More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4065 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4065  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  100 
 
 
252 aa  509  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372477  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2769  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.29 
 
 
252 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 
252 aa  340  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.2 
 
 
251 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.2 
 
 
251 aa  315  7e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.315729  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
250 aa  228  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130584  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16840  short-chain dehydrogenase, teichoic and lipoteichoic acid D-alanine esterification  50 
 
 
256 aa  228  8e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0203884 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
253 aa  228  9e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.43 
 
 
256 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.117974  normal  0.033856 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.28 
 
 
254 aa  215  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
256 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.434402  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
253 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120533  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.41 
 
 
252 aa  207  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.717982 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.07 
 
 
248 aa  203  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.93 
 
 
247 aa  202  5e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.26 
 
 
252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.26 
 
 
252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0231345 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.26 
 
 
252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.59 
 
 
250 aa  190  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.56 
 
 
249 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.898611  normal  0.512081 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.47 
 
 
257 aa  169  3e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.125705  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1582  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  43.87 
 
 
253 aa  169  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518044  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.26 
 
 
264 aa  166  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.427609  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1732  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 
257 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.09 
 
 
264 aa  160  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.79 
 
 
260 aa  158  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.488757  normal  0.0305569 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.69 
 
 
258 aa  157  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.28 
 
 
241 aa  154  9e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.57822  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.31 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00176111  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.7 
 
 
278 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
241 aa  144  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.5 
 
 
242 aa  142  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2258  oxidoreductase  40.22 
 
 
244 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.188796  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0044  D-alanine transfer protein, short-chain dehydrogenase  38.54 
 
 
263 aa  133  3e-30  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.170136  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
248 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
241 aa  123  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.200672  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
256 aa  124  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2855  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
253 aa  124  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.243051  normal  0.0981468 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0143  Short-chain dehydrogenase (D-alanine transfer protein)  40.41 
 
 
261 aa  123  3e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277781  normal  0.0166501 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10469  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G01330)  35.85 
 
 
264 aa  116  3e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.331607  normal 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46707  predicted protein  40.46 
 
 
260 aa  113  4.0000000000000004e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.125621  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
240 aa  112  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.300255  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000475718  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
330 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
250 aa  106  4e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.09 
 
 
272 aa  104  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3201  oxidoreductase protein  46.28 
 
 
179 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0457415 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
248 aa  103  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142802 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0955  short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  35.91 
 
 
245 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.33 
 
 
261 aa  103  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 
250 aa  103  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 
250 aa  102  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
256 aa  102  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292404 
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_16295  predicted protein  34.02 
 
 
237 aa  102  5e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0303319  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
330 aa  102  8e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  33.83 
 
 
279 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.9 
 
 
253 aa  101  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.1 
 
 
273 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.76 
 
 
266 aa  101  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
264 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
249 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.54 
 
 
264 aa  99.8  3e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
266 aa  99.8  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
255 aa  99.8  4e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2361  short chain dehydrogenase  36.08 
 
 
243 aa  99.4  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.6 
 
 
256 aa  99.4  5e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 
231 aa  99.4  6e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 
231 aa  99.4  6e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1406  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.88 
 
 
248 aa  99  6e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000194485  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
246 aa  99  7e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
251 aa  98.2  1e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 
272 aa  98.2  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
255 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000309791  hitchhiker  0.00252207 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
247 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.938804 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1857  short chain dehydrogenase  36.87 
 
 
245 aa  97.8  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.960393 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.04 
 
 
280 aa  96.7  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 
280 aa  97.1  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 
256 aa  96.7  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
278 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  32.97 
 
 
295 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0361  short chain dehydrogenase  35.53 
 
 
244 aa  95.9  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000319132  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 
248 aa  95.9  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.26 
 
 
285 aa  95.9  5e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1418  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.32 
 
 
248 aa  95.9  6e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000653973  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 
274 aa  95.9  6e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.448097 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  34.44 
 
 
272 aa  95.9  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  32.04 
 
 
272 aa  95.5  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.74 
 
 
257 aa  95.9  6e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1087  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  34.85 
 
 
245 aa  95.5  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.3765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 
245 aa  95.5  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0379321  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.86 
 
 
261 aa  95.5  8e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.22 
 
 
275 aa  95.1  9e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4862  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.78 
 
 
254 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000522303  unclonable  0.000000385865 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.78 
 
 
254 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000261149  unclonable  0.000000000503217 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0106  short chain dehydrogenase  29.91 
 
 
284 aa  94.7  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.417565  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.78 
 
 
255 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155421  hitchhiker  0.00000000000159857 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  30.41 
 
 
270 aa  94  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.01 
 
 
317 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00194851  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>