More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2164 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0506  putative sucrose phosphorylase  65.62 
 
 		 544 aa  748    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02161  putative sucrose phosphorylase  68.05 
 
 		 584 aa  867    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3210  sucrose phosphorylase  59.69 
 
 		 596 aa  731    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2164  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 		 586 aa  1227    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.659302  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2846  alpha amylase, catalytic region  65.43 
 
 		 581 aa  792    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.218279  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2600  sucrose phosphorylase  65.56 
 
 		 591 aa  808    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0436867 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1771  alpha amylase catalytic region  56.24 
 
 		 585 aa  681    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.232326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2566  alpha amylase, catalytic region  57.59 
 
 		 578 aa  723    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0104089  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2573  alpha amylase, catalytic region  57.59 
 
 		 578 aa  723    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000337914  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2580  alpha amylase, catalytic region  57.59 
 
 		 578 aa  723    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.008896  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1824  putative sucrose phosphorylase  53.6 
 
 		 587 aa  612  9.999999999999999e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.552548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0418  alpha amylase, catalytic region  51.03 
 
 		 577 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.537622  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2588  alpha amylase  44.08 
 
 		 598 aa  489  1e-137  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0774  Alpha amylase, catalytic region  41.18 
 
 		 589 aa  484  1e-135  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3029  alpha amylase catalytic subunit  41.33 
 
 		 556 aa  436  1e-121  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.172997 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0665  alpha amylase catalytic region  39.69 
 
 		 555 aa  434  1e-120  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.694695  normal  0.614349 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1248  alpha amylase catalytic region  41.34 
 
 		 568 aa  420  1e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.55232  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1523  alpha amylase catalytic region  42.41 
 
 		 561 aa  421  1e-116  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.346384  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1813  alpha amylase family protein  39.96 
 
 		 559 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.653374 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01286  predicted glucosyltransferase  39.74 
 
 		 559 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1519  alpha amylase family protein  39.74 
 
 		 559 aa  402  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2316  alpha amylase catalytic region  39.74 
 
 		 559 aa  402  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.278573  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2337  alpha amylase catalytic region  39.74 
 
 		 559 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0459721  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2165  alpha amylase, catalytic region  39.06 
 
 		 565 aa  400  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0993887 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1424  alpha amylase family protein  39.66 
 
 		 559 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08971  glycoside hydrolase family protein  37.31 
 
 		 586 aa  376  1e-103  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.540308  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0838  alpha amylase domain-containing protein  37.88 
 
 		 586 aa  369  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08951  glycoside hydrolase family protein  37.27 
 
 		 586 aa  367  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.497034  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2243  alpha amylase domain-containing protein  35.28 
 
 		 575 aa  363  4e-99  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10441  glycoside hydrolase family protein  34.2 
 
 		 589 aa  362  1e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09141  glycoside hydrolase family protein  33.77 
 
 		 583 aa  353  4e-96  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000264002 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0246  alpha amylase domain-containing protein  33.52 
 
 		 583 aa  348  2e-94  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06751  glycoside hydrolase family protein  34.03 
 
 		 578 aa  339  7e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.335085 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2606  alpha amylase domain-containing protein  35.36 
 
 		 575 aa  329  9e-89  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.281377 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3361  alpha amylase catalytic region  31.37 
 
 		 491 aa  197  6e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605646 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0232  sucrose phosphorylase  31.02 
 
 		 493 aa  192  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.528502  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0066  sucrose phosphorylase  30.31 
 
 		 492 aa  190  8e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.530318  hitchhiker  0.00316152 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01971  sucrose phosphorylase  29.76 
 
 		 498 aa  188  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0061  sucrose phosphorylase  29.9 
 
 		 492 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0065  sucrose phosphorylase  29.9 
 
 		 492 aa  187  6e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4288  sucrose phosphorylase  30.7 
 
 		 492 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00965772  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1331  sucrose phosphorylase  29.98 
 
 		 508 aa  184  3e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00201506  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0064  sucrose phosphorylase  30.63 
 
 		 494 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000722293 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0062  sucrose phosphorylase  30.63 
 
 		 494 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0945971  unclonable  0.0000350237 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1779  glycosidase  28.26 
 
 		 489 aa  181  2.9999999999999997e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0066  sucrose phosphorylase  30.63 
 
 		 494 aa  179  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000218626 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0241  Sucrose phosphorylase  29.26 
 
 		 483 aa  176  9.999999999999999e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1542  sucrose phosphorylase  28.2 
 
 		 485 aa  173  5.999999999999999e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.296567  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3990  sucrose phosphorylase  29.76 
 
 		 493 aa  172  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00149762  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0384  glycosidase  28.85 
 
 		 492 aa  172  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00983965  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0651  sucrose phosphorylase  29.68 
 
 		 482 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0824794  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3684  alpha amylase catalytic region  25.57 
 
 		 663 aa  162  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3820  alpha amylase, catalytic region  26.31 
 
 		 645 aa  160  8e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.166544  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0972  alpha amylase catalytic region  25.24 
 
 		 644 aa  158  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.216915 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00676  alpha-amylase, amylosucrase  25.76 
 
 		 649 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.145273  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2713  trehalose synthase  24.14 
 
 		 1088 aa  150  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.352676 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2940  trehalose synthase  24.14 
 
 		 1088 aa  150  8e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00795057 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2835  trehalose synthase  24.09 
 
 		 1088 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0758325  normal  0.0859996 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3514  alpha amylase, catalytic region  28.39 
 
 		 651 aa  148  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.482546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3860  alpha amylase catalytic region  25.55 
 
 		 667 aa  148  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2611  alpha amylase, catalytic region  25.76 
 
 		 650 aa  147  5e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2914  alpha amylase catalytic region  24.67 
 
 		 650 aa  144  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2678  trehalose synthase  23.37 
 
 		 1115 aa  144  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1598  trehalose synthase  24.81 
 
 		 1092 aa  144  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0248685 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0308  alpha amylase catalytic subunit  25.22 
 
 		 636 aa  142  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0218  Alpha amylase, catalytic region  23.09 
 
 		 650 aa  140  4.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1784  trehalose synthase  23.15 
 
 		 1102 aa  140  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3921  trehalose synthase  24.03 
 
 		 1085 aa  140  7e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2828  trehalose synthase  22.3 
 
 		 548 aa  139  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5564  alpha-glucosidase  22.39 
 
 		 1100 aa  139  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.657284  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2446  putative trehalose synthase  22.89 
 
 		 1102 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.500894  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1110  trehalose synthase  22.89 
 
 		 1102 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.531245 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2030  alpha amylase, catalytic region  24.32 
 
 		 638 aa  137  7.000000000000001e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194844  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3014  trehalose synthase  22.77 
 
 		 1094 aa  136  8e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.602191 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6807  trehalose synthase  27.9 
 
 		 1088 aa  135  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267695  normal  0.5618 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0621  trehalose synthase/putative maltokinase  22.94 
 
 		 1131 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1340  trehalose synthase/putative maltokinase  22.94 
 
 		 1131 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0534  trehalose synthase/putative maltokinase  22.94 
 
 		 1131 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1567  trehalose synthase/putative maltokinase  22.94 
 
 		 1131 aa  134  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7546  trehalose synthase  23.82 
 
 		 1088 aa  134  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455626  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3590  alpha amylase catalytic region  25.27 
 
 		 661 aa  134  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0704974 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1544  alpha-glucosidase  22.94 
 
 		 1131 aa  134  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0821  alpha amylase family protein  22.94 
 
 		 1131 aa  134  6e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.145364  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3322  alpha amylase catalytic region  25.52 
 
 		 672 aa  133  7.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6087  trehalose synthase  22.35 
 
 		 1137 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0830562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1778  trehalose synthase  23.27 
 
 		 558 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2535  Alpha amylase, catalytic region  22.87 
 
 		 1113 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.592261 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1418  trehalose synthase-like protein  24.17 
 
 		 1134 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1485  trehalose synthase-like  23.26 
 
 		 1108 aa  132  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1331  trehalose synthase-like  22.35 
 
 		 1137 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6498  trehalose synthase  22.35 
 
 		 1137 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.388171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0572  alpha amylase, catalytic region  24.21 
 
 		 650 aa  131  3e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5383  trehalose synthase  22.45 
 
 		 1093 aa  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0116468  normal  0.915163 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4164  trehalose synthase  22.57 
 
 		 1100 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0305  alpha amylase, catalytic region  24.38 
 
 		 646 aa  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2935  trehalose synthase  22.74 
 
 		 1110 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1307  alpha amylase catalytic region  23.43 
 
 		 652 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323164 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28000  trehalose synthase, maltokinase fusion protein  22.98 
 
 		 1108 aa  130  5.0000000000000004e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0330  trehalose synthase  22.94 
 
 		 551 aa  130  6e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1983  alpha amylase domain-containing protein  23.12 
 
 		 1098 aa  130  6e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>