88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1338 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1338  phage major capsid protein HK97 family  100 
 
 
420 aa  849    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0373474  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1167  Phage major capsid protein, HK97  63.77 
 
 
417 aa  524  1e-147  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1415  phage major capsid protein, HK97  63.7 
 
 
417 aa  520  1e-146  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1970  phage major capsid protein, HK97  60.47 
 
 
431 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.141118  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1805  phage major capsid protein, HK97  61.39 
 
 
416 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539863  normal  0.129536 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3155  HK97 family phage major capsid protein  59.58 
 
 
428 aa  505  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0231727  normal  0.0147808 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0906  HK97 family phage major capsid protein  59.19 
 
 
435 aa  507  9.999999999999999e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.225289  normal  0.497938 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1427  phage major capsid protein, HK97 family  58.82 
 
 
421 aa  502  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.370183 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1705  phage major capsid protein, HK97 family  60.83 
 
 
421 aa  503  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154021  normal  0.125329 
 
 
-
 
NC_004310  BR0589  HK97 family major capsid protein  65.84 
 
 
424 aa  500  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2096  phage major capsid protein, HK97 family  59.76 
 
 
418 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225363  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3481  Phage major capsid protein, HK97  60.33 
 
 
417 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.137838  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1431  HK97 family phage major capsid protein  59.06 
 
 
421 aa  481  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.263231 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4965  HK97 family phage major capsid protein  55.39 
 
 
430 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0922  HK97 family phage major capsid protein  54.11 
 
 
403 aa  436  1e-121  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.255185 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3913  HK97 family phage major capsid protein  53.63 
 
 
408 aa  411  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511324  normal  0.0176262 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6186  phage major capsid protein HK97 family  46 
 
 
471 aa  371  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.423125  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1655  phage major capsid protein, HK97 family  47.37 
 
 
406 aa  335  7.999999999999999e-91  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0867  HK97 family phage major capsid protein  44.93 
 
 
407 aa  332  6e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.887226  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1542  Phage major capsid protein, HK97  44.94 
 
 
419 aa  332  1e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2174  putative phage major capsid protein  44.33 
 
 
405 aa  325  6e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1061  phage major capsid protein, HK97  40.56 
 
 
398 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0887541 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3867  HK97 family phage major capsid protein  43.55 
 
 
425 aa  318  1e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292858 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1047  HK97 family phage major capsid protein  43.28 
 
 
441 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144894  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1078  HK97 family phage major capsid protein  46.34 
 
 
387 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.506947 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1999  phage major capsid protein, HK97  49.06 
 
 
380 aa  300  4e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00431544 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2500  phage major capsid protein, HK97 family  44.07 
 
 
416 aa  297  2e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00454127  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3122  phage major capsid protein, HK97  48.26 
 
 
380 aa  296  5e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1190  HK97 family phage major capsid protein  44.69 
 
 
401 aa  295  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000012399 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2471  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  45.26 
 
 
398 aa  295  1e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2263  phage major capsid protein, HK97 family  44.69 
 
 
401 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0574985 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1635  phage major capsid protein, HK97  46.75 
 
 
393 aa  293  3e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.304591  normal  0.904057 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2898  HK97 family phage major capsid protein  41.21 
 
 
388 aa  293  5e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593833  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1133  HK97 family phage major capsid protein  44.99 
 
 
387 aa  293  5e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.308903 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2266  phage major capsid protein, HK97 family  44.44 
 
 
401 aa  292  7e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000739522 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3709  HK97 family phage major capsid protein  42.27 
 
 
450 aa  268  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0458  HK97 family phage major capsid protein  35.32 
 
 
399 aa  243  3.9999999999999997e-63  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.830326  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0540  putative major capsid protein  35.62 
 
 
388 aa  230  3e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.272419 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0644  HK97 family phage major capsid protein  35.77 
 
 
379 aa  219  6e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.146587 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0795  HK97 family phage major capsid protein  35.01 
 
 
379 aa  218  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3980  phage major capsid protein, HK97 family  35.44 
 
 
382 aa  216  7e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1334  HK97 family phage major capsid protein  34.8 
 
 
424 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.280266  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1895  HK97 family phage major capsid protein  37.61 
 
 
389 aa  209  7e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0861  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  35.11 
 
 
403 aa  202  7e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456659  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0256  HK97 family phage major capsid protein  29.03 
 
 
382 aa  202  9.999999999999999e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0170854  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0830  HK97 family phage major capsid protein  28.36 
 
 
383 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2025  phage major capsid protein, HK97  34.87 
 
 
382 aa  194  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.848367  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0337  phage major capsid protein, HK97  34.87 
 
 
382 aa  194  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.139658  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0951  HK97 family phage major capsid protein  36.07 
 
 
389 aa  189  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0466  HK97 family phage major capsid protein  31 
 
 
369 aa  186  1.0000000000000001e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1719  phage major capsid protein, HK97  34.03 
 
 
384 aa  180  4.999999999999999e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2358  phage phi-C31 gp36-like protein /HK97 family major capsid protein  32.96 
 
 
420 aa  177  5e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172606  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1359  HK97 family phage major capsid protein  31.3 
 
 
385 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  0.308637 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1482  Phage major capsid protein, HK97  34.47 
 
 
385 aa  171  2e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.353157 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1625  Phage major capsid protein, HK97  34.47 
 
 
385 aa  171  2e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.490763  normal  0.450118 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5467  hypothetical protein  34.1 
 
 
386 aa  168  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0277  HK97 family phage major capsid protein  30.23 
 
 
385 aa  167  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2489  phage major capsid protein, HK97  29.87 
 
 
390 aa  159  8e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1628  HK97 family phage major capsid protein  30.92 
 
 
400 aa  147  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0400  HK97 family phage major capsid protein  30.1 
 
 
397 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2834  phage major capsid protein, HK97 family  29.85 
 
 
397 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.174812  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1254  HK97 family phage major capsid protein  30.9 
 
 
399 aa  137  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1485  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  30.85 
 
 
392 aa  125  2e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1085  HK97 family major capsid protein  26.57 
 
 
405 aa  125  2e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3970  HK97 family phage major capsid protein  29.08 
 
 
413 aa  106  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.33538 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7329  phage major capsid protein, HK97 family  27.39 
 
 
417 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1022  phage major capsid protein, HK97 family  28.19 
 
 
411 aa  92.8  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1086  HK97 family phage major capsid protein  28.36 
 
 
400 aa  85.5  0.000000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0875  phage capsid family protein  24.49 
 
 
315 aa  84.3  0.000000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0852  major capsid protein, HK97 family  24.44 
 
 
386 aa  83.2  0.000000000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0590991  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1458  HK97 family major capsid protein  23.93 
 
 
388 aa  82.8  0.00000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.90039  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1466  HK97 family phage major capsid protein  25.96 
 
 
312 aa  73.2  0.000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000392324  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4361  phage major capsid protein, HK97  26.89 
 
 
389 aa  71.6  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.455164  normal  0.407566 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3486  HK97 family phage major capsid protein  22.33 
 
 
394 aa  67.8  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168874  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1311  phage major capsid protein, HK97 family  21.46 
 
 
427 aa  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1695  phage major capsid protein, HK97 family  21.46 
 
 
427 aa  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2271  phage major capsid protein, HK97 family  21.46 
 
 
427 aa  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2179  phage major capsid protein, HK97 family  25.75 
 
 
373 aa  63.2  0.000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12666  phiRv2 prophage protein  26.71 
 
 
479 aa  58.2  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.5272e-17  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3313  phage major capsid protein, HK97 family  21.63 
 
 
562 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000533544 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4981  HK97 family phage major capsid protein  23.83 
 
 
359 aa  55.8  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5360  HK97 family phage major capsid protein  23.83 
 
 
346 aa  55.8  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0627  phage major capsid protein, HK97 family  21.21 
 
 
368 aa  48.5  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2598  HK97 family phage major capsid protein  23.96 
 
 
409 aa  47.4  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00517058 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1114  HK97 family phage major capsid protein  22.39 
 
 
391 aa  47.4  0.0005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08230  phage major capsid protein, HK97 family  23.49 
 
 
403 aa  47  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.0061868  hitchhiker  0.00502474 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1684  phage phi-C31 GP36-like protein  24.29 
 
 
412 aa  46.2  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.885456 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4253  phage major capsid protein, HK97 family  20.4 
 
 
440 aa  45.1  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>