117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1719 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_1719  phage major capsid protein, HK97  100 
 
 
384 aa  779  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0337  phage major capsid protein, HK97  76.36 
 
 
382 aa  607  1e-172  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.139658  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2025  phage major capsid protein, HK97  76.36 
 
 
382 aa  607  1e-172  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.848367  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0861  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  54.62 
 
 
403 aa  395  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456659  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1895  HK97 family phage major capsid protein  52.24 
 
 
389 aa  363  3e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2489  phage major capsid protein, HK97  48.16 
 
 
390 aa  335  8e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1625  Phage major capsid protein, HK97  46.67 
 
 
385 aa  326  4e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.490763  normal  0.450118 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1482  Phage major capsid protein, HK97  46.67 
 
 
385 aa  326  4e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.353157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3980  phage major capsid protein, HK97 family  45.5 
 
 
382 aa  304  2e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0277  HK97 family phage major capsid protein  45.19 
 
 
385 aa  300  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5467  hypothetical protein  43.69 
 
 
386 aa  295  8e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1359  HK97 family phage major capsid protein  43.72 
 
 
385 aa  290  4e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  0.308637 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2358  phage phi-C31 gp36-like protein /HK97 family major capsid protein  44.64 
 
 
420 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172606  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1334  HK97 family phage major capsid protein  37.66 
 
 
424 aa  260  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.280266  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0867  HK97 family phage major capsid protein  33.95 
 
 
407 aa  194  3e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.887226  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2174  putative phage major capsid protein  35.92 
 
 
405 aa  194  3e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3709  HK97 family phage major capsid protein  37.82 
 
 
450 aa  192  6e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0906  HK97 family phage major capsid protein  35.85 
 
 
435 aa  188  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.225289  normal  0.497938 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1655  phage major capsid protein, HK97 family  33.6 
 
 
406 aa  186  9e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0922  HK97 family phage major capsid protein  34.02 
 
 
403 aa  186  9e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.255185 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1415  phage major capsid protein, HK97  34.46 
 
 
417 aa  185  1e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1047  HK97 family phage major capsid protein  33.5 
 
 
441 aa  184  2e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144894  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1628  HK97 family phage major capsid protein  34.88 
 
 
400 aa  184  2e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1167  Phage major capsid protein, HK97  34.27 
 
 
417 aa  184  2e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3867  HK97 family phage major capsid protein  33.58 
 
 
425 aa  183  5e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292858 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0400  HK97 family phage major capsid protein  33.33 
 
 
397 aa  182  8e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1078  HK97 family phage major capsid protein  37.18 
 
 
387 aa  182  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.506947 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3122  phage major capsid protein, HK97  35.87 
 
 
380 aa  181  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3155  HK97 family phage major capsid protein  35.69 
 
 
428 aa  180  3e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0231727  normal  0.0147808 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2834  phage major capsid protein, HK97 family  33.33 
 
 
397 aa  181  3e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.174812  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2898  HK97 family phage major capsid protein  34.83 
 
 
388 aa  179  7e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593833  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1061  phage major capsid protein, HK97  34.47 
 
 
398 aa  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0887541 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1970  phage major capsid protein, HK97  32.65 
 
 
431 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.141118  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1254  HK97 family phage major capsid protein  36.48 
 
 
399 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2096  phage major capsid protein, HK97 family  33.33 
 
 
418 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225363  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1133  HK97 family phage major capsid protein  36.67 
 
 
387 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.308903 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2471  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  36.67 
 
 
398 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1705  phage major capsid protein, HK97 family  33.33 
 
 
421 aa  176  6e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154021  normal  0.125329 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1338  phage major capsid protein HK97 family  33.51 
 
 
420 aa  175  1e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0373474  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1427  phage major capsid protein, HK97 family  32.71 
 
 
421 aa  175  1e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.370183 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1805  phage major capsid protein, HK97  30.9 
 
 
416 aa  174  2e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539863  normal  0.129536 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2266  phage major capsid protein, HK97 family  32.88 
 
 
401 aa  173  4e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  7.39522e-11 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2263  phage major capsid protein, HK97 family  32.88 
 
 
401 aa  173  4e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0574985 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3913  HK97 family phage major capsid protein  31.88 
 
 
408 aa  172  6e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511324  normal  0.0176262 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1999  phage major capsid protein, HK97  34.28 
 
 
380 aa  171  3e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00431544 
 
 
-
 
NC_002936  DET1085  HK97 family major capsid protein  30.39 
 
 
405 aa  167  2e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0795  HK97 family phage major capsid protein  31.75 
 
 
379 aa  167  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1635  phage major capsid protein, HK97  33 
 
 
393 aa  167  3e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.304591  normal  0.904057 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1190  HK97 family phage major capsid protein  31.56 
 
 
401 aa  167  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  1.2399e-07 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0644  HK97 family phage major capsid protein  31.75 
 
 
379 aa  165  1e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.146587 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1431  HK97 family phage major capsid protein  32.8 
 
 
421 aa  164  2e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.263231 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3481  Phage major capsid protein, HK97  32.57 
 
 
417 aa  164  2e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.137838  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6186  phage major capsid protein HK97 family  30 
 
 
471 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.423125  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0589  HK97 family major capsid protein  33.72 
 
 
424 aa  158  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1542  Phage major capsid protein, HK97  31.55 
 
 
419 aa  158  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4965  HK97 family phage major capsid protein  32.2 
 
 
430 aa  156  7e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  1.54569e-05 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2500  phage major capsid protein, HK97 family  33.54 
 
 
416 aa  154  3e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00454127  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1458  HK97 family major capsid protein  30.69 
 
 
388 aa  153  5e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.90039  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0256  HK97 family phage major capsid protein  28.35 
 
 
382 aa  151  2e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0170854  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0458  HK97 family phage major capsid protein  28.77 
 
 
399 aa  148  2e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.830326  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0830  HK97 family phage major capsid protein  26.05 
 
 
383 aa  144  3e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1485  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  30.95 
 
 
392 aa  138  2e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0852  major capsid protein, HK97 family  30.7 
 
 
386 aa  136  5e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0590991  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0540  putative major capsid protein  31.27 
 
 
388 aa  136  5e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.272419 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0466  HK97 family phage major capsid protein  29.28 
 
 
369 aa  128  1e-28  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0951  HK97 family phage major capsid protein  29.29 
 
 
389 aa  121  2e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7329  phage major capsid protein, HK97 family  28.99 
 
 
417 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1022  phage major capsid protein, HK97 family  27.89 
 
 
411 aa  110  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3970  HK97 family phage major capsid protein  27.78 
 
 
413 aa  103  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.33538 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1466  HK97 family phage major capsid protein  29.27 
 
 
312 aa  101  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000392324  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2179  phage major capsid protein, HK97 family  29.87 
 
 
373 aa  100  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1695  phage major capsid protein, HK97 family  28.3 
 
 
427 aa  99.4  9e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2271  phage major capsid protein, HK97 family  28.3 
 
 
427 aa  99.4  9e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1311  phage major capsid protein, HK97 family  28.3 
 
 
427 aa  99.4  9e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4253  phage major capsid protein, HK97 family  28.28 
 
 
440 aa  95.5  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1684  phage phi-C31 GP36-like protein  29.47 
 
 
412 aa  91.7  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.885456 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3666  major capsid protein HK97  27.82 
 
 
337 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.017941  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0875  phage capsid family protein  25.25 
 
 
315 aa  86.3  8e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2598  HK97 family phage major capsid protein  27.53 
 
 
409 aa  86.3  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00517058 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1086  HK97 family phage major capsid protein  29.46 
 
 
400 aa  84.7  3e-15  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4361  phage major capsid protein, HK97  27.47 
 
 
389 aa  84.3  3e-15  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.455164  normal  0.407566 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1970  major capsid-like protein  27.12 
 
 
425 aa  83.6  5e-15  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.244233  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12666  phiRv2 prophage protein  30.27 
 
 
479 aa  77  5e-13  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.5272e-17  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1719  HK97 family phage major capsid protein  25.94 
 
 
429 aa  75.5  1e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3313  phage major capsid protein, HK97 family  23.57 
 
 
562 aa  75.9  1e-12  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  5.33544e-10 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1998  phage major capsid protein, HK97 family  26.95 
 
 
438 aa  68.2  3e-10  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0468  prophage LambdaBa04, major capsid protein  24.64 
 
 
396 aa  66.6  6e-10  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0446  prophage LambdaBa04, major capsid protein  24.64 
 
 
400 aa  66.6  6e-10  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0569  phage major capsid protein, HK97 family  24.84 
 
 
514 aa  65.5  1e-09  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.361307  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4981  HK97 family phage major capsid protein  22.16 
 
 
359 aa  63.5  5e-09  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3486  HK97 family phage major capsid protein  22.56 
 
 
394 aa  62  2e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168874  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5360  HK97 family phage major capsid protein  21.56 
 
 
346 aa  61.6  3e-08  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2852  phage major capsid protein, HK97 family  24.62 
 
 
466 aa  60.1  6e-08  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.107077  normal  0.025439 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7144  HK97 family phage major capsid protein  24.55 
 
 
434 aa  54.3  3e-06  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647338 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1284  major capsid protein HK97  26.04 
 
 
416 aa  54.3  4e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0461297  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1619  HK97 family phage major capsid protein  25.56 
 
 
437 aa  52.4  1e-05  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.314426 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1985  phage major capsid protein, HK97  22.46 
 
 
423 aa  50.4  5e-05  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2474  major capsid protein HK97  20.87 
 
 
483 aa  50.4  5e-05  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0672  HK97 family phage major capsid protein  29.29 
 
 
506 aa  50.1  6e-05  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3878  phage major capsid protein, HK97  26.4 
 
 
285 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.112437  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>