More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4916 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3311  FAD dependent oxidoreductase  78.84 
 
 		 817 aa  1329    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  47.67 
 
 		 816 aa  747    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4021  FAD dependent oxidoreductase  46.69 
 
 		 816 aa  734    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4985  FAD dependent oxidoreductase  52.06 
 
 		 831 aa  791    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0450258 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3866  FAD dependent oxidoreductase  58.44 
 
 		 843 aa  931    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2849  FAD dependent oxidoreductase  68.71 
 
 		 812 aa  1160    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1666  dehydrogenase  51.45 
 
 		 831 aa  793    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0839495 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0434  FAD dependent oxidoreductase  45.97 
 
 		 819 aa  703    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2290  FAD dependent oxidoreductase  48.91 
 
 		 823 aa  762    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.407986 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3161  FAD dependent oxidoreductase  50.55 
 
 		 827 aa  749    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2197  FAD dependent oxidoreductase  78.86 
 
 		 815 aa  1339    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.031847 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4916  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 815 aa  1664    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0642  FAD dependent oxidoreductase  49.51 
 
 		 815 aa  776    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2591  FAD dependent oxidoreductase  47 
 
 		 826 aa  659    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3838  FAD dependent oxidoreductase  47.11 
 
 		 827 aa  684    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761233  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4871  FAD dependent oxidoreductase  52.69 
 
 		 825 aa  803    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862382  normal  0.731807 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_56477  glycine decarboxylase t-protein  41.52 
 
 		 854 aa  577  1.0000000000000001e-163  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.645348  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1254  FAD dependent oxidoreductase  39.07 
 
 		 799 aa  562  1e-158  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0777915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0798  glycine cleavage system T protein  38.71 
 
 		 822 aa  523  1e-147  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3310  FAD dependent oxidoreductase  34.82 
 
 		 816 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2488  FAD dependent oxidoreductase  35.64 
 
 		 806 aa  468  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.255163  normal  0.0203493 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1426  FAD dependent oxidoreductase  34.23 
 
 		 805 aa  463  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0785769 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0762  FAD dependent oxidoreductase  37.5 
 
 		 812 aa  459  9.999999999999999e-129  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.108015  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2063  FAD dependent oxidoreductase  34.91 
 
 		 806 aa  457  1e-127  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5112  FAD dependent oxidoreductase  34.55 
 
 		 806 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0323529 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1485  FAD dependent oxidoreductase  34.91 
 
 		 804 aa  452  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542815  normal  0.236172 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2727  dimethylglycine dehydrogenase  34.07 
 
 		 879 aa  451  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2198  FAD dependent oxidoreductase  32.69 
 
 		 815 aa  435  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.138151  normal  0.0335767 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0486  FAD dependent oxidoreductase  34.56 
 
 		 835 aa  434  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0493808  normal  0.0384194 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2805  FAD dependent oxidoreductase  33.75 
 
 		 802 aa  430  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.898682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0919  FAD dependent oxidoreductase  34.12 
 
 		 837 aa  425  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2879  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.41 
 
 		 821 aa  421  1e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3249  FAD dependent oxidoreductase  35.1 
 
 		 831 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0784832  normal  0.220016 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3463  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.31 
 
 		 830 aa  416  9.999999999999999e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3566  dimethylglycine dehydrogenase  35.53 
 
 		 831 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2459  FAD dependent oxidoreductase  33.86 
 
 		 830 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438367  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2504  FAD dependent oxidoreductase  33.86 
 
 		 830 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.1116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3855  dimethylglycine dehydrogenase precursor  34.85 
 
 		 808 aa  414  1e-114  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235355  decreased coverage  0.00899155 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18850  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  33.29 
 
 		 819 aa  412  1e-114  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3155  hypothetical protein  34.46 
 
 		 831 aa  405  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2496  FAD dependent oxidoreductase  33.61 
 
 		 830 aa  404  1e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3080  FAD dependent oxidoreductase  32.18 
 
 		 816 aa  395  1e-108  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.202627 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3718  FAD dependent oxidoreductase  31.54 
 
 		 835 aa  396  1e-108  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4740  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.49 
 
 		 857 aa  392  1e-107  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.38185  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2967  bifunctional enzyme involved in glycine degradation  33.18 
 
 		 831 aa  386  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.782343 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3469  FAD dependent oxidoreductase  31.18 
 
 		 835 aa  385  1e-105  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1596  FAD dependent oxidoreductase  31.65 
 
 		 821 aa  376  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.26338 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.8 
 
 		 850 aa  374  1e-102  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.449188  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1822  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.72 
 
 		 838 aa  374  1e-102  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0328882 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1940  FAD dependent oxidoreductase  34.36 
 
 		 830 aa  373  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239261  normal  0.0111129 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0939  FAD dependent oxidoreductase  32.35 
 
 		 797 aa  357  2.9999999999999997e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19690  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  32.48 
 
 		 840 aa  340  5.9999999999999996e-92  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0416659  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1481  FAD dependent oxidoreductase  29.25 
 
 		 801 aa  329  1.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08654  N,N-dimethylglycine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06470)  29.28 
 
 		 948 aa  322  1.9999999999999998e-86  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.12835  normal  0.470294 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1864  FAD dependent oxidoreductase  29.31 
 
 		 853 aa  270  8.999999999999999e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.731866  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2430  FAD dependent oxidoreductase  28.49 
 
 		 853 aa  269  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5914  FAD dependent oxidoreductase  27.73 
 
 		 853 aa  259  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194637  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6885  FAD dependent oxidoreductase  27.61 
 
 		 853 aa  259  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.820475 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  36.94 
 
 		 357 aa  191  4e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  33.08 
 
 		 371 aa  191  5e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  33.55 
 
 		 368 aa  189  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  36.24 
 
 		 360 aa  187  7e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.167801 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  33.33 
 
 		 371 aa  186  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2714  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.54 
 
 		 360 aa  186  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.25 
 
 		 360 aa  183  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.398044  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1245  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  36.68 
 
 		 360 aa  183  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0470  aminomethyltransferase  34.7 
 
 		 440 aa  183  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000173433  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0767  glycine cleavage system T protein  34.7 
 
 		 442 aa  183  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  33.58 
 
 		 370 aa  178  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1912  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.35 
 
 		 441 aa  177  8e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000389017  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  31.7 
 
 		 364 aa  175  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0214  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  34.29 
 
 		 364 aa  174  5e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4550  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  32.23 
 
 		 360 aa  169  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4416  glycine cleavage system T protein  31.02 
 
 		 364 aa  168  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0720  glycine cleavage system T protein  33.02 
 
 		 364 aa  168  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.12 
 
 		 369 aa  168  4e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2037  glycine cleavage system T protein  34.05 
 
 		 375 aa  168  5e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1804  glycine cleavage system T protein  35.29 
 
 		 375 aa  167  6.9999999999999995e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.280258  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  28.38 
 
 		 365 aa  167  9e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1945  aminomethyltransferase  32.09 
 
 		 366 aa  165  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000285507 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2751  aminomethyltransferase  30.06 
 
 		 365 aa  164  5.0000000000000005e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1696  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.16 
 
 		 963 aa  164  6e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1800  glycine cleavage system T protein  34.55 
 
 		 367 aa  164  7e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4131  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.55 
 
 		 366 aa  164  8.000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3971  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.55 
 
 		 366 aa  164  8.000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.55 
 
 		 366 aa  164  8.000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.268637  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4247  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.55 
 
 		 366 aa  164  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0901  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.55 
 
 		 366 aa  163  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.281219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2562  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.23 
 
 		 360 aa  163  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2496  aminomethyltransferase  30.69 
 
 		 977 aa  163  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4082  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.55 
 
 		 366 aa  163  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  32.49 
 
 		 365 aa  161  4e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4339  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.55 
 
 		 366 aa  161  5e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.485786  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  28.27 
 
 		 390 aa  161  6e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4305  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.26 
 
 		 366 aa  160  9e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4358  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.26 
 
 		 366 aa  160  9e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.51819  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0713  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  32.26 
 
 		 364 aa  160  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3299  glycine cleavage system T protein  35.65 
 
 		 389 aa  160  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212433  normal  0.550694 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3120  FAD dependent oxidoreductase  30.19 
 
 		 385 aa  159  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1538  glycine cleavage system T protein  33.13 
 
 		 360 aa  159  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.641003  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>