More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2000 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0945  multidrug efflux protein  43.78 
 
 		 1014 aa  806    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2782  AcrB/AcrD/AcrF family protein  40.8 
 
 		 1036 aa  726    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0804863  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0906  multidrug efflux protein  43.68 
 
 		 1014 aa  808    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0032  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  41.63 
 
 		 1033 aa  695    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2065  acriflavin resistance protein  41.78 
 
 		 1027 aa  749    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.824615  normal  0.45428 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3888  acriflavin resistance protein  45.71 
 
 		 1048 aa  852    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.471381  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2131  AcrB/AcrD/AcrF family protein  55.2 
 
 		 1024 aa  1107    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1178  acriflavin resistance protein  38.26 
 
 		 1042 aa  662    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0288  AcrB/AcrD/AcrF family protein  35.83 
 
 		 1030 aa  640    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0291  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  38.97 
 
 		 1043 aa  663    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1155  acriflavin resistance protein  42.44 
 
 		 1025 aa  729    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.106423  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3926  AcrB/AcrD/AcrF family protein  42.63 
 
 		 1029 aa  771    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.831264  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3171  acriflavin resistance protein  38.39 
 
 		 1047 aa  680    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0148776  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0277  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  38.97 
 
 		 1043 aa  664    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0517386  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0891  RND efflux transporter  42.98 
 
 		 1029 aa  734    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.668261  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1088  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  44.49 
 
 		 1029 aa  780    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1882  AcrB/AcrD/AcrF family protein  45.48 
 
 		 1031 aa  847    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3484  AcrB/AcrD/AcrF family protein  38.2 
 
 		 1046 aa  675    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0090  acriflavin resistance protein  38.42 
 
 		 1020 aa  636    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2549  acriflavin resistance protein  45.05 
 
 		 1031 aa  846    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0932297  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1045  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  41.63 
 
 		 1033 aa  695    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0786  hypothetical protein  41.94 
 
 		 1015 aa  780    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3678  acriflavin resistance protein  41.78 
 
 		 1027 aa  741    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0757  hypothetical protein  42.14 
 
 		 1015 aa  783    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1083  acriflavin resistance protein  38.59 
 
 		 1051 aa  676    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0382  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  41.63 
 
 		 1033 aa  695    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1581  RND HAE1/HME family protein  41.83 
 
 		 1036 aa  719    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0899  acriflavin resistance protein  39.35 
 
 		 1048 aa  648    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2787  acriflavin resistance protein  38.59 
 
 		 1046 aa  686    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000304862  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2283  acriflavin resistance protein  42.4 
 
 		 1031 aa  766    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.212799 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3838  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  37.37 
 
 		 1057 aa  651    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0079  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  41.83 
 
 		 1036 aa  719    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0201  acriflavin resistance protein  42.44 
 
 		 1028 aa  763    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0707  acriflavin resistance protein  41.34 
 
 		 1025 aa  746    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2270  acriflavin resistance protein  39.53 
 
 		 1049 aa  666    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0446759  normal  0.133949 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4493  multidrug efflux protein  43.97 
 
 		 1009 aa  808    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0361963 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2223  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux pump  39.5 
 
 		 1048 aa  645    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.445176  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2803  RND family multidrug/cation transporter  42.14 
 
 		 1025 aa  734    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2244  AcrB/AcrD/AcrF cation/multidrug efflux pump  40.73 
 
 		 1030 aa  731    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2737  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  40.82 
 
 		 1026 aa  709    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.917561 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0371  acriflavin resistance protein  40.34 
 
 		 1029 aa  739    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1682  acriflavin resistance protein  54.14 
 
 		 1064 aa  1082    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2000  acriflavin resistance protein  40.57 
 
 		 1028 aa  726    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1738  acriflavin resistance protein  46.34 
 
 		 1038 aa  824    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2033  acriflavin resistance protein  39.1 
 
 		 1044 aa  677    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0439  putative multidrug resistance protein  37.63 
 
 		 1036 aa  675    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00223634  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1988  acriflavin resistance protein  39.49 
 
 		 1011 aa  701    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1905  AcrB/AcrD/AcrF family protein  44.43 
 
 		 1034 aa  840    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.209576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2094  acriflavin resistance protein  43.11 
 
 		 1037 aa  818    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3699  acriflavin resistance protein  42.59 
 
 		 1029 aa  763    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.459748  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1287  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  41.93 
 
 		 1036 aa  729    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0768  acriflavin resistance protein  40.35 
 
 		 1032 aa  704    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1705  acriflavin resistance protein  44.89 
 
 		 1031 aa  839    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0236776  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2236  acriflavin resistance protein  40.04 
 
 		 1047 aa  720    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3649  acriflavin resistance protein  42.7 
 
 		 1035 aa  772    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3269  putative multidrug resistance protein  40.06 
 
 		 1023 aa  731    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1118  AcrB/AcrD/AcrF family protein  39.51 
 
 		 1043 aa  687    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0778165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1651  acriflavin resistance protein  42.69 
 
 		 1026 aa  779    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3372  acriflavin resistance protein  40.12 
 
 		 1021 aa  688    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4944  multidrug efflux protein  42.59 
 
 		 1018 aa  783    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.978867  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2847  RND family multidrug efflux protein  43.77 
 
 		 1032 aa  806    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1208  multidrug efflux protein  43.34 
 
 		 1017 aa  789    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.584016  normal  0.669413 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1497  RND HAE1/HME family protein  41.83 
 
 		 1036 aa  719    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2283  acriflavin resistance protein  54.77 
 
 		 1051 aa  1083    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3476  acriflavin resistance protein  41.6 
 
 		 1028 aa  759    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.247927 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1202  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  41.63 
 
 		 1033 aa  695    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1587  acriflavin resistance protein  36.45 
 
 		 1019 aa  641    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268577  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1738  acriflavin resistance protein  44.23 
 
 		 1031 aa  815    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0173564  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1810  acriflavin resistance protein  41.84 
 
 		 1034 aa  785    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3139  acriflavin resistance protein  40.97 
 
 		 1012 aa  741    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.389349  normal  0.483157 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1496  acriflavin resistance protein  42.44 
 
 		 1025 aa  738    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.431205 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1439  acriflavin resistance protein  43.6 
 
 		 1035 aa  763    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100841  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2699  acriflavin resistance protein  41.98 
 
 		 1029 aa  764    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.984927  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0473  acriflavin resistance protein  37.68 
 
 		 1033 aa  675    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.239628  normal  0.228728 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1922  acriflavin resistance protein  57.16 
 
 		 1022 aa  1157    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209297  normal  0.294162 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2587  acriflavin resistance protein  45.14 
 
 		 1031 aa  846    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000412735  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1037  acriflavin resistance protein  44.13 
 
 		 1036 aa  810    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2618  acriflavin resistance protein  43.5 
 
 		 1024 aa  763    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0519656  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2796  acriflavin resistance protein  40.16 
 
 		 1040 aa  697    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2940  acriflavin resistance protein  38.88 
 
 		 1032 aa  723    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00284054  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1146  acriflavine resistance protein  37.95 
 
 		 1026 aa  718    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.199335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2658  multidrug efflux membrane fusion protein  38.22 
 
 		 1030 aa  717    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0615  cation/multidrug efflux protein  40.92 
 
 		 1038 aa  693    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0880  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  42.53 
 
 		 1068 aa  798    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.288102  normal  0.231109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1083  acriflavin resistance protein  38.59 
 
 		 1051 aa  677    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.126768  normal  0.966269 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2337  acriflavin resistance protein  45.34 
 
 		 1031 aa  852    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120926  hitchhiker  0.000298899 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1852  acriflavin resistance protein  43.94 
 
 		 1042 aa  842    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0174296  hitchhiker  0.000605557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1149  acriflavin resistance protein  38.49 
 
 		 1051 aa  676    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.460529  normal  0.362909 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2409  acriflavin resistance protein  45.44 
 
 		 1031 aa  853    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677885  normal  0.0307662 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2552  putative multidrug resistance protein  40.6 
 
 		 1036 aa  763    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000475921  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1187  acriflavin resistance protein  46.44 
 
 		 1036 aa  876    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.359485  normal  0.0265423 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1659  acriflavin resistance protein  45.34 
 
 		 1031 aa  852    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178159  normal  0.998047 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1029  acriflavin resistance protein  38 
 
 		 1034 aa  702    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.2741  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3496  acriflavin resistance protein  40.16 
 
 		 1026 aa  750    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0267  acriflavin resistance protein  41.35 
 
 		 1040 aa  741    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.856769 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0306  RND efflux transporter  36.92 
 
 		 1044 aa  642    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09520  RND efflux transporter  42.39 
 
 		 1029 aa  726    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.652607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56890  multidrug efflux protein  42.49 
 
 		 1018 aa  783    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0528  acriflavin resistance protein  40.37 
 
 		 1026 aa  724    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0778  acriflavin resistance protein  55.25 
 
 		 1040 aa  1022    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.21707  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>