More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_1964 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_1964  peptide deformylase  100 
 
 
219 aa  436  1e-121  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  4.18525e-08  hitchhiker  5.52794e-07 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1726  peptide deformylase  70.33 
 
 
221 aa  292  3e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5021  peptide deformylase  60.09 
 
 
225 aa  243  2e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106509  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0014  peptide deformylase  57.69 
 
 
230 aa  235  5e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5192  peptide deformylase  59.67 
 
 
213 aa  206  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0341702  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0358  peptide deformylase  53.85 
 
 
227 aa  189  3e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34550  peptide deformylase  56.65 
 
 
183 aa  174  8e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3885  peptide deformylase  54.17 
 
 
173 aa  170  2e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0724077  normal  0.763087 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4914  peptide deformylase  49.43 
 
 
190 aa  160  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5601  Peptide deformylase  51.45 
 
 
182 aa  158  7e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.131759  normal  0.546444 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0427  peptide deformylase  54.6 
 
 
195 aa  157  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.62292  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2602  peptide deformylase  50 
 
 
199 aa  152  5e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.280121  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0562  peptide deformylase  52.44 
 
 
185 aa  149  4e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0402  peptide deformylase  50.28 
 
 
200 aa  146  2e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0978833  normal  0.0252019 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0583  peptide deformylase  52.38 
 
 
178 aa  145  6e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0660  peptide deformylase  52.94 
 
 
200 aa  138  6e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2436  peptide deformylase  49.71 
 
 
190 aa  136  3e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.108704  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3731  peptide deformylase  48.59 
 
 
198 aa  134  8e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.535737  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0175  peptide deformylase  47.75 
 
 
197 aa  132  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.94792 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26070  peptide deformylase  46.02 
 
 
192 aa  132  6e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7321  Peptide deformylase  48.21 
 
 
162 aa  131  7e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2532  peptide deformylase  53.19 
 
 
162 aa  131  1e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0732  peptide deformylase  47.75 
 
 
197 aa  130  1e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.635565  normal  0.587652 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10434  peptide deformylase  48 
 
 
197 aa  130  2e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0367345  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0559  peptide deformylase  48.02 
 
 
197 aa  128  8e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.489462 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0581  peptide deformylase  48.02 
 
 
197 aa  128  8e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28634  hitchhiker  0.00744017 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0569  peptide deformylase  48.02 
 
 
197 aa  128  8e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2186  peptide deformylase  49.69 
 
 
190 aa  127  2e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.19506e-06 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0356  peptide deformylase  40.24 
 
 
169 aa  126  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25208  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2508  peptide deformylase  45.56 
 
 
168 aa  124  8e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0280865  normal  0.0311982 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09550  peptide deformylase  45.24 
 
 
213 aa  123  3e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.255264  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0316  peptide deformylase  41.06 
 
 
170 aa  122  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0615  peptide deformylase  41.06 
 
 
170 aa  122  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00752277  normal  0.0138093 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3882  peptide deformylase  41.06 
 
 
170 aa  122  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000140056  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2357  peptide deformylase  43.2 
 
 
167 aa  122  6e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.408741  normal  0.109738 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1279  peptide deformylase  45.03 
 
 
180 aa  121  9e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00526616  normal  0.0870351 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3602  peptide deformylase  40.56 
 
 
169 aa  120  1e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0167703  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3710  peptide deformylase  40.56 
 
 
169 aa  120  1e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.399963  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0439  peptide deformylase  38.65 
 
 
170 aa  120  1e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.401937  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3603  peptide deformylase  40.56 
 
 
169 aa  120  1e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.53295 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3773  peptide deformylase  40.56 
 
 
169 aa  120  1e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3675  peptide deformylase  40.56 
 
 
169 aa  120  1e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3789  peptide deformylase  38.18 
 
 
170 aa  120  2e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.156401  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3671  peptide deformylase  39.86 
 
 
169 aa  118  8e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.703673  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3582  peptide deformylase  39.86 
 
 
169 aa  118  8e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0619898  normal  0.143654 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03137  peptide deformylase  39.86 
 
 
169 aa  117  1e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.347821  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0427  peptide deformylase  39.86 
 
 
169 aa  117  1e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.389234  hitchhiker  0.00115493 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4511  peptide deformylase  39.74 
 
 
169 aa  117  1e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00434578  hitchhiker  0.000144884 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03088  hypothetical protein  39.86 
 
 
169 aa  117  1e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.516636  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0427  peptide deformylase  39.86 
 
 
169 aa  117  1e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3769  peptide deformylase  39.86 
 
 
169 aa  117  1e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00722898  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3480  peptide deformylase  39.86 
 
 
169 aa  117  1e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.66805e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4609  peptide deformylase  39.86 
 
 
169 aa  117  1e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000863065  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3736  peptide deformylase  42.28 
 
 
170 aa  117  1e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186056 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3968  peptide deformylase  39.31 
 
 
170 aa  116  2e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0043  peptide deformylase  41.72 
 
 
167 aa  116  2e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.598782  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  44.08 
 
 
170 aa  115  4e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0040  peptide deformylase  39.16 
 
 
169 aa  115  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.285636  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0027  peptide deformylase  40.38 
 
 
170 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0032  peptide deformylase  40.38 
 
 
170 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0031  peptide deformylase  40.38 
 
 
170 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000922598 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0031  peptide deformylase  40.38 
 
 
170 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.64435e-06 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10790  peptide deformylase  53.73 
 
 
191 aa  115  7e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00525841  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1664  peptide deformylase  43.29 
 
 
204 aa  114  1e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.23293e-14 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0032  peptide deformylase  40.13 
 
 
168 aa  114  1e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0854  peptide deformylase  42.35 
 
 
215 aa  114  1e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  7.49472e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0035  peptide deformylase  40.38 
 
 
168 aa  113  2e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.96537e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0027  peptide deformylase  40.38 
 
 
168 aa  113  2e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0851581 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0029  peptide deformylase  40.38 
 
 
168 aa  113  2e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.948652  hitchhiker  0.00406786 
 
 
-
 
NC_002936  DET0760  peptide deformylase  37.21 
 
 
167 aa  112  3e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0435683  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1865  peptide deformylase  43.66 
 
 
170 aa  113  3e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  36.76 
 
 
167 aa  112  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0024  peptide deformylase  39.1 
 
 
170 aa  112  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  40.12 
 
 
177 aa  112  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  43.07 
 
 
178 aa  111  8e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04055  peptide deformylase  45.52 
 
 
152 aa  111  8e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3718  peptide deformylase  36.81 
 
 
169 aa  111  8e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.042334  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1929  peptide deformylase  42.96 
 
 
170 aa  111  1e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  39.66 
 
 
170 aa  111  1e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  39.66 
 
 
170 aa  111  1e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1718  peptide deformylase  42.51 
 
 
183 aa  110  1e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0107997  hitchhiker  0.00219347 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  42.86 
 
 
168 aa  110  2e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0024  peptide deformylase  39.22 
 
 
170 aa  110  2e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0035  peptide deformylase  39.6 
 
 
170 aa  110  2e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1861  peptide deformylase  41.92 
 
 
186 aa  109  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.239464  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0687  peptide deformylase  37.79 
 
 
167 aa  109  3e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.132535  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0038  peptide deformylase  37.74 
 
 
169 aa  109  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.346284 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0031  peptide deformylase  41.13 
 
 
199 aa  109  4e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0442  peptide deformylase  42.55 
 
 
174 aa  108  5e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.33127  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3001  peptide deformylase  38.32 
 
 
181 aa  108  5e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00230291  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  40.71 
 
 
168 aa  108  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  2.67775e-06  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  42.65 
 
 
168 aa  108  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  43.07 
 
 
168 aa  108  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_666  peptide deformylase  37.21 
 
 
167 aa  108  7e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0240694  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  43.88 
 
 
168 aa  108  8e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  4.47721e-15 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  42.65 
 
 
168 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1868  peptide deformylase  41.21 
 
 
186 aa  107  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.647129  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5225  peptide deformylase  41.32 
 
 
181 aa  107  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.240861  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0725  peptide deformylase  39.87 
 
 
185 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27860  peptide deformylase  46.27 
 
 
166 aa  107  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0522307 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>