97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1970 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1970  phage major capsid protein, HK97  100 
 
 		 431 aa  871    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.141118  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1805  phage major capsid protein, HK97  77.13 
 
 		 416 aa  641    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539863  normal  0.129536 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3481  Phage major capsid protein, HK97  80.67 
 
 		 417 aa  670    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.137838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2096  phage major capsid protein, HK97 family  79.9 
 
 		 418 aa  672    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225363  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1415  phage major capsid protein, HK97  70.77 
 
 		 417 aa  599  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1167  Phage major capsid protein, HK97  70.53 
 
 		 417 aa  597  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1705  phage major capsid protein, HK97 family  63.24 
 
 		 421 aa  522  1e-147  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154021  normal  0.125329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1427  phage major capsid protein, HK97 family  62.5 
 
 		 421 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.370183 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3155  HK97 family phage major capsid protein  60 
 
 		 428 aa  512  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0231727  normal  0.0147808 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0906  HK97 family phage major capsid protein  59.42 
 
 		 435 aa  506  9.999999999999999e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.225289  normal  0.497938 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4965  HK97 family phage major capsid protein  61.5 
 
 		 430 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1431  HK97 family phage major capsid protein  63.24 
 
 		 421 aa  501  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.263231 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1338  phage major capsid protein HK97 family  60.47 
 
 		 420 aa  492  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0373474  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0589  HK97 family major capsid protein  62.06 
 
 		 424 aa  481  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3913  HK97 family phage major capsid protein  55.99 
 
 		 408 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511324  normal  0.0176262 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0922  HK97 family phage major capsid protein  54.85 
 
 		 403 aa  431  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.255185 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6186  phage major capsid protein HK97 family  44.78 
 
 		 471 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.423125  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1542  Phage major capsid protein, HK97  48.05 
 
 		 419 aa  359  4e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0867  HK97 family phage major capsid protein  46.06 
 
 		 407 aa  331  2e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.887226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1655  phage major capsid protein, HK97 family  46.29 
 
 		 406 aa  330  3e-89  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3867  HK97 family phage major capsid protein  44.78 
 
 		 425 aa  324  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292858 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1047  HK97 family phage major capsid protein  46.02 
 
 		 441 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144894  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1999  phage major capsid protein, HK97  51.06 
 
 		 380 aa  313  2.9999999999999996e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431544 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2174  putative phage major capsid protein  44.66 
 
 		 405 aa  305  7e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3122  phage major capsid protein, HK97  47.35 
 
 		 380 aa  304  2.0000000000000002e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2266  phage major capsid protein, HK97 family  44.33 
 
 		 401 aa  302  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000739522 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1635  phage major capsid protein, HK97  44.81 
 
 		 393 aa  301  1e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.304591  normal  0.904057 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2263  phage major capsid protein, HK97 family  44.33 
 
 		 401 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0574985 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1061  phage major capsid protein, HK97  40.38 
 
 		 398 aa  301  1e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0887541 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1190  HK97 family phage major capsid protein  43.84 
 
 		 401 aa  297  3e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000012399 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2500  phage major capsid protein, HK97 family  42.04 
 
 		 416 aa  295  8e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00454127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1078  HK97 family phage major capsid protein  45.73 
 
 		 387 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506947 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2471  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  49.23 
 
 		 398 aa  293  5e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1133  HK97 family phage major capsid protein  48.92 
 
 		 387 aa  291  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.308903 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2898  HK97 family phage major capsid protein  43.18 
 
 		 388 aa  290  3e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593833  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3709  HK97 family phage major capsid protein  41.53 
 
 		 450 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0540  putative major capsid protein  38.8 
 
 		 388 aa  237  4e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.272419 
 
 
-
 
NC_002978  WD0458  HK97 family phage major capsid protein  33.9 
 
 		 399 aa  219  5e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.830326  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3980  phage major capsid protein, HK97 family  35.38 
 
 		 382 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0644  HK97 family phage major capsid protein  33.17 
 
 		 379 aa  202  9e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146587 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0795  HK97 family phage major capsid protein  32.35 
 
 		 379 aa  200  3e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1895  HK97 family phage major capsid protein  34.73 
 
 		 389 aa  199  7.999999999999999e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0256  HK97 family phage major capsid protein  30.85 
 
 		 382 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0170854  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0830  HK97 family phage major capsid protein  30.17 
 
 		 383 aa  192  1e-47  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1334  HK97 family phage major capsid protein  32.63 
 
 		 424 aa  192  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.280266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0861  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  33.52 
 
 		 403 aa  189  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456659  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0951  HK97 family phage major capsid protein  33.88 
 
 		 389 aa  187  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2025  phage major capsid protein, HK97  34.09 
 
 		 382 aa  186  8e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.848367  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0337  phage major capsid protein, HK97  34.09 
 
 		 382 aa  186  8e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.139658  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5467  hypothetical protein  35.61 
 
 		 386 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1719  phage major capsid protein, HK97  32.65 
 
 		 384 aa  177  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0466  HK97 family phage major capsid protein  31.86 
 
 		 369 aa  173  3.9999999999999995e-42  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1359  HK97 family phage major capsid protein  35.71 
 
 		 385 aa  173  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  0.308637 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1482  Phage major capsid protein, HK97  34.67 
 
 		 385 aa  173  5e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.353157 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1625  Phage major capsid protein, HK97  34.67 
 
 		 385 aa  173  5e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.490763  normal  0.450118 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2358  phage phi-C31 gp36-like protein /HK97 family major capsid protein  35.13 
 
 		 420 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172606  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1628  HK97 family phage major capsid protein  31.57 
 
 		 400 aa  166  6.9999999999999995e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0277  HK97 family phage major capsid protein  33.14 
 
 		 385 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0400  HK97 family phage major capsid protein  32.73 
 
 		 397 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2834  phage major capsid protein, HK97 family  33.54 
 
 		 397 aa  158  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.174812  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1254  HK97 family phage major capsid protein  32.58 
 
 		 399 aa  158  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2489  phage major capsid protein, HK97  30.71 
 
 		 390 aa  151  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1085  HK97 family major capsid protein  30.22 
 
 		 405 aa  139  1e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1485  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  30.99 
 
 		 392 aa  137  5e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1022  phage major capsid protein, HK97 family  30.5 
 
 		 411 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0852  major capsid protein, HK97 family  27.67 
 
 		 386 aa  106  7e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0590991  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1458  HK97 family major capsid protein  25.57 
 
 		 388 aa  105  1e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.90039  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3970  HK97 family phage major capsid protein  28 
 
 		 413 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.33538 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0875  phage capsid family protein  26.9 
 
 		 315 aa  95.1  2e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7329  phage major capsid protein, HK97 family  27.06 
 
 		 417 aa  90.5  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1466  HK97 family phage major capsid protein  25.16 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000392324  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1086  HK97 family phage major capsid protein  27 
 
 		 400 aa  81.3  0.00000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4361  phage major capsid protein, HK97  28.14 
 
 		 389 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.455164  normal  0.407566 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2598  HK97 family phage major capsid protein  26.53 
 
 		 409 aa  74.3  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00517058 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3313  phage major capsid protein, HK97 family  22.06 
 
 		 562 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533544 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3486  HK97 family phage major capsid protein  23.75 
 
 		 394 aa  73.2  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168874  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2271  phage major capsid protein, HK97 family  21.83 
 
 		 427 aa  69.7  0.0000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1695  phage major capsid protein, HK97 family  21.83 
 
 		 427 aa  69.7  0.0000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1311  phage major capsid protein, HK97 family  21.83 
 
 		 427 aa  69.7  0.0000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1970  major capsid-like protein  26.68 
 
 		 425 aa  69.3  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.244233  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4253  phage major capsid protein, HK97 family  25 
 
 		 440 aa  68.9  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0627  phage major capsid protein, HK97 family  23.62 
 
 		 368 aa  65.5  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2995  phage major capsid protein, gp36  24.2 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.100977  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2179  phage major capsid protein, HK97 family  26.45 
 
 		 373 aa  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12666  phiRv2 prophage protein  26.67 
 
 		 479 aa  62  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.5272e-17  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1114  HK97 family phage major capsid protein  22.31 
 
 		 391 aa  61.6  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4981  HK97 family phage major capsid protein  22.34 
 
 		 359 aa  58.9  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5360  HK97 family phage major capsid protein  22.34 
 
 		 346 aa  58.5  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0446  prophage LambdaBa04, major capsid protein  24.07 
 
 		 400 aa  53.5  0.000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0468  prophage LambdaBa04, major capsid protein  24.07 
 
 		 396 aa  53.1  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0569  phage major capsid protein, HK97 family  24.19 
 
 		 514 aa  51.2  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.361307  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2015  putative phage-related protein  26.13 
 
 		 446 aa  50.1  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0608266 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08230  phage major capsid protein, HK97 family  24.6 
 
 		 403 aa  48.9  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.0061868  hitchhiker  0.00502474 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1684  phage phi-C31 GP36-like protein  24.47 
 
 		 412 aa  48.5  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.885456 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3898  major capsid protein HK97  24.82 
 
 		 279 aa  46.2  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1619  HK97 family phage major capsid protein  28.68 
 
 		 437 aa  45.1  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314426 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4002  phage major capsid protein, HK97 family  28.09 
 
 		 385 aa  43.9  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>