More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3178 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3178  hypothetical protein  100 
 
 		 233 aa  478  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.235776 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18190  hypothetical protein  86.21 
 
 		 232 aa  416  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3677  hypothetical protein  77.78 
 
 		 234 aa  370  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3028  hypothetical protein  77.78 
 
 		 234 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.154556 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3561  hypothetical protein  73.42 
 
 		 237 aa  351  4e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200071  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3162  hypothetical protein  76.07 
 
 		 234 aa  349  2e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0308091  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2221  hypothetical protein  76.07 
 
 		 236 aa  348  4e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0382  hypothetical protein  72.57 
 
 		 237 aa  347  9e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.681475  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3366  hypothetical protein  75.74 
 
 		 237 aa  346  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.699657  normal  0.467325 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2376  hypothetical protein  70.89 
 
 		 237 aa  346  2e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2550  hypothetical protein  75.32 
 
 		 237 aa  345  3e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.390667  decreased coverage  0.00627186 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3165  hypothetical protein  75.32 
 
 		 237 aa  345  3e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2928  hypothetical protein  71.31 
 
 		 237 aa  343  1e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.848921 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1700  hypothetical protein  68.51 
 
 		 234 aa  322  2e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3517  hypothetical protein  65.81 
 
 		 233 aa  311  7.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000201859  normal  0.326196 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1449  hypothetical protein  42.67 
 
 		 246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12350  hypothetical protein  46.36 
 
 		 253 aa  173  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.242675  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0743  hypothetical protein  44.73 
 
 		 247 aa  172  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000326938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0958  protein of unknown function DUF28  43.83 
 
 		 252 aa  171  5.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3172  hypothetical protein  43.75 
 
 		 243 aa  171  7.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1245  hypothetical protein  43.59 
 
 		 247 aa  169  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2673  hypothetical protein  45.06 
 
 		 247 aa  169  3e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000969674  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0450  hypothetical protein  47.86 
 
 		 251 aa  167  1e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1074  hypothetical protein  44.26 
 
 		 247 aa  166  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1487  hypothetical protein  44.4 
 
 		 247 aa  166  2e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000223264  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2335  hypothetical protein  45.06 
 
 		 248 aa  167  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000225431  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3631  hypothetical protein  45.16 
 
 		 248 aa  166  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1103  hypothetical protein  42.44 
 
 		 243 aa  166  4e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000610466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0137  hypothetical protein  43.32 
 
 		 248 aa  165  5e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.153689  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2215  hypothetical protein  44.34 
 
 		 243 aa  165  5.9999999999999996e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0612934 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0839  DNA-binding regulatory protein, YebC/PmpR family  47.01 
 
 		 252 aa  165  5.9999999999999996e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1416  hypothetical protein  44.44 
 
 		 247 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000254749  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1220  hypothetical protein  43.98 
 
 		 248 aa  164  8e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2722  hypothetical protein  43.78 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0933  hypothetical protein  43.83 
 
 		 247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000814789 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3911  protein of unknown function DUF28  42.49 
 
 		 249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.662224  normal  0.0433199 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0685  hypothetical protein  41.35 
 
 		 251 aa  163  3e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0469  hypothetical protein  44.1 
 
 		 253 aa  162  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3313  hypothetical protein  43.4 
 
 		 247 aa  162  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2114  hypothetical protein  43.64 
 
 		 248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.308852  normal  0.355584 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2096  hypothetical protein  45.11 
 
 		 249 aa  161  6e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.803403  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1106  hypothetical protein  44.1 
 
 		 252 aa  160  1e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2308  hypothetical protein  46.3 
 
 		 248 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.431489  normal  0.117154 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0371  hypothetical protein  44.02 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00064064  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1643  hypothetical protein  41.1 
 
 		 250 aa  160  2e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2399  protein of unknown function DUF28  43.46 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.42546  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0454  hypothetical protein  43.67 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.588948  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0655  hypothetical protein  44.91 
 
 		 248 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3853  protein of unknown function DUF28  42.73 
 
 		 241 aa  159  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1800  hypothetical protein  41.52 
 
 		 250 aa  158  6e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453018 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0985  hypothetical protein  42.24 
 
 		 252 aa  158  8e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0060  hypothetical protein  41.63 
 
 		 250 aa  157  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0149328  normal  0.895421 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0661  hypothetical protein  41.23 
 
 		 248 aa  157  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.135239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0475  hypothetical protein  41.6 
 
 		 250 aa  157  1e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0059  hypothetical protein  41.63 
 
 		 250 aa  157  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.852085  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2492  hypothetical protein  43.36 
 
 		 250 aa  157  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0924  hypothetical protein  40.76 
 
 		 246 aa  157  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0577  hypothetical protein  44.44 
 
 		 248 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.236121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2641  hypothetical protein  45.91 
 
 		 248 aa  157  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0624  hypothetical protein  41.42 
 
 		 244 aa  157  1e-37  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0165  hypothetical protein  39.66 
 
 		 250 aa  156  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0657  hypothetical protein  40.08 
 
 		 250 aa  157  2e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.384968  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1717  hypothetical protein  45.91 
 
 		 248 aa  156  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1660  hypothetical protein  45.91 
 
 		 248 aa  156  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1905  hypothetical protein  43.98 
 
 		 246 aa  156  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.192843 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2524  hypothetical protein  40.34 
 
 		 246 aa  155  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.4403  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0536  hypothetical protein  44.39 
 
 		 245 aa  156  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.297552  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4273  hypothetical protein  42.73 
 
 		 248 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.538279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4171  hypothetical protein  44.39 
 
 		 248 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265987  normal  0.79352 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0181  hypothetical protein  40.17 
 
 		 248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.641158  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1893  hypothetical protein  42.53 
 
 		 246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.519482  normal  0.766951 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3214  hypothetical protein  45.41 
 
 		 248 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3192  hypothetical protein  44.55 
 
 		 249 aa  155  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3521  hypothetical protein  42.13 
 
 		 239 aa  154  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0483995  normal  0.126063 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2422  hypothetical protein  41.45 
 
 		 248 aa  154  9e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000138795  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2039  hypothetical protein  41.03 
 
 		 248 aa  154  9e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2629  hypothetical protein  40 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.404447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2522  hypothetical protein  42.47 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2041  hypothetical protein  41.03 
 
 		 248 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000668061  hitchhiker  0.0000000668977 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1200  hypothetical protein  46.36 
 
 		 248 aa  153  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2317  hypothetical protein  43.32 
 
 		 242 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.693566 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1682  hypothetical protein  43.32 
 
 		 242 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.074172  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0618  hypothetical protein  40.54 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.979417  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2210  hypothetical protein  43.12 
 
 		 242 aa  153  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.495132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2294  hypothetical protein  43.32 
 
 		 242 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0479  hypothetical protein  40.42 
 
 		 250 aa  154  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000314446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0774  protein of unknown function DUF28  39.74 
 
 		 238 aa  154  2e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5621  hypothetical protein  43.32 
 
 		 242 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.577981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2306  hypothetical protein  41.03 
 
 		 248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00197948  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1219  protein of unknown function DUF28  43.75 
 
 		 250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.100847  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1276  hypothetical protein  40 
 
 		 243 aa  153  2.9999999999999998e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3509  hypothetical protein  46.15 
 
 		 248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.208978 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2554  protein of unknown function DUF28  43.26 
 
 		 248 aa  152  2.9999999999999998e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.113083  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2305  hypothetical protein  44.24 
 
 		 248 aa  152  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0119494 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2190  hypothetical protein  42.47 
 
 		 241 aa  152  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1936  hypothetical protein  39.91 
 
 		 248 aa  152  4e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1988  hypothetical protein  43.38 
 
 		 241 aa  152  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.325279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1015  hypothetical protein  42.66 
 
 		 242 aa  152  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4807  hypothetical protein  41.7 
 
 		 248 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2388  hypothetical protein  43.38 
 
 		 241 aa  152  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>