More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0195 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0195  biotin--protein ligase  100 
 
 
319 aa  641    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000104624  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0201  biotin--protein ligase  94.67 
 
 
319 aa  610  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.286867  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3895  biotin--protein ligase  75.79 
 
 
319 aa  509  1e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.282712  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03854  biotin-protein ligase  74.29 
 
 
321 aa  498  1e-140  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0188201  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4047  biotin--protein ligase  74.29 
 
 
321 aa  498  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0641292  hitchhiker  0.00297103 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03807  hypothetical protein  74.29 
 
 
321 aa  498  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0156142  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4512  biotin--protein ligase  74.29 
 
 
321 aa  498  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295045  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4421  biotin--protein ligase  74.61 
 
 
321 aa  499  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000434302  hitchhiker  0.00072275 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4461  biotin--protein ligase  74.29 
 
 
321 aa  498  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000740491  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5438  biotin--protein ligase  74.61 
 
 
321 aa  499  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000183056  hitchhiker  0.00134266 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4207  biotin--protein ligase  74.29 
 
 
321 aa  498  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000658318  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4017  bifunctional BirA, biotin operon repressor/biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  73.98 
 
 
321 aa  496  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0118949  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3740  biotin--protein ligase  74.21 
 
 
319 aa  496  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00032759  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3943  biotin--protein ligase  73.35 
 
 
320 aa  495  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.596693  decreased coverage  0.000472258 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0268  biotin--protein ligase  74.61 
 
 
320 aa  491  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0393829  hitchhiker  0.0050705 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3396  biotin--protein ligase  74.21 
 
 
319 aa  489  1e-137  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.199101  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0327  biotin--protein ligase  74.21 
 
 
319 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0364706  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4468  biotin--protein ligase  73.67 
 
 
320 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0221784  hitchhiker  0.00169649 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4381  biotin--protein ligase  73.67 
 
 
320 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4471  biotin--protein ligase  73.67 
 
 
320 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000340796  hitchhiker  0.00000000000240151 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4546  biotin--protein ligase  73.67 
 
 
320 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000449604  hitchhiker  0.00000000138084 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3871  biotin--protein ligase  74.21 
 
 
319 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000364778  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4349  biotin--protein ligase  73.67 
 
 
320 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000983671  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2717  biotin--protein ligase  54.86 
 
 
320 aa  355  6.999999999999999e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000120108  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002163  biotin-protein ligase/biotin operon repressor  54.72 
 
 
321 aa  354  1e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000294838  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00240  biotin--protein ligase  52.52 
 
 
321 aa  342  4e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2876  biotin--protein ligase  47.98 
 
 
319 aa  326  3e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3998  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  45.08 
 
 
328 aa  295  8e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00153965  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4745  biotin--protein ligase  45.26 
 
 
333 aa  286  2.9999999999999996e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.167382  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0142  biotin--protein ligase  44.52 
 
 
319 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.330287  normal  0.0344662 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0197  biotin--protein ligase  46.45 
 
 
317 aa  280  3e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00143406  hitchhiker  0.000849017 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0219  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  44.09 
 
 
322 aa  276  4e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.440436  normal  0.968546 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4334  biotin--protein ligase  41.61 
 
 
320 aa  276  5e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.152634  hitchhiker  0.00000000217796 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4706  biotin--protein ligase  42.44 
 
 
320 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.144079  hitchhiker  0.00201782 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0184  biotin--protein ligase  41.61 
 
 
319 aa  272  6e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570128  hitchhiker  0.00065537 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4174  biotin--protein ligase  41.29 
 
 
319 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000228488  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0180  biotin--protein ligase  41.29 
 
 
319 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0210584  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0168  biotin--protein ligase  44.98 
 
 
320 aa  268  1e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00063361  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0214  biotin--protein ligase  42.39 
 
 
319 aa  267  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4072  biotin--protein ligase  40.97 
 
 
319 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.228403 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0505  biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  47.52 
 
 
282 aa  265  5.999999999999999e-70  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0183  biotin--protein ligase  41.1 
 
 
319 aa  264  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00618712  normal  0.258521 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0182  biotin--protein ligase  41.1 
 
 
319 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000279859  normal  0.096767 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0154  biotin--protein ligase  43.23 
 
 
323 aa  263  4e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00266236  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0132  biotin--protein ligase  41.94 
 
 
320 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000234608  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3775  biotin--protein ligase  40.45 
 
 
319 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00231404  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0177  biotin--protein ligase  41.1 
 
 
319 aa  243  3e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0131379  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03573  putative BirA bifunctional protein  39.75 
 
 
328 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.184427  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0915  biotin--(acetyl-CoA-carboxylase) ligase  43.34 
 
 
332 aa  230  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.277179  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0419  biotin--protein ligase  39.42 
 
 
310 aa  217  2e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3926  biotin--protein ligase  40.32 
 
 
321 aa  215  8e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541608  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0406  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  39.18 
 
 
326 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.617579  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0467  biotin--protein ligase  39.62 
 
 
319 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.800228  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0610  birA bifunctional protein  39.56 
 
 
319 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4564  biotin--protein ligase  37.42 
 
 
335 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5096  biotin--protein ligase  40.82 
 
 
317 aa  199  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000301513  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1229  biotin--protein ligase  40.07 
 
 
317 aa  195  8.000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0470  biotin--protein ligase  38.63 
 
 
319 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0969933  normal  0.0169671 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1136  biotin--protein ligase  39.74 
 
 
317 aa  194  2e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08620  biotin--protein ligase  40.19 
 
 
312 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000664696 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0437  biotin--protein ligase  38.99 
 
 
319 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193351  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4766  biotin--protein ligase  38.44 
 
 
321 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0199355  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1781  birA bifunctional protein  35.74 
 
 
331 aa  187  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4292  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  36.16 
 
 
317 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.422429  hitchhiker  0.0000115964 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0937  bifunctional protein birA  33.13 
 
 
323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1044  biotin operon repressor  33.13 
 
 
323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0702  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.97 
 
 
319 aa  183  4.0000000000000006e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0362526  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0440  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  38.8 
 
 
336 aa  181  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.028543  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0822  biotin-[acetylCoA carboxylase] holoenzyme synthetase and biotin operon repressor  33.87 
 
 
333 aa  179  4.999999999999999e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0847  biotin-[acetylCoA carboxylase] holoenzyme synthetase and biotin operon repressor  34.19 
 
 
331 aa  175  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0460  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  36.83 
 
 
331 aa  175  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2081  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.46 
 
 
325 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2082  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.85 
 
 
329 aa  171  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0233  biotin--protein ligase  38.82 
 
 
322 aa  166  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06050  biotin--protein ligase  35.76 
 
 
330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0816  biotin--protein ligase  38.91 
 
 
293 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1317  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.96 
 
 
328 aa  150  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.61009  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0188  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  39.58 
 
 
269 aa  149  7e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3720  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.97 
 
 
344 aa  147  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.071565  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02842  biotin--protein ligase  36.59 
 
 
338 aa  146  6e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0875  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.51 
 
 
325 aa  145  7.0000000000000006e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.107744  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2817  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.17 
 
 
336 aa  144  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000210207  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1903  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.09 
 
 
327 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.37759 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2320  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.4 
 
 
327 aa  140  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0571544  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1971  biotin-(acetyl-CoA carboxylase) holoenzyme synthetase and biotin operon repressor  32.92 
 
 
327 aa  132  6e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2403  bifunctional protein BirA  35.71 
 
 
313 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0500  bifunctional BirA, biotin operon repressor/biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.05 
 
 
329 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0244  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  28.83 
 
 
329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.63219  normal  0.860661 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0793  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.32 
 
 
336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0654  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.72 
 
 
324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0159  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.75 
 
 
326 aa  127  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000241219  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1987  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.84 
 
 
338 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.417612  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0775  transcriptional repressor of the biotin operon / biotin acetyl-CoA-carboxylase synthetase; RBL03563  28.66 
 
 
325 aa  124  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000728901  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0085  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.39 
 
 
323 aa  124  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00153974  normal  0.0550519 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1476  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.35 
 
 
330 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.699124  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1571  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.35 
 
 
330 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.929422  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0663  BirA bifunctional protein  30.61 
 
 
328 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0814484  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00660  biotin (acetyl-CoA carboxylase) synthetase  28.93 
 
 
326 aa  120  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0134  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  28.75 
 
 
326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00373648  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1058  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  26.77 
 
 
326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.101759  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>