa  297  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2680  secretion protein HlyD  47.27 
 
 		 393 aa  297  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957988  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  51.67 
 
 		 397 aa  296  5e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6004  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  48.08 
 
 		 378 aa  295  8e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00823963 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>