More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1893 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1893  hypothetical protein  100 
 
 
246 aa  504  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.519482  normal  0.766951 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3380  hypothetical protein  84.19 
 
 
255 aa  440  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2762  hypothetical protein  88.62 
 
 
246 aa  434  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0792169 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1905  hypothetical protein  79.67 
 
 
246 aa  407  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.192843 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2308  hypothetical protein  74.8 
 
 
248 aa  384  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.431489  normal  0.117154 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0655  hypothetical protein  74.8 
 
 
248 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0577  hypothetical protein  75.2 
 
 
248 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.236121  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1717  hypothetical protein  69.11 
 
 
248 aa  355  5e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1660  hypothetical protein  69.11 
 
 
248 aa  355  5e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3631  hypothetical protein  68.7 
 
 
248 aa  352  4e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1200  hypothetical protein  68.7 
 
 
248 aa  351  5.9999999999999994e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2641  hypothetical protein  67.89 
 
 
248 aa  349  2e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3192  hypothetical protein  66.67 
 
 
249 aa  346  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0163  hypothetical protein  66.67 
 
 
248 aa  343  2e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3214  hypothetical protein  65.85 
 
 
248 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3509  hypothetical protein  64.63 
 
 
248 aa  334  9e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208978 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4273  hypothetical protein  61.38 
 
 
248 aa  314  7e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.538279  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4171  hypothetical protein  60.98 
 
 
248 aa  309  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265987  normal  0.79352 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2433  hypothetical protein  61.11 
 
 
253 aa  307  1.0000000000000001e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4807  hypothetical protein  59.35 
 
 
248 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2114  hypothetical protein  56.5 
 
 
248 aa  304  8.000000000000001e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.308852  normal  0.355584 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1287  hypothetical protein  62.6 
 
 
248 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2729  hypothetical protein  58.94 
 
 
248 aa  301  4.0000000000000003e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.31246  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0337  hypothetical protein  62.35 
 
 
248 aa  301  7.000000000000001e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0171809  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3525  hypothetical protein  58.54 
 
 
248 aa  300  1e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2305  hypothetical protein  58.54 
 
 
248 aa  298  4e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0119494 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3553  hypothetical protein  60.57 
 
 
248 aa  298  4e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7401  hypothetical protein  60.98 
 
 
248 aa  296  1e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.372247  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0419  hypothetical protein  58.5 
 
 
254 aa  293  1e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.26819  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6579  hypothetical protein  59.76 
 
 
248 aa  292  3e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0167613 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6910  hypothetical protein  59.35 
 
 
248 aa  290  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1086  hypothetical protein  59.92 
 
 
249 aa  290  2e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.630242  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3062  hypothetical protein  62.2 
 
 
249 aa  290  2e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.35902 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0946  hypothetical protein  57.72 
 
 
248 aa  283  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.596094 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0982  hypothetical protein  57.72 
 
 
264 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.501161 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2907  hypothetical protein  57.09 
 
 
253 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1219  hypothetical protein  54.66 
 
 
249 aa  279  4e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.854834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0922  hypothetical protein  59.76 
 
 
248 aa  275  3e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0345  hypothetical protein  56.1 
 
 
248 aa  275  5e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0780  hypothetical protein  59.6 
 
 
251 aa  274  8e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0981369  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2142  hypothetical protein  58.54 
 
 
247 aa  264  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.68172  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4410  hypothetical protein  53.23 
 
 
248 aa  263  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150505  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1269  hypothetical protein  54.22 
 
 
249 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196217  normal  0.639481 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4001  hypothetical protein  51.61 
 
 
248 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4544  hypothetical protein  53.63 
 
 
248 aa  256  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.528574  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1407  hypothetical protein  51.61 
 
 
248 aa  255  4e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.133281  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51810  hypothetical protein  53.23 
 
 
248 aa  255  4e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73043  hitchhiker  0.0000547975 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3547  protein of unknown function DUF28  52.02 
 
 
250 aa  254  8e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0132193  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003925  hypothetical protein  51.21 
 
 
248 aa  253  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00219055  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3980  hypothetical protein  51.61 
 
 
248 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.465534  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1220  hypothetical protein  51.21 
 
 
248 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1487  hypothetical protein  54.77 
 
 
247 aa  249  3e-65  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000223264  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0938  hypothetical protein  50.4 
 
 
249 aa  249  3e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.879867  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36720  hypothetical protein  52.21 
 
 
249 aa  249  4e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2365  hypothetical protein  52.02 
 
 
247 aa  247  1e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00180131  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1479  hypothetical protein  50 
 
 
249 aa  247  2e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1214  hypothetical protein  50.81 
 
 
248 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.480804  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4204  hypothetical protein  50.81 
 
 
248 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300828  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2574  hypothetical protein  50.81 
 
 
248 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000592568  hitchhiker  0.00160004 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1243  hypothetical protein  50.81 
 
 
248 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362221  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0924  hypothetical protein  52.48 
 
 
246 aa  244  6.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1371  protein of unknown function DUF28  50.2 
 
 
252 aa  244  6.999999999999999e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.82714  normal  0.0256064 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2078  hypothetical protein  50.4 
 
 
248 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.283628  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2524  hypothetical protein  53.5 
 
 
246 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.4403  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1936  hypothetical protein  50 
 
 
248 aa  243  3e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1776  protein of unknown function DUF28  49.6 
 
 
246 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00344475  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2306  hypothetical protein  49.6 
 
 
248 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00197948  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1768  hypothetical protein  49.6 
 
 
246 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.235013  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01835  hypothetical protein  49.19 
 
 
246 aa  242  5e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.712982  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1108  hypothetical protein  49.19 
 
 
246 aa  242  5e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2432  hypothetical protein  50.4 
 
 
248 aa  242  5e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2094  hypothetical protein  49.19 
 
 
246 aa  242  5e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1957  hypothetical protein  49.19 
 
 
246 aa  242  5e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.522715  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01823  hypothetical protein  49.19 
 
 
246 aa  242  5e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.562952  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2600  hypothetical protein  49.19 
 
 
246 aa  242  5e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.21652  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1322  hypothetical protein  49.19 
 
 
246 aa  242  5e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2041  hypothetical protein  49.6 
 
 
248 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000668061  hitchhiker  0.0000000668977 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1348  hypothetical protein  48.79 
 
 
246 aa  240  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00414949 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2335  hypothetical protein  52.82 
 
 
248 aa  240  1e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000225431  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2053  hypothetical protein  48.79 
 
 
246 aa  240  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1224  hypothetical protein  48.79 
 
 
246 aa  240  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.171474  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2058  hypothetical protein  48.79 
 
 
246 aa  240  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.074562 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2039  hypothetical protein  49.6 
 
 
248 aa  240  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1899  hypothetical protein  50 
 
 
248 aa  240  1e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000661567  hitchhiker  0.000893936 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2079  hypothetical protein  50 
 
 
248 aa  240  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00551786  hitchhiker  0.0017448 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1954  hypothetical protein  50 
 
 
248 aa  240  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.04417  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2113  hypothetical protein  48.79 
 
 
246 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00850732 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1793  protein of unknown function DUF28  50 
 
 
251 aa  240  2e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.209564  normal  0.104344 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2554  protein of unknown function DUF28  50.2 
 
 
248 aa  239  2e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.113083  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1416  hypothetical protein  50.61 
 
 
247 aa  240  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000254749  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2422  hypothetical protein  49.19 
 
 
248 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000138795  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1886  hypothetical protein  49.6 
 
 
248 aa  238  5e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0484  hypothetical protein  51.63 
 
 
246 aa  238  5.999999999999999e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2779  hypothetical protein  49.6 
 
 
247 aa  238  5.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0375824  normal  0.0326422 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2260  hypothetical protein  49.6 
 
 
247 aa  237  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0807  hypothetical protein  52.42 
 
 
251 aa  237  1e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2033  hypothetical protein  50 
 
 
247 aa  237  1e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00594875  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1800  hypothetical protein  51.82 
 
 
250 aa  237  1e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453018 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0479  hypothetical protein  46.37 
 
 
250 aa  237  1e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000314446  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2424  hypothetical protein  50 
 
 
247 aa  237  1e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.079823  normal  0.460299 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>