More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0714 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 415 aa  815    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  68.99 
 
 		 417 aa  503  1e-141  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  60.16 
 
 		 408 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  62.6 
 
 		 418 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  60.83 
 
 		 416 aa  443  1e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  57.83 
 
 		 435 aa  422  1e-117  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  61.5 
 
 		 406 aa  421  1e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  60.26 
 
 		 400 aa  420  1e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  61.5 
 
 		 406 aa  421  1e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  38.83 
 
 		 436 aa  224  2e-57  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  38.95 
 
 		 445 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  37.19 
 
 		 431 aa  210  5e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  38.05 
 
 		 418 aa  208  2e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  35.99 
 
 		 430 aa  202  9.999999999999999e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  37.01 
 
 		 424 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  35 
 
 		 443 aa  195  1e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  36.97 
 
 		 434 aa  191  1e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  35.27 
 
 		 423 aa  191  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  33.49 
 
 		 425 aa  190  5e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  35.41 
 
 		 443 aa  190  5e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  38.16 
 
 		 431 aa  190  5e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  34.62 
 
 		 435 aa  189  7e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  34.29 
 
 		 426 aa  189  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  33.89 
 
 		 423 aa  182  1e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  32.6 
 
 		 434 aa  182  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  34.29 
 
 		 423 aa  181  2e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  34.43 
 
 		 444 aa  178  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  36.3 
 
 		 431 aa  175  9.999999999999999e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  36.54 
 
 		 419 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  36.16 
 
 		 440 aa  172  9e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  33.91 
 
 		 457 aa  169  9e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  33.02 
 
 		 430 aa  168  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  32.56 
 
 		 424 aa  155  1e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  31.87 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  31.58 
 
 		 393 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  33.83 
 
 		 411 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  36.19 
 
 		 409 aa  131  3e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  35.2 
 
 		 413 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  31.02 
 
 		 393 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  32.29 
 
 		 398 aa  125  1e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  33.75 
 
 		 420 aa  125  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  30 
 
 		 376 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  29.8 
 
 		 415 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  31.4 
 
 		 398 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  33.11 
 
 		 393 aa  117  3e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  33.11 
 
 		 393 aa  117  3e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  33.11 
 
 		 393 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  34.2 
 
 		 425 aa  114  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  29 
 
 		 384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  30.91 
 
 		 385 aa  103  6e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 		 375 aa  103  7e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  34.91 
 
 		 420 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  30.79 
 
 		 389 aa  100  5e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  34.28 
 
 		 378 aa  99  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  28.62 
 
 		 382 aa  99  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  29.81 
 
 		 414 aa  97.4  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  34.84 
 
 		 429 aa  94  4e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  26.01 
 
 		 387 aa  94  5e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  32.29 
 
 		 409 aa  93.2  8e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  28.49 
 
 		 384 aa  88.2  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1199  geranylgeranyl reductase  30.28 
 
 		 423 aa  86.7  7e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  30.92 
 
 		 362 aa  86.3  9e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  32.53 
 
 		 401 aa  84.7  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1434  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  27.27 
 
 		 436 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000988984  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  26.46 
 
 		 396 aa  82.8  0.000000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  30.56 
 
 		 384 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  26.19 
 
 		 395 aa  80.5  0.00000000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03920  Monooxygenase, FAD-binding:FAD dependent oxidoreductase:Tryptophanhalogenase  25 
 
 		 415 aa  80.1  0.00000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.117201  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  33.43 
 
 		 406 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2102  monooxygenase FAD-binding  31.68 
 
 		 340 aa  78.2  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  25.37 
 
 		 398 aa  79  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2265  electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase  25.13 
 
 		 433 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00453186  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  23.91 
 
 		 391 aa  77  0.0000000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  26.1 
 
 		 376 aa  77  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3806  FAD dependent oxidoreductase  22.16 
 
 		 375 aa  77  0.0000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749975  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  30.62 
 
 		 384 aa  76.6  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  26.79 
 
 		 362 aa  76.3  0.000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  31.35 
 
 		 367 aa  75.9  0.000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  29.72 
 
 		 379 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2315  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  23.64 
 
 		 436 aa  76.3  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0377746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  29.97 
 
 		 406 aa  75.1  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0630  geranylgeranyl reductase  27.73 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0709  geranylgeranyl reductase  30.06 
 
 		 377 aa  73.9  0.000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  25.74 
 
 		 379 aa  74.3  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  26.5 
 
 		 407 aa  73.9  0.000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  29.23 
 
 		 368 aa  73.6  0.000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0135  tryptophan halogenase  25.36 
 
 		 417 aa  73.6  0.000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.138396  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  27.08 
 
 		 390 aa  73.6  0.000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  24.44 
 
 		 370 aa  73.6  0.000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1260  FAD dependent oxidoreductase  25.71 
 
 		 438 aa  73.2  0.000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  27.94 
 
 		 379 aa  73.2  0.000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  29.84 
 
 		 394 aa  72.8  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  25.31 
 
 		 406 aa  72.4  0.00000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  29.84 
 
 		 394 aa  72.8  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1355  geranylgeranyl reductase  28.33 
 
 		 358 aa  71.6  0.00000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0520333 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0114  FAD dependent oxidoreductase  25.7 
 
 		 399 aa  72  0.00000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00154267  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1347  geranylgeranyl reductase  28.75 
 
 		 453 aa  71.2  0.00000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0129504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  26.05 
 
 		 402 aa  71.2  0.00000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  24.86 
 
 		 390 aa  70.9  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3481  geranylgeranyl reductase  27.46 
 
 		 374 aa  70.9  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>