81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1970 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1970  major capsid-like protein  100 
 
 		 425 aa  876    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.244233  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3970  HK97 family phage major capsid protein  33.58 
 
 		 413 aa  204  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.33538 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1022  phage major capsid protein, HK97 family  31.89 
 
 		 411 aa  191  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7329  phage major capsid protein, HK97 family  33.1 
 
 		 417 aa  187  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2598  HK97 family phage major capsid protein  31.91 
 
 		 409 aa  177  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00517058 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4253  phage major capsid protein, HK97 family  28.93 
 
 		 440 aa  159  7e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1684  phage phi-C31 GP36-like protein  29.56 
 
 		 412 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.885456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0400  HK97 family phage major capsid protein  31.26 
 
 		 397 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2834  phage major capsid protein, HK97 family  31.05 
 
 		 397 aa  145  1e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.174812  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1254  HK97 family phage major capsid protein  29.66 
 
 		 399 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1628  HK97 family phage major capsid protein  30.18 
 
 		 400 aa  127  5e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2179  phage major capsid protein, HK97 family  33.07 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1085  HK97 family major capsid protein  28.02 
 
 		 405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1485  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  30.23 
 
 		 392 aa  110  5e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1895  HK97 family phage major capsid protein  29.18 
 
 		 389 aa  94.4  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2025  phage major capsid protein, HK97  27.98 
 
 		 382 aa  87.4  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.848367  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0337  phage major capsid protein, HK97  27.98 
 
 		 382 aa  87.4  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.139658  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0867  HK97 family phage major capsid protein  24.94 
 
 		 407 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.887226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1719  phage major capsid protein, HK97  27.12 
 
 		 384 aa  83.6  0.000000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2266  phage major capsid protein, HK97 family  27.69 
 
 		 401 aa  82.4  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000739522 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2263  phage major capsid protein, HK97 family  27.69 
 
 		 401 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0574985 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0861  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  26.97 
 
 		 403 aa  82  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456659  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1466  HK97 family phage major capsid protein  28.76 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000392324  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3867  HK97 family phage major capsid protein  28.25 
 
 		 425 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292858 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1047  HK97 family phage major capsid protein  27.24 
 
 		 441 aa  80.1  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144894  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1190  HK97 family phage major capsid protein  27.69 
 
 		 401 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000012399 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1061  phage major capsid protein, HK97  29.65 
 
 		 398 aa  79  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0887541 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1999  phage major capsid protein, HK97  27.79 
 
 		 380 aa  78.2  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431544 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3913  HK97 family phage major capsid protein  26.21 
 
 		 408 aa  77.8  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511324  normal  0.0176262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1805  phage major capsid protein, HK97  26.73 
 
 		 416 aa  76.3  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539863  normal  0.129536 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1655  phage major capsid protein, HK97 family  24.45 
 
 		 406 aa  75.5  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1086  HK97 family phage major capsid protein  29.07 
 
 		 400 aa  73.6  0.000000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1359  HK97 family phage major capsid protein  27.2 
 
 		 385 aa  73.6  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  0.308637 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1458  HK97 family major capsid protein  26.24 
 
 		 388 aa  71.2  0.00000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.90039  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1635  phage major capsid protein, HK97  29.06 
 
 		 393 aa  71.6  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.304591  normal  0.904057 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2898  HK97 family phage major capsid protein  25.73 
 
 		 388 aa  70.5  0.00000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593833  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5467  hypothetical protein  25.28 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1970  phage major capsid protein, HK97  26.68 
 
 		 431 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.141118  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0852  major capsid protein, HK97 family  25.75 
 
 		 386 aa  69.3  0.0000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0590991  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3980  phage major capsid protein, HK97 family  25.7 
 
 		 382 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3122  phage major capsid protein, HK97  26.11 
 
 		 380 aa  68.6  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2096  phage major capsid protein, HK97 family  27.74 
 
 		 418 aa  66.2  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225363  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2174  putative phage major capsid protein  25.84 
 
 		 405 aa  66.2  0.0000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1415  phage major capsid protein, HK97  27.06 
 
 		 417 aa  66.2  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0277  HK97 family phage major capsid protein  26.52 
 
 		 385 aa  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2471  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  30.31 
 
 		 398 aa  65.1  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2358  phage phi-C31 gp36-like protein /HK97 family major capsid protein  25.33 
 
 		 420 aa  64.7  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172606  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1167  Phage major capsid protein, HK97  25.69 
 
 		 417 aa  64.7  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1427  phage major capsid protein, HK97 family  24.58 
 
 		 421 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.370183 
 
 
-
 
NC_004310  BR0589  HK97 family major capsid protein  28.53 
 
 		 424 aa  64.3  0.000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0922  HK97 family phage major capsid protein  25 
 
 		 403 aa  64.3  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.255185 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1625  Phage major capsid protein, HK97  24.02 
 
 		 385 aa  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.490763  normal  0.450118 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1482  Phage major capsid protein, HK97  24.02 
 
 		 385 aa  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.353157 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6186  phage major capsid protein HK97 family  24.81 
 
 		 471 aa  63.5  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.423125  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1133  HK97 family phage major capsid protein  29.92 
 
 		 387 aa  63.2  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.308903 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1078  HK97 family phage major capsid protein  26.28 
 
 		 387 aa  62.4  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506947 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0875  phage capsid family protein  25.5 
 
 		 315 aa  62.4  0.00000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0256  HK97 family phage major capsid protein  28.78 
 
 		 382 aa  61.6  0.00000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0170854  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3155  HK97 family phage major capsid protein  27.69 
 
 		 428 aa  60.8  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0231727  normal  0.0147808 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2500  phage major capsid protein, HK97 family  27.15 
 
 		 416 aa  60.5  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00454127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4965  HK97 family phage major capsid protein  25 
 
 		 430 aa  60.5  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3709  HK97 family phage major capsid protein  25.36 
 
 		 450 aa  59.7  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1334  HK97 family phage major capsid protein  27.5 
 
 		 424 aa  58.9  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.280266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3481  Phage major capsid protein, HK97  22.41 
 
 		 417 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.137838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0830  HK97 family phage major capsid protein  28.64 
 
 		 383 aa  58.2  0.0000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1695  phage major capsid protein, HK97 family  25.26 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1311  phage major capsid protein, HK97 family  25.26 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2271  phage major capsid protein, HK97 family  25.26 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1705  phage major capsid protein, HK97 family  23.9 
 
 		 421 aa  56.6  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154021  normal  0.125329 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0906  HK97 family phage major capsid protein  24.76 
 
 		 435 aa  54.7  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.225289  normal  0.497938 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3486  HK97 family phage major capsid protein  21.74 
 
 		 394 aa  54.3  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2489  phage major capsid protein, HK97  25.81 
 
 		 390 aa  53.9  0.000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0644  HK97 family phage major capsid protein  24.68 
 
 		 379 aa  52.4  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146587 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1431  HK97 family phage major capsid protein  23.17 
 
 		 421 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.263231 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0795  HK97 family phage major capsid protein  24.23 
 
 		 379 aa  50.4  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0540  putative major capsid protein  23.16 
 
 		 388 aa  48.9  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.272419 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0951  HK97 family phage major capsid protein  24.14 
 
 		 389 aa  47  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0458  HK97 family phage major capsid protein  25.94 
 
 		 399 aa  46.2  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.830326  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4361  phage major capsid protein, HK97  21.65 
 
 		 389 aa  44.3  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.455164  normal  0.407566 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0569  phage major capsid protein, HK97 family  20.88 
 
 		 514 aa  43.9  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.361307  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1338  phage major capsid protein HK97 family  24.77 
 
 		 420 aa  43.1  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0373474  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>