94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3970 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3970  HK97 family phage major capsid protein  100 
 
 		 413 aa  848    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.33538 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7329  phage major capsid protein, HK97 family  53.49 
 
 		 417 aa  430  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1022  phage major capsid protein, HK97 family  38.28 
 
 		 411 aa  258  2e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2598  HK97 family phage major capsid protein  33.09 
 
 		 409 aa  229  5e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00517058 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2179  phage major capsid protein, HK97 family  37.86 
 
 		 373 aa  218  1e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1684  phage phi-C31 GP36-like protein  34.54 
 
 		 412 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.885456 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1970  major capsid-like protein  33.58 
 
 		 425 aa  204  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.244233  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4253  phage major capsid protein, HK97 family  30.77 
 
 		 440 aa  192  8e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1628  HK97 family phage major capsid protein  29.85 
 
 		 400 aa  175  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2834  phage major capsid protein, HK97 family  30.62 
 
 		 397 aa  171  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.174812  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0400  HK97 family phage major capsid protein  30.86 
 
 		 397 aa  169  6e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1254  HK97 family phage major capsid protein  30.43 
 
 		 399 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1085  HK97 family major capsid protein  30.4 
 
 		 405 aa  162  1e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1485  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  29.15 
 
 		 392 aa  134  3e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1895  HK97 family phage major capsid protein  29.34 
 
 		 389 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1458  HK97 family major capsid protein  25.49 
 
 		 388 aa  120  6e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.90039  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1415  phage major capsid protein, HK97  30.13 
 
 		 417 aa  114  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0337  phage major capsid protein, HK97  26.92 
 
 		 382 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.139658  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2025  phage major capsid protein, HK97  26.92 
 
 		 382 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.848367  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3867  HK97 family phage major capsid protein  30.69 
 
 		 425 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292858 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2358  phage phi-C31 gp36-like protein /HK97 family major capsid protein  30.66 
 
 		 420 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172606  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1167  Phage major capsid protein, HK97  29.03 
 
 		 417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0861  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  29.89 
 
 		 403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456659  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2174  putative phage major capsid protein  30.36 
 
 		 405 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1999  phage major capsid protein, HK97  29.39 
 
 		 380 aa  111  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431544 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1047  HK97 family phage major capsid protein  30.46 
 
 		 441 aa  110  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144894  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0867  HK97 family phage major capsid protein  27.57 
 
 		 407 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.887226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3122  phage major capsid protein, HK97  28 
 
 		 380 aa  107  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0852  major capsid protein, HK97 family  25.19 
 
 		 386 aa  107  5e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0590991  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1061  phage major capsid protein, HK97  29.41 
 
 		 398 aa  106  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0887541 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1805  phage major capsid protein, HK97  26.88 
 
 		 416 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539863  normal  0.129536 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1359  HK97 family phage major capsid protein  30.96 
 
 		 385 aa  107  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  0.308637 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1334  HK97 family phage major capsid protein  28.57 
 
 		 424 aa  106  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.280266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3709  HK97 family phage major capsid protein  27.39 
 
 		 450 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2266  phage major capsid protein, HK97 family  30.33 
 
 		 401 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000739522 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2263  phage major capsid protein, HK97 family  30.33 
 
 		 401 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0574985 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1190  HK97 family phage major capsid protein  30.18 
 
 		 401 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000012399 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1719  phage major capsid protein, HK97  27.78 
 
 		 384 aa  103  5e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2898  HK97 family phage major capsid protein  29.39 
 
 		 388 aa  103  8e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593833  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5467  hypothetical protein  25.67 
 
 		 386 aa  101  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6186  phage major capsid protein HK97 family  25.54 
 
 		 471 aa  101  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.423125  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0277  HK97 family phage major capsid protein  25.27 
 
 		 385 aa  99.8  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1466  HK97 family phage major capsid protein  33.88 
 
 		 312 aa  99.4  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000392324  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2096  phage major capsid protein, HK97 family  26.08 
 
 		 418 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225363  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1970  phage major capsid protein, HK97  28 
 
 		 431 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.141118  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0906  HK97 family phage major capsid protein  30.24 
 
 		 435 aa  97.4  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.225289  normal  0.497938 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0922  HK97 family phage major capsid protein  26.59 
 
 		 403 aa  96.7  6e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.255185 
 
 
-
 
NC_004310  BR0589  HK97 family major capsid protein  29.83 
 
 		 424 aa  96.7  6e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2500  phage major capsid protein, HK97 family  28.23 
 
 		 416 aa  96.7  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00454127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3980  phage major capsid protein, HK97 family  27.76 
 
 		 382 aa  96.3  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1635  phage major capsid protein, HK97  29.01 
 
 		 393 aa  96.3  9e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.304591  normal  0.904057 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1655  phage major capsid protein, HK97 family  26.4 
 
 		 406 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1338  phage major capsid protein HK97 family  29.08 
 
 		 420 aa  94.4  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0373474  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3155  HK97 family phage major capsid protein  26.26 
 
 		 428 aa  92.8  9e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0231727  normal  0.0147808 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1427  phage major capsid protein, HK97 family  26.93 
 
 		 421 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.370183 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1705  phage major capsid protein, HK97 family  29.18 
 
 		 421 aa  92  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154021  normal  0.125329 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4965  HK97 family phage major capsid protein  27 
 
 		 430 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1542  Phage major capsid protein, HK97  25.72 
 
 		 419 aa  88.2  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3481  Phage major capsid protein, HK97  29.49 
 
 		 417 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.137838  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1695  phage major capsid protein, HK97 family  24.04 
 
 		 427 aa  87.4  5e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1311  phage major capsid protein, HK97 family  24.04 
 
 		 427 aa  87.4  5e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2271  phage major capsid protein, HK97 family  24.04 
 
 		 427 aa  87.4  5e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1133  HK97 family phage major capsid protein  27.32 
 
 		 387 aa  87  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.308903 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3913  HK97 family phage major capsid protein  25.07 
 
 		 408 aa  86.7  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511324  normal  0.0176262 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2471  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  27.4 
 
 		 398 aa  86.3  8e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1431  HK97 family phage major capsid protein  26.6 
 
 		 421 aa  86.3  9e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.263231 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0830  HK97 family phage major capsid protein  24.57 
 
 		 383 aa  86.3  0.000000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1482  Phage major capsid protein, HK97  27.44 
 
 		 385 aa  82.8  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.353157 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1625  Phage major capsid protein, HK97  27.44 
 
 		 385 aa  82.8  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.490763  normal  0.450118 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1078  HK97 family phage major capsid protein  28.23 
 
 		 387 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506947 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0795  HK97 family phage major capsid protein  24.31 
 
 		 379 aa  81.3  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0458  HK97 family phage major capsid protein  24.83 
 
 		 399 aa  80.9  0.00000000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.830326  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2489  phage major capsid protein, HK97  27.17 
 
 		 390 aa  80.5  0.00000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0256  HK97 family phage major capsid protein  21.13 
 
 		 382 aa  79.3  0.0000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0170854  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0951  HK97 family phage major capsid protein  24.93 
 
 		 389 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0644  HK97 family phage major capsid protein  25.26 
 
 		 379 aa  79  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146587 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0466  HK97 family phage major capsid protein  26.87 
 
 		 369 aa  75.5  0.000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0540  putative major capsid protein  26.29 
 
 		 388 aa  72  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.272419 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1086  HK97 family phage major capsid protein  26.57 
 
 		 400 aa  70.5  0.00000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0875  phage capsid family protein  28.89 
 
 		 315 aa  68.9  0.0000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2852  phage major capsid protein, HK97 family  25.89 
 
 		 466 aa  65.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.107077  normal  0.025439 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0569  phage major capsid protein, HK97 family  23.49 
 
 		 514 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.361307  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1998  phage major capsid protein, HK97 family  24.04 
 
 		 438 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3313  phage major capsid protein, HK97 family  23.57 
 
 		 562 aa  53.5  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533544 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12666  phiRv2 prophage protein  23.84 
 
 		 479 aa  53.5  0.000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.5272e-17  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2474  major capsid protein HK97  23.9 
 
 		 483 aa  52.8  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1619  HK97 family phage major capsid protein  24.73 
 
 		 437 aa  50.8  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3486  HK97 family phage major capsid protein  28.5 
 
 		 394 aa  49.7  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4361  phage major capsid protein, HK97  21.85 
 
 		 389 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.455164  normal  0.407566 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1284  major capsid protein HK97  22.91 
 
 		 416 aa  47  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0461297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0468  prophage LambdaBa04, major capsid protein  22.13 
 
 		 396 aa  44.7  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0446  prophage LambdaBa04, major capsid protein  22.13 
 
 		 400 aa  45.1  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1753  phage major capsid protein, HK97  24.35 
 
 		 435 aa  43.5  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.357661 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2624  phage major capsid protein, HK97 family  25.11 
 
 		 390 aa  43.5  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>